在最新的益生菌科学研究方向中，多菌株研究比例更高：在2021年发表的临床试验中，有超过60％的研究选择了多菌株制剂，其余40％的研究采用了单菌株制剂，反映出当前越来越多研究开始关注多菌种多菌株制剂。

通常来讲，不同益生菌菌株的功效不同，单一使用一种菌株的效果有限，而多菌株具备发挥“协同作用”的潜力。不过从研究角度来讲，一方面需要单菌株研究来证实单一菌株的功效作用，另一方面也需要多菌株研究来确定不同菌株间的协同作用。

多菌株制剂能占据更多的生态位，发挥更多样的调控功能，以及协同作用来共同对人体微生态平衡产生影响。

益生菌搭配更多健康成分，发挥更大协同作用：2021年发表的临床研究中有14％的研究给受试者提供的制剂中添加了益生元（主要为低聚果糖、果寡糖、菊粉等），16％的研究添加了不饱和脂肪酸、维生素D等营养保健成分或将益生菌添加到奶粉、牙膏等产品中，还有5％的研究同时添加了益生元和其他成分这一结果体现出当前“益生菌＋X”热潮。

益生元是一种能够被宿主体内的菌群选择性利用并转化为有益于宿主健康的物质。益生元主要可通过2种方式促进益生菌的功能：

（1）通过多种机制增强益生菌在肠道中的活性，包括增强益生菌对氧气及活性氧的抗性、增强益生菌对胃酸的抗性以及增强益生菌对胆汁酸的抗性等；

（2）通过多种机制增强益生菌在肠道微生物群中的益生功能，包括发酵产生短链脂肪酸促进益生菌的定植、与致病菌竞争性结合宿主上皮细胞上的受体、发酵益生元为益生菌提供营养等。

因此，益生菌和果聚糖、菊粉等益生元搭配或可进一步促进有益菌的定植和繁殖，以发挥更好的功效，而与鱼油、维生素D等成分搭配或可发挥更多功能。此外，近年来的研究表明植物多酚、矿物质等成分也具备与益生菌搭配的潜在可能。

多菌种多菌株+多益生元已然成为当下益生菌研究中的主流研究方向，特别是以全菌种益生菌为代表的“全菌”时代，通过特定的益生菌组合配比，来达到满足人体所需的微量益生菌的需求。实验表明，全菌种益生菌相较于少菌株的益生菌更容易作用于肠道，通过不同菌种菌株之间的相互协调作用来巩固肠道菌群微生态平衡。

研究人员表示：益生菌的研究与开发正朝着“全菌种”的时代不断发展，未来全菌种益生菌有望在营养保健、科学研究及医疗上发挥更大的作用。