德意志诸侯并非软弱无用之徒，他们迅速拼凑起联军镇压起义。黑森伯爵菲利普认识到了闵采尔的首脑作用：“缪尔豪森是一切冲突和不满的根基和发源地，一切叛乱行为像泉水一样从那里涌出。”

1525年4月底，他带领诸侯联军开始进攻闵采尔。诸侯军拥有六千步兵和两千六百骑兵，还配备了大炮。三百年后的革命导师马克思有句名言：“批判的武器当然不能代替武器的批判。”闵采尔是天才的理论家和宣传家，掌握“批判的武器”，现在却要面对“武器的批判”。

很多人看到诸侯势大，感到害怕。诸侯同意给他们三个小时的时间考虑是否投降，条件是交出闵采尔。

中午，蔚蓝色的天空上出现了一道绚丽的彩虹，这恰巧是闵采尔军旗上的图案。闵采尔最后一次向起义者讲述了他们的神圣使命，宣称天降吉兆意味着上帝与他们同在：“你们看天上这个彩虹，它说明上帝要保佑我们军旗上带彩虹的人，残暴的诸侯就要受到审判和惩罚。”

原先动摇的人现在勇敢起来，信徒们高呼：“我们愿意在这儿团结一起，同生共死。”“奋勇前进，绝不饶恕那些暴徒！”

突然，诸侯不顾休战的约定向他们开炮。上帝没有拯救这些农民军。诸侯的军队突破了壁垒，起义者全面溃败，有的逃进弗兰肯豪森城内，有的逃进山间的林地。诸侯骑兵逢人便杀，城内和四郊一片血海，死亡的农民有五千多人。诸侯军队进而攻打缪尔豪森。

5月25日，缪尔豪森市民决定投降。诸侯向他们勒索了全部的武器、马匹、库藏财宝和四万古尔登。

闵采尔也在逃亡中被捕遇害了。他面对严刑拷打，坚贞不屈，没供出一个活着的同伴。在死刑前，闵采尔挺起被铁链绑住的身体，大声演讲。他认为他做了过于伟大、超乎他个人力量的事情，并警告诸侯不应再虐待他们的穷苦臣民。在他死后很久，还有大批秘密信徒把他当作圣人一样尊敬。

由于缺乏统一的领导组织，诸侯又采取了收买、欺骗和分化瓦解的手段，其他各路农民军也纷纷失败。到1526年，大规模的农民起义逐渐平息。

胜利的贵族得意洋洋地说：“每个贵族在猎枪上插九个农民，天公地道。”“应该把这些大坏蛋一律赶下大池塘淹死。”伟大的农民战争失败了，至少十万至十五万农民被杀害。德国农民再一次遭受了深重的苦难。

士瓦本民间流传着这样的说法：“谁要是在1523年没有病死，1524年没有溺死，1525年没有被打死，谁就能讲述奇迹。”农民军失败的主要原因是德意志分裂状态造成的狭隘性，还有农民政治觉悟的低下。

他们基本只在自己家乡的狭小地域作战，不能对诸侯组织有效的进攻。缪尔豪森陷入危机时，曾向上法兰克尼亚农民军求援，而这支农民军却忙着打劫小贵族和畅饮美酒，坐视诸侯将他们各个击破。农民军各自为战，互不支援，结果是一起垮台。

虽然农民战争没消灭德国原有的社会秩序，也没能发展出新的道路，但它强烈冲击了旧制度。伟大的农民战争是十六世纪德国革命运动的顶点。一方面由于农民战争的冲击，天主教会的统治受到动摇，德国进一步脱离罗马教廷的控制。另一方面，天主教诸侯认为，镇压农民战争是对“路德教”的胜利。随着起义失败，许多地区都在追捕和消灭新教牧师，将他们车裂、烧死或斩首。新旧教诸侯间的政治分裂加深了，新的冲突阴云出现在德意志的地平线上。