山海关

其实满清刚入关时也遭受过瘟疫，特别是1644年京城大鼠疫，明军，顺军，清军都有人感染死亡，只不过因为那个时候清军服从性和组织力要强于明末那些已经烂到根子的许多军队以及顺军，所以情况相对来说好些，而且鼠疫也是一个过程，毕竟不比现代病毒那么恐怖，肯定持续一段时间就会过去的，而且明亡后不久，小冰河期也过去了，满清算是捡了个大便宜。

八旗军

而且明末那种情况，军队中吃空饷，喝兵血严重，上头都不把手下当人，而是用来剥削的劳动力，都不怎么在乎手下人死活，就算出现瘟疫也不重视，《大明劫》就很好的体现了这一点，于是时间久了，一传十十传百，凉了，再者就是明末社会秩序崩溃了，万历年间也有鼠疫，可是那个时候国家组织力还在，还是成功渡过难关，明末那种情况肯定就难了，有鼠疫也没办法去控制。

李自成

还有就是明末运气实在不好，正好赶上小冰河最严重的时候，满清入关及其后几年，小冰河已经快要过去了，被捡漏了。当然有一个说法是鼠疫主要是通过跳蚤传播，满清军队，包括吴三桂，骑兵多，跳蚤怕马骚味，所以发病率远远低于明军和农民军，（当然这个说法没有多少人相信，因为马身上其实也是有跳蚤的）。