崇祯皇帝一上位，立马让袁崇焕总督辽东军务。袁崇焕抵达关宁后，将掣肘自己的官员全部换掉，改任亲信上台，例如祖大寿，何可纲。与此同时，皇太极拿下察哈尔蒙古，实力大增。不管是袁崇焕，还是皇太极，此时都因一个人的存在而头痛，他便是驻防东江镇的明朝将领毛文龙。东江镇又名皮岛，远离明朝海岸线，距离后金掌控的海岸仅有八十里。毛文龙随时可以从皮岛偷袭后金，打它个措手不及。这正是皇太极头痛的原因，而袁崇焕的头痛，来自于他和毛文龙的矛盾。早在天启六年，袁崇焕打败努尔哈赤后，袁崇焕提出西移东江镇，让毛文龙驻防辽西。毛文龙立即向朝廷上奏，表示反对。他觉得从宁远到辽阳一马平川，难以突袭，唯有东江这个地方，可以实现突袭制胜。

天启皇帝觉得毛文龙说的有道理，驳回了袁崇焕的建议。袁毛两个人就此，结下了矛盾。天启七年，后金打败朝鲜，结为兄弟之国，随后围攻毛文龙。毛文龙损失惨重。由此可见，袁崇焕之前提出转移东江的建议是有一定道理的。袁崇焕和毛文龙各自主导的战场远隔大海，无法实现指挥协同。后金攻击东江镇，宁远这边无法增援毛文龙。在此之后，毛文龙也在考虑要不要从东江镇转移。崇祯元年，毛文龙把后金使者捆送到京师。朝廷对使者进行审讯，结果审出了一个惊天动地的秘密。该使者说毛文龙已经在和皇太极暗中联系，商量投降事宜。弹劾毛文龙的折子瞬间如雪花般落下，毛文龙为了自证清白，主动公开他和皇太极之间的来往信件，说这都是他迷惑后金，实施战略的计谋。

毛文龙投降皇太极一事，没有充足的证据，但朝中之人已经将毛文龙划入投降派的队列。他们都觉得手握重兵，孤悬东江的毛文龙实在难以驾驭。袁崇焕此时便在平辽战略中，提出了入其军，斩其帅的想法。在此之后，袁崇焕切断了东江镇的粮米供给，想逼迫毛文龙就范。毛文龙气得直接率领四十艘兵船开赴登州，索要粮饷。袁崇焕万万没有想到毛文龙如此激进，只好把粮米交给毛文龙，先稳住他。崇祯二年六月，袁崇焕宴请毛文龙来双岛阅兵。两人举杯对饮，好不痛快。酒足饭饱之际，袁崇焕建议毛文龙设置监官，或者卸甲归乡。毛文龙不悦地说道：我其实早就想回老家了，可目前只有我了解辽东事务，等辽东问题解决再说。

袁崇焕见文的不行，只好来武的。数日后，袁崇焕邀请毛文龙来看射箭，并暗中将一大批士兵埋伏在帐外。二人看了射箭，又登了山，犹如知己。进入军帐后，袁崇焕立马变脸，愤慨地数落着毛文龙的违法行径。毛文龙一一辩解，袁崇焕根本不听，怒吼道：你道本部院是个书生，本部院却是将首！袁崇焕将毛文龙绑起来，陈述了毛文龙不设监官，私通外番等十二条罪状，一个转身抽出尚方宝剑，一剑砍下毛文龙头颅。一方将领的生死之权由朝廷掌控，袁崇焕这样做是逾越之举。崇祯很不爽，但辽东还需要袁崇焕，只能不追究。毛文龙一死，东江不久哗变，毛文龙的义子尚可喜，孔有德，耿精忠都投降后金。没有后顾之忧的皇太极势如破竹，兵临北京城，大明危矣。袁崇焕不久后，被朝廷千刀万剐。袁崇焕的五年平辽成了一个笑话，明朝已经没救了。袁崇焕与毛文龙实际上都是可悲的，在崇祯这种猜疑心重的领导下办事，早晚会有一死。