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以下内容包含大量剧透，介意勿读。

2000年前，艾尔迪亚部落里有个叫尤弥尔的少女，她是一个奴隶。有一天她将部落里圈养起来的猪放走，从而遭到了奴隶主弗利茨王的放逐。在逃亡的过程中，她不幸跌入一颗大树树洞的水潭里，在水潭中她获得了变成巨人的能力。第一个巨人由此诞生，也是我们所说的始祖巨人。始祖巨人尤弥尔回到了弗利茨王身边，继续为艾尔迪亚部落效力。她开垦了荒地、开辟了道路、架设了桥梁；同时她也是征战马莱部落的武器。作为回报，她可以留在弗利茨王身边，并为弗利茨王生育子嗣。

有一天，在一场典礼上弗利茨王受到偷袭，尤弥尔替弗利茨王挡箭身亡，而那一天刚好是尤弥尔变成巨人的第13年。弗利茨王为了巨人之力能够延续下去，他命令尤弥尔的三个女儿吃掉了尤弥尔的尸体。通过这种方法，巨人之力最终分成了九份，他们并称为九大巨人。而其中的一位仍然继承着始祖巨人的核心能力。获得巨人之力之时，这些人的寿命便缩短为13年。当然巨人之力是可以继承的。当一个艾尔迪亚人变成了无脑巨人，然后吃掉拥有巨人之力的人，此后巨人之力和被吃之人的记忆会继承到这个艾尔迪亚人体内。否则，13年的寿命结束后，巨人之力会随机的进入一位刚出生的艾尔迪亚婴儿体内。

即使这样，大陆仍是艾尔迪亚统治着。始祖巨人也在弗利茨王族中代代相传。直到始祖巨人传到了145代，145代王认为千百年来艾尔迪亚人带给世界的只有战争和毁灭，他认为艾尔迪亚人是罪恶的。他与战锤巨人一同策划，将帝国的主宰权交给马莱人，然后自己带领一部分艾尔迪亚人出走了大陆旁边的岛。他与他体内的始祖巨人立下了不战之约，并创造出数千万个超大型巨人，利用巨人的硬质化建立了三道围墙。他同时威胁墙外世界，若墙内的生活被干扰，他会发动地鸣：放出城墙中的巨人们踏平整个世界。墙内人称145代王为初代王。后来这位王利用始祖巨人之力篡改了艾尔迪亚人的记忆，使他们在墙内安居乐业的生活了一百年。另一方面，没有了始祖巨人的力量权衡，艾尔迪亚帝国逐渐瓦解，马莱人建立起马莱帝国，并掌握了九大巨人中的六个。而剩下未到墙内的艾尔迪亚人则被马莱帝国驱赶至收容所，他们只能在收容所受监控的生活，如果有谁触犯铁则，就被送往“乐园”。

有一天，一位叫格里沙·耶格尔的人不听母亲的劝阻，脑子一热便带着妹妹跑出了收容所去看飞艇。后来自然被马莱士兵发现并面临惩罚，哥哥一马当先说妹妹的惩罚也由他承担。于是一个马莱士兵带妹妹回收容所，而哥哥被另一个马莱士兵狠狠地踢了一脚以作惩罚。回到家后发现妹妹并没有回家。后来得知妹妹被喂了狗。格里沙·耶格尔对马莱帝国的憎恨与日俱增，他加入了艾尔迪亚复兴会，誓要推翻马莱帝国重建艾尔迪亚。艾尔迪亚复兴会在马莱政府内线“枭”的情报下正如火如荼的发展，格里沙·耶格尔作为热血青年自然也被复兴会中其他成员看好，并在其中成为举足轻重的人物。他认识了一位拥有王族血统的艾尔迪亚妹子，他们结了婚并生下了儿子吉克。那一天，马莱帝国开始在艾尔迪亚少年中挑选马莱战士作为兽之巨人候选人，格里沙想让他儿子吉克参加，如果能获得巨人之力，那么对艾尔迪亚的复兴非常有利。

