史前时期，亚洲大陆东南沿海的居民不断向南方渡海迁徙，为南岛人群带来了文明的火种。印尼史前的主体人群是爪哇人。
印尼的觉醒是比较晚的，建立国家要到东汉时期。前2世纪，印尼开始形成自己的国家——叶调Yavadvipa。叶调在今天的爪哇岛，后来又扩张到了苏门答腊。他旁边是马来西亚的前身——狼牙修王国Langkasuka，又名狼牙须，《北史·赤土传》记载:“ (师子石) 又行二三日,西望见狼牙须国之山,于是南达鸡笼岛,至于赤土之界”。
汉顺帝永建六年（131年），叶调也听说了东汉的伟大，跟随日南国派使者向东汉进献贡品。《后汉书》卷六,“(永建六年)十二月,日南徼外叶调国、掸国贡献”。日南在今越南顺化，掸国在上缅甸。换到今天的话来说，就是越南带着两个小弟缅甸、印尼，向天朝上国——中国进贡。
时间向后推移，各个区域的小国也相继诞生了，包括西爪哇的达鲁曼、中爪哇的诃陵和东加里曼丹的古泰，其他还有耶婆提、干陀利、兰王国、夏连特拉王国等如雨后春笋般建立，这时大家流行的是信奉印度种姓制度的婆罗门教，叶调、狼牙修都是印度-婆罗门化的王国，统治者大都是印度雅利安人。东晋时候有僧侣路过叶调，他是这样说的，“其国外道，婆罗门兴盛，佛法不足言”。
5世纪，佛教经过了一番斗争，最终取代了婆罗门教。不合时宜的等级制度告了一段落，这标志着经历了三百年的摸索后，南洋启动了本土化进程。
7世纪中期，三佛齐迅速崛起，他优越的地理位置，成为海上丝绸之路的霸主。三佛齐是爪哇语Samboja对音，又叫室利佛逝王朝（647－1470），都城在巨港。三佛齐的势力达到了整个马来群岛，是大乘佛教的传播基地。要注意的是，三佛齐准确来说是印尼的前身，而不是马来西亚的。
凭籍三佛齐之后是满者伯夷帝国，三佛齐、满者伯夷这两个印尼王朝都比较强盛。满者伯夷站在前人的肩膀上，走向了更辉煌。印尼在历史上比马来西亚强多了，马来西亚首都吉隆坡是一个很晚近才兴起的城市，而三佛齐的首都巨港在7世纪就兴起了，现在印尼、大马的主要城市吉隆坡、新加坡、马六甲城市都臣服于三佛齐。除了文莱是渤泥王国占据之外，都在三佛齐的囊中。下图东南的夏连特拉王朝也只是个短暂的王朝，832年即被灭国，鼎立的时间不多。
满者伯夷Majapahit（1293年－1527年），元朝称他为”麻偌巴歇”，他的都城在东爪哇。满者伯夷是在反抗元军入侵的斗争中建立起来的，先是投靠元军，后来又驱逐了元军。满者伯夷信奉印度教，也容许佛教。他和明朝交往很频繁，爪哇派遣使者到明朝有25次多，明朝回访爪哇有10多次。爪哇贡献胡椒、苏木、丁香、肉豆寇、宝石、珍珠、香药、香木，明朝回礼丝、绸、绢、缎、陶器、瓷器以及铜钱。
他的政权相对短暂了一些，才200多年就被东爪哇的淡目国Demak灭了，满者伯夷灭亡后，印尼群岛从此走向了伊斯兰化。
三佛齐之后是满者伯夷
淡目国Demak以及之后的马打蓝（马打兰）Mataram，都是伊斯兰化的苏丹王国，印尼各岛屿一律“绿化”。再之后，16世纪末荷兰殖民势力入侵，印尼历史进入近代史。马六甲的苏丹王国也被葡萄牙入侵，整个南洋又都成为了西欧强国的殖民地。荷兰统治了三百多年，造就了一个旅游的胜地，巴厘岛。之后日本人也来了，日本只有短短的三年，就战败了。印尼终于成为一个独立自主的国家。
爪哇人的基因，O1b1-M95占了大头，几乎50%，M95是PK4的下游。O1a-M119占约15%。O2-M122占13%。爪哇人主要由这三个单倍群构成的。而爪哇人又占了印尼的45%，是人口最多的主体民族，所以印尼人以O1b1-M95为主。
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