云门宗源起青源系一脉，行思传石头，石头传天皇，天皇传龙潭，龙潭传德山，德山传雪峰，雪峰传文偃禅师，师住韶州云门，这是云门宗的传承源流。到南宋时期，云门宗派开始逐步地趋于衰微，最后传承就越来越隐微了。

虚云禅师承嗣云门宗的因缘，禅师自述云：“余在南华，因悉云门祖庭香灯断续无定，勉为兴复。查此宗起于文偃祖师，十一传到南宋末温州光孝己庵深净禅师止，后失典籍。原派是偃祖下八世优鸿曾演二十字，后不知谁又出二十字。古派分三，今欲重继，不知从何字起。故惟从己庵净公与余各摘上一字，继演五十六字，期之后贤，传灯无尽。

云门正宗法脉传承如下：
云门第一代匡真文偃禅师
第二世香林澄远禅师
第三世智门光祚禅师
第四世雪窦重显禅师
第五世天衣义怀禅师
第六世慧林宗本禅师
第七世长芦崇信禅师
第八世慧林怀深禅师
第九世灵隐慧光禅师
第十世中竺元妙禅师
第十一世光孝己庵深禅师
第十二世演彻虚云禅师

第十三世妙心佛源禅师

第十四世本觉明赛上人

云门宗演彻虚云幻游老人续派:
深演妙明耀乾坤，湛寂虚怀海印容。
清净觉圆悬智镜，慧鉴精真道德融。
慈悲喜舍昌普化，宏开拈花续传灯。
继振云门关一旨，惠泽苍生法雨隆。

演彻虚云传云门第十三世
妙心佛源禅师、妙道朗耀禅师、妙宗净慧禅师，妙定宽度禅师，妙慈法云禅师，妙虚宽能禅师，妙慧戒轮、妙性佛云禅师，佛莹禅师，幻齐妙正禅师，妙心如云禅师，妙真嗣云禅师，妙悟续云禅师，妙智继云禅师，妙通心妙禅师，妙定佛慧禅师，妙和广妙禅师，妙如佛智禅师，妙荣佛慧禅师，妙慧佛慈禅师，妙纯佛智禅师，妙慈法慧禅师，妙禅愿云禅师，妙门继云禅师，妙云佛宝禅师，妙法能宏禅师，妙觉佛心禅师，妙常慈藏禅师，妙净杨智禅师。

佛源妙心传云门宗第十四世
本觉上人、明空惟升禅师、明贤隆德禅师、海长禅师、明向禅师、明良禅师、明舒禅师、明海禅师、明选禅师、明严禅师、明静禅师、明醒禅师、明禅禅师、灵化禅师、明瑞禅师、来光禅师、性妙禅师、永国禅师、明照心觉禅师、计开禅师、明真禅师、觉海禅师、冯学成。

本觉上人传云门宗十五世

言慕来曌 、河北来明、 来智 耀月 、付春敏 、来云、 来仪 、来真、 言玉、 来宝 、耀丛、 耀忠 、来允。