一次意外，吉克得知马莱政府早已掌握了艾尔迪亚复兴会的存在，在明知是死的情况下，吉克选择了出卖父母以保全自己和爷爷奶奶。在吉克的揭发下，这些艾尔迪亚复兴会成员们自然被马莱政府送到了乐园。原来所谓的乐园，就是当初艾尔迪亚人出走的那个小岛，而马莱人也早已经通过巨人的脊髓液研制出能让人变成无脑巨人的药剂。而这些送往乐园的人会被注射变成只会吃人的无脑巨人，然后永远地在小岛游荡，或者死亡。看着自己的妻子和朋友都变成了无脑巨人，格里沙万念俱灰。就在格里沙的生死关头，枭出现了。他变成了巨人杀掉了这支马莱小分队所有人。原来那天看飞艇时抓住他的马莱士兵就是“枭”。枭的真正名字叫 艾伦·克鲁格。枭的寿命将至，他希望格里沙能够接替自己，进入墙内夺回始祖巨人，利用始祖巨人的力量将艾尔迪亚人从世界的憎恨中解救出来。枭把这个使命和巨人之力交托给了格里沙·耶格尔。

九大巨人各有其名，这个为自由而战的巨人叫做进击的巨人。格里沙·耶格尔进入了墙内，在里面成了家，生下了艾伦。而马莱政府也派出了4位拥有巨人之力的少年，任务是进入墙内夺取始祖巨人之力。或许是这4位少年经验尚浅，在面临突如其来的无脑巨人时竟乱了分寸，其中一位少年被无脑巨人吞噬。得到巨人之力后，这位在小岛徘徊了60年的无脑巨人终于变回了人类，她就是后来的104期成员尤弥尔。剩下的三位便是女巨人、超大型巨人、铠巨人。格里沙在墙内暗中调查，终于发现了王族人的居所，始祖巨人近在咫尺他却迟迟下不去手。不知为何，儿子艾伦的声音在他耳边响起，在这声音的鼓励下他狠下了心变身巨人吃掉了始祖巨人，王族人也被他屠戮殆尽。很快，玛利亚之墙被超大型巨人和铠巨人摧毁，墙内人类失去了1/3的领土。那一天，艾伦眼睁睁的看着自己的母亲被巨人吞噬，他暗自发誓：一定要将这些敌人从世界上驱逐。

格里沙·耶格尔在幸存者营地找到了儿子艾伦，含泪将使命和巨人之力托付给了艾伦，嘱托艾伦一定要夺回玛利亚之墙，一定要进入自家地下室，那里有很重要的东西。对墙内人来说最宝贵的，这个世界的真相。随后便将巨人之力传承给了艾伦。艾伦、三笠、艾尔敏、萨沙、尤弥尔、克里斯塔、莱纳、贝尔托特、让、柯尼等人作为104期新兵加入了调查兵团。这段期间，艾伦掌握了巨人的能力，而随着女巨人阿尼被擒，莱纳和贝尔托特居然是破坏玛利亚之墙的始作俑者。同时雷耶斯王族的真相也逐渐浮出水面。调查兵团扶持希斯特里亚登上王位，顺理成章的夺回了政治的主权。玛利亚之墙夺还计划随即重启。调查兵团组成的208人的队伍，承载着人民的希望上路，前往破墙开始的地方----玛利亚之墙的希甘希纳区，也就是艾伦的故乡。

希甘希纳区内外调查兵团与兽之巨人吉克、超大型巨人贝尔托特、铠之巨人莱纳、车力巨人皮克及被控制的无脑巨人展开战斗。最终，调查兵团以牺牲199人为代价获得胜利，兽之巨人吉克被利威尔兵长击败，铠之巨人莱纳被三笠等人击败，而艾尔敏则获取了超大型巨人的能力。吉克、莱纳等人惶逃回马莱大陆。随后调查兵团前往了格里沙·耶格尔家，也就是艾伦家的地下室获取了墙外世界的真实面貌。一年以后，调查兵团探索到了帕拉迪岛的边缘，那是一片大海。调查兵团的成员们感受到了从未体验过的、自由的感觉。此时艾伦指着大海说：大海的另一边，是敌人。