某业主通过某分公司购买一套商品房，但尚未过户，被法院查封，业主只能提执行异议。

这种情形下法院是可以查封分公司名下财产的。

有明确的法律规定。《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定》（试行）第78条：企业法人直接经营管理的财产仍不能清偿债务的，人民法院可以裁定执行该企业法人其他分支机构的财产。