“农禅并重”最初孕育发端于四祖道信。《传法宝记》记载，道信“每劝门人曰：努力勤坐，坐为根本。能作三五年，得一口食塞饥疮，即闭门坐”。道信号召门人都去从事生产劳动，去垦荒耕田，劈柴烧火，解决吃饭问题，认为它是坐禅的基本保障，是修行不可或缺的重要组成部分。

后来的禅宗祖师们将这特殊的参禅方式保留了下来，最终由百丈怀海禅师完成并确立。当时禅宗发展遇到了两大方面的阻碍，一方面是僧人日益增多，却无独立的禅院，对于说法行道以及僧众日常管理有诸多不便。第二是唐中叶后封建政权对佛教采取了许多限制措施，僧侣社会面临着如何适应社会历史变动生存下去的严峻形势。

怀海禅师认为禅宗的改革势在必行，但在实际的推广中他还是遇到了诸多困难。首先面临的是与佛教戒律相冲突的问题，在印度戒律里规定僧人应以乞食为生，不得垦土掘地，以免杀死地下的生命，也为了避免滋生烦恼，干扰修行。

怀海禅师制定的《百丈清规》是一次佛教制度的重要创新，同时也是“农禅并重”的一次理论和现实上的实践。《百丈清规》中的农禅制度，为禅宗的生存和发展提供了规范和保障。在实施的过程中怀海禅师以身作则，他每日除了领众修行外，必亲执劳役，勤苦工作，对生活中的自食其力，极其认真，对于平常的琐碎事务，尤不肯假手他人。故而有了之后“一日不作，一日不食”的禅门公案。

时至近代，高僧虚云老和尚依然身体力行实践了“农禅制度”，他于1953年住持云居山真如禅寺，成立“真如禅寺僧伽农场”。此时已有百岁高龄的老和尚亲自带领寺院僧众进行开荒耕地、播种插秧、种植果树茶树等，他为僧众开示到：做功夫不一定在静中，能在动中不动，才是真实工夫。也因此，真如寺至今依然传承着“农禅并重”之风，大众坚持出坡劳作，一日作，一日食。

纵观历史，可以发现“农禅并重”是佛教顺应我国国情而特有的佛教中国化产物，一方面僧众能够自给自足，实现经济独立，另一方面在推进佛教中国化进程中起到了关键性作用。