偶氮苯单体的肽核酸寡聚体(NH2-TNT4,N-PNAs)

PNA可以在任一方向形成双链，但逆平行取向优先，形成普通双链。对于反义和DNA探针类型应用，逆平行是优先构象。当逆平行取向时，PNA探针的N端相当于DNA的5’端。

·PNA熔点不同于DNA。由于PNA链是不带电的，PNA-DNA的Tm值会比相应DNA-DNA的高。通常情况下，100mMNaCl中，每增加一个碱基，其Tm值提高约1°C。在较低盐浓度下，其Tm值的差异将明显。通常，一个含10个碱基PNA，其Tm值约50°C，含15个碱基的PNATm值约70°C。

长度为12～17个碱基的PNA序列。序列长度主要取决于其具体应用。与DNA的应用相比，PNA探针序列需要的长度更短。链长的PNA，根据序列，倾向于聚合，不易纯化和表征。然而，序列越短，特异性越差。因此，对于短序列来说，不匹配的影响更大。

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