在不同的地区和种族中，男性感染HPV，有研究发现男性总体生殖器HPV感染率高达45.2%，而大于1种高危HPV亚型感染率为25.1%，尤其是性生活活跃且无保护性措施的男性中，HPV 感染比例会更高。男性感染了高危HPV通常是没有任何症状的，不容易发现，但男性感染HPV后的危害不容忽视。

男性高危HPV持续感染得不到治疗，可以引起阴茎，肛门等部位癌前病变或癌变。再有近年来国内外研究资料报道，高危HPV感染可导致男性不育，尤其是高危HPV16、18、45、52、59亚型很常见，感染率也较高。

研究显示HPV感染可在一定程度上降低精子活力。一篇发表在Gynecologic Oncology上的报道显示，在分别接触HPV-16，-18，-6b/11，-31，-33的E6/E7片段24h后，精子的活力均减弱至50%左右（对照组为74.0%），其中感染HPV16型的精子活力损失大半，仅为38.4%。精细胞的前进运动力也均降至一半左右。在暴露于高危的16型及所有低危型中后，头侧摆幅度均减小。另一篇发表在Fertility and Infertility上的报道也得出了相似结论，在HPV阴性组和阳性组中，精子活力a+b分别为53.7%和37.7%，受染组有70%（7/10）的精子活力受损，而在阴性组中这一比例为30%（27/90）。此外，也有研究显示HPV感染可影响精液的pH值。

根据我国开展的一项1138名就诊男性的研究发现：总HPV感染者142人（12.48%），将其中615例不育男性患者作为研究组，HPV感染者有107人（17.4%）。该项研究结果表明：与有生育能力的男性相比，不育的男性HPV感染率更高；HPV感染可以降低精液质量，特别是精子能动性的降低和精子正常形态的改变，因而可能会降低男性的生育能力，甚至会引起男性的不育；因此，HPV感染是男性不育的一项危险因素，其中HPV-45、52、18/59、16感染引起男性不育的风险可能会更大。