伊朗政治体系的理论基础是霍梅尼的“法基赫的监护”（Velayat-e Faqih）理论。霍梅尼认为，作为由先知穆罕默德传至伊玛目(imam)的领导权的继承者，法基赫对共和国提供唯一合法的监护。“法基赫的监护”理念解决了伊斯兰什叶派宗教政治思想中的一个大难题，它向穆斯林说明，在什叶派的末代伊玛目——第十二伊玛目迟迟不能重返人间的困境下，穆斯林不必消极等待隐遁的伊玛目的再现，而应当听从其代理人法基赫的指导和教诲。
由于“法基赫的监护”的前提是伊斯兰政府的存在，因此霍梅尼着力论证了建立伊斯兰政府的必要性。首先，他强调毛拉（mulla）宣传伊斯兰、介入政治和建立伊斯兰政府的责任，并认为要改造社会、确保人类幸福，仅仅拥有一部法律是不够的，还需要法律的实施权和实施者，这就需要建立伊斯兰政府。如果不建立伊斯兰政府，就无法有效实施伊斯兰法，从而伊斯兰法的广泛性和普遍性，以及伊斯兰教本身永恒的有效性也无法充分体现。其次，他认为帝国主义和专制统治者将穆斯林乌玛（ummah，指伊斯兰社群）人为地分裂为许多国家，只有建立伊斯兰政府，才能确保穆斯林乌玛的统一，解放被占领的伊斯兰家园。再次，他坚称帝国主义将不公正的经济秩序强加于伊斯兰世界，将穆斯林社会分为压迫者和被压迫者。拯救被压迫者、反对压迫者、推翻压迫制度、建立伊斯兰政府是伊斯兰学者和所有穆斯林义不容辞的责任。
至于伊斯兰政府的形式，霍梅尼认为其应为政教合一的“立宪”政府，但“立宪”的含义不是人们通常理解的为保障公民权利与自由而订立宪法对政府权力进行限制，而是指统治者服从《古兰经》和圣训。在霍梅尼看来，宗教领导人不能创制新的法律，他们仅仅致力于搜寻工作以维护或发现由真主传授给先知穆罕默德的沙里亚（Sharia，指伊斯兰教教法）。因此，伊斯兰政府的立法权专属于真主。所有人和伊斯兰政府，包括真主的代理人——先知及其继承者，都必须永远服从伊斯兰法。
霍梅尼认为伊斯兰政府应该由一名或多名领袖监护，是一位领袖还是多位领袖取决于完成监护任务的能力是否汇集到了一个人身上。伊斯兰政府的领袖必须“公正、虔诚、对社会政治问题具有敏锐的洞察力”。在伊玛目隐遁时只有法基赫符合上述条件。法基赫是“伊斯兰的堡垒”，是“先知的代理人”和遗产的继承者。
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