Simca是代谢组学数据分析时常用的第三方软件，也被直接嵌入到一些仪器厂商的数据分析软件中，如Waters公司的MarkerLynx Ezinfo，所以这里简单介绍一下软件基本操作。

由于个人并不是专业学习统计分析，所以这里介绍的都是常用的基本操作，具体到参数的选择，以及分析的原理，还需要请教专业的老师。

数据集的准备：

由LC-MS采集的原始数据，经过仪器配套软件的预处理（峰提取，对齐，归一化等）后，将含有样本名称，保留时间_质核比，以及离子强度的数据集导出为.csv格式（simca-p可以识别的数据格式很多，但是仪器可以导出的最常用的格式是.csv）。

数据集整理：

需要将数据整理成可以直接导入simca-p软件分析的模式。将导出的文件用Excel打开，按照下图整理数据。

数据集导入：

数据分析：

主成分分析（PCA）

参数更改

模型拟合

偏最小二乘判别分析（PLS-DA）

建立模型

自动拟合模型，查看得分图和载荷图（操作同PCA）

Permutation分析验证模型有无过拟合

正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）

建立模型（同上述操作），在对样本分组之后选择OPLS-DA模型。

拟合模型，分析数据。