清朝的八旗与明朝阉党是截然不同的两种概念，两个不同的组织。
八旗最初源于满洲（女真）人的狩猎组织，是清代旗人的社会生活军事组织形式，也是清代的根本制度。
清八旗是皇室依赖维系统治秩序的基础力量，而且因其在清军入关定鼎中原时又立有从龙之功，故而才能在清朝统治全国后，获得了“铁杆庄稼”的优厚福利待遇。
一八旗、二绿营、三团练，作为最受皇帝信赖的自己人，八旗子弟在清朝的政治格局中，占据着举足轻重的地位。既是清朝皇帝的子弟兵，又是清朝统治阶级赖以维系其统治的最主要环节！
而阉党的形成则是在朱瞻基教太监读书以后，太监逐渐掌握了批红大权，可以与内阁分庭抗礼，个别优秀的甚至能凌驾于内阁之上。而阉党就是以太监为主体，大量文官依附形成的。
明朝阉党只是依附权势宦官身边的某些官僚集合，是个私下里的政治派别，放大明王朝生态中，不过是个临时工，没编制可有可无。
二者的组织方式不同
明万历二十九年（1601年），努尔哈赤整顿编制，分别以牛录额真、甲喇额真、固山额真为首领。初置黄、白、红、蓝4色旗，编成四旗。万历四十三年（1615年）增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝4旗，八旗之制确立。满洲（女真）社会实行八旗制度，丁壮战时皆兵，平时皆民，使其军队具有极强的战斗力。
天命年间，努尔哈赤设立了蒙古旗，皇太极时蒙古八旗逐渐完善。从1631年皇太极又开始推动汉人八旗的工作，到1642年汉人八旗完成，整个八旗的建设也趋于完善。
八旗制度是满清的根本，战时为兵，闲时为民。八旗制度的出现极大弥补了满清兵源不足的问题，而且对各个民族的管理也有积极作用。
阉党并非是贯穿于整个明朝，而是从太监掌握批红大权开始的。有很多太监在得势之后想要向朝中渗透，而又有许多文臣恬不知耻，充当马前卒，时人将依附于太监的大臣称为阉党。
即便是阉党出现以后，也并非是一直拥有着强大势力的。在多数时间，阉党的存在感要低于内阁，他们作为组织来讲缺乏严密性，通常是凭借司礼监秉笔太监的个人魅力来统领一切。
在大清，八旗确实兼顾某些太监职能，比如说负责皇宫营生的内务府。在明朝，皇室宫禁营生诸如宫内生活以及宫外庄园皇家买卖等都由太监组成的十三衙门负责，后来大清入主紫禁城，清承明制，早期大清也成立由太监组成的十三衙门负责皇宫事宜。
因此，清朝的八旗在某些职能上确实代替了明朝的阉党，纵观整个明朝，阉党一直在与文官集团作斗争。而清朝有宦官不能干政的传统，打压文官集团的重任只能落在八旗身上了，毕竟自古文武就不对付。
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