1913年春发之交，孙中山先生发起讨袁斗争，是为“二次革命”。7月12日，李烈钧在江西宣布独立。接着，黄兴在南京组织讨袁军。安徽、广东、上海、福建等省市宣布独立。8月4日，熊克武在重庆宣布独立，兴师讨袁，讨袁部队序列如下:

讨袁军总司令熊克武，参谋长刘植藩，副参谋长但憋辛，第1支队司令龙光、前卫司令吕超，团长方化南；第2支队司令范蓄,团长周国深；第3支队司令兼安抚使李树勋；第4支队司令刘植藩(兼)；川江水师司令余际唐、团长邹有章；炸弹队(由学生军组成)队长曾宝森、颜德基等；川东宣抚黄金鳌,团长卢师谛。

8月12日，袁世凯下令免去熊克武所任军职，并电令鄂、陕、滇、黔、川“五省围剿”，北洋陆军第3师师长曹锟为援川司令官。

熊克武在重庆宣布独立后，主动出击，第1支队为中路，攻沪州，第2支队扼北路，第4支队屯防南路、分拒滇、黔两军，讨袁军联络川军各师，争取共同反袁。其中第1师参谋长李哲暗中配合讨袁师第1师营长梁度、吴行光、贺重熙率5个营附2团(团长吴成礼)1,3营起义，3师7团张达三率部起义。

讨袁军进展顺利，西达资州，北抵顺庆，南则沪州指日可下。但战局突起变化，受袁世凯派遣的滇军进至宜宾，讨袁军南部受到威胁，黔军黄毓成旅突入綦江，重庆受到威胁。因防守重庆兵力单薄，熊急调攻沪州之部回师重庆、合川水师退守合江。当吕超快要赶到重庆时，重庆已被黔军黄毓成旅和王陵基支队攻陷。

熊克武在重庆兴师讨袁后，川边经略使军法局局长兼护卫团团长张煦起兵响应讨袁。将所部编为1旅，自任旅长，赵成、王明德分任第1、第2团团长。8月29日，川边经略使尹昌衡组织部队，分3路进攻张部，赵、王两团长战败被杀害，张煦潜往他处。

在强敌进攻下，四川其他各地讨袁军亦告失败，响应讨袁的各路民军遭到残酷镇压，在沪州响应讨袁的第1师参谋长李哲等被师长周骏杀害。四川癸丑讨袁之役，遂以失败告终。但讨袁势力没有被彻底消灭，他们分散在各地，等待时机。

“二次革命”前夕，北京政府将川军2师划归边地，省内陆军遂成3个师。“二次革命”，第5师被裁撤，四川内地仍保留了3个师，川边只有1个师。

川军第1师以川东、川北两道为管区，师部驻重庆。川军第2师刘存厚部，以川西和下川南两道为管区，师部驻成都。彭光烈师、以上川南为管区，师部驻雅岑(雅安)。孙兆鸾师，大部驻边地，拟请改为川边第1师。

黔军黄毓成旅进入重庆后，袁世凯任命黄毓成为重庆镇守使。因黄旅在渝肇乱，经重庆商团强烈要求，北京政府遂令黄旅调回，以川军第1师师长周骏兼任重庆镇守使。

1914年初，北京政府决定增设川边镇守使署，调任川督参谋长张毅为镇守使。这时，川督府军事机构负责人大部分调换，列表如下:

都督一参谋长 林耀辉

副官长 游德崇

军务课课长 洪璧

军需课课长 曾鹏程

军医课课长 邹浈

军法课课长 袁恩煌

同年5月，袁世凯为加强个人集权，成立陆海军大元帅统率办事处。接着，为削弱各省军阀兵权，又下令裁撤各省都督，于京师建立将军府，并设将军诸名号，原川督胡景伊被任命为成武将军督理四川军务。

同年7月，增设昭广镇守使署，北京政府调川军第3师师长彭光烈为镇守使(1915年1月撤销)，由四川检查使胡光亮兼任第3师师长。胡上任不久，即率第3师赴甘，参加镇压白朗农民起义，同年秋，陆续撤回四川。

袁世凯在镇压“二次革命”后，北洋军队伸入全国大部省区，只有两广和川滇黔5省还是地方军的势力范围。特别对四川，袁世凯很不放心。经过周密策划，袁世凯决定派心腹干将陈宦去四川。

1915年2月20日，袁下令派陈宦会办四川军务，并在北洋军中抽调李炳之、伍祯祥、冯玉祥3个混成旅随陈宦入川。5月1日，又派陈宦兼任四川巡按使。6月22日，令胡景伊“入勤”，派陈宦督理四川军务。接着，又任命陈宦为成武将军督理四川军务，四川军政大权就这样转入袁世凯手中。这时，将军行署各部官员列表如下:

将军行署一参谋长 林耀辉(张联棻继)

顾问 刘一清

副官长 周翰(邓汉祥继)

军务课课长 洪壁(王丙坤继)

军需课课长 曾鹏程(马昌期继)

军区课课长 邹侦

军法课课长 吴荣平(江绍光继)

陈宦上任后，借“整编”安置亲信.以削弱、控制川军。川边1师以“通熊”为名裁撤，第3师以“态度暖昧”，师长胡光亮调任将军府参军，部队缩编为混成第2旅。整编后川军为2师2混成旅，列表如下:

1师周骏，参谋长周里甫，1旅张邦本，1团黄廷棨.，2团刘盛恩，2旅熊祥生，3团刘湘，4团陈洪范，第一骑兵团鄢孝鸿，第一炮团唐廷枚。

2师刘存厚，参谋长万成，3旅钟志鸿，5团刘弼良，6团刘柏心，7团汪可权，8团陈礼门，第二骑兵团宁绍武，第二骑兵团杜永泳。

第一混成旅黄鹄举，1团伍德明，2团张颖。

第二混成旅钟体道，1团倪文翰，2团张成孝