伊核问题谈判再次陷入僵局，其重要表现之一是伊朗坚持终结国际原子能机构对其所谓三个未申报核地点的可疑人工核痕迹的调查，而美国以及欧盟对此不同意，它们坚持国际原子能机构的此类调查应该不受任何阻碍，同时也不愿意为国际原子能机构的这类调查设定最后期限。

对于此问题实际上美伊双方已经“纠缠”了较长时间了。欧盟在其拟定所谓的“最终文本”中据说做了折衷处理：如果在可能达成的协议的执行日之前伊朗能够做出令国际原子能机构满意的解释，那么调查就将终止，但是如果届时伊朗不能做出令国际原子能机构满意的解释，那么调查将继续进行。

据说伊朗对欧盟处理安全保障问题的这种方案在对“最终文本”的回应中做了不置可否的冷处理。这也因此使欧盟认为伊朗的回应具有建设性。

但是在对美国的回应做出回应时，伊朗明确坚持要求达成任何协议前必须终止国际原子能机构的上述相关调查。伊朗的理由是：关于伊朗核活动的调查早在2015年伊核协议达成前就已经画上了句号，伊核协议达成后，伊朗接受的是国际原子能机构按照协议规定进行的保障监督；国际原子能机构后来开启的相关调查是根据以色列提供的虚假信息展开的，完全是政治操弄，其目的是探寻伊朗的军事秘密，伊朗根本没有所谓未申报核地点。

美欧坚持极限调查的理由是：国际原子能机构的相关发现是可信的，为了确保伊朗核活动的和平性，外界有必要知道可疑核痕迹的来源及其来源的去向；国际原子能机构的相关核查活动是伊朗根据其签署的《不扩散核武器条约》应尽的义务，不能把中止其活动与达成协议挂钩。

2018年初，摩萨德或者说即代表摩萨德工作的伊朗人，突袭了德黑兰的一个仓库，那里存放着与该国核计划有关的文件。据说，在档案中，人们发现了一处名为帕尔钦的已知地点之前隐藏的工作的新信息。

2019年11月，国际原子能机构表示，在一个后来被确认为德黑兰南部图尔库扎巴德一个仓库的地点发现了“人造”铀颗粒，伊朗没有宣布该仓库参与了核活动。伊朗表示，这些颗粒来自之前宣布的其他地方的核项目，这些项目已被叫停。但国际原子能机构并不满意，并一再要求伊朗以书面形式解释所发生的事情。

据报道2018年的卫星图像也显示，伊朗可能已经通过移动设备来净化该地区，显然是因为伊朗预期2019年2月联合国将进行检查。美欧专家说，未申报的核材料的存在表明，有人试图向核查人员隐瞒工作。