由于当时各种条件的制约，点校本“二十四史”及《清史稿》，也留下了不同程度的缺点和遗憾，整个校勘工作中，有水平参差不齐等现象存在。对此，中华书局从2005年初即着手点校本“二十四史”及《清史稿》修订的前期调研工作。2007年5月16日到18日，“点校本二十四史”及《清史稿》修订工程第一次修纂工作会议在北京香山饭店召开，标志着“点校本二十四史”修订工程进入实质修纂阶段。
曾任国家古籍整理出版规划小组办公室主任的许逸民总结，原点校本显然可见的缺憾便是各史的整理体例不统一。点校本“二十四史”中，明确采用百衲本为底本或“工作本”的，共计有19史。“究其原因，盖因当时无法直接看到宋元原刻，而百衲本又号称集宋元善本之大成，故以为用百衲本即等于用宋元原刻。其实不然，读商务版《百衲本二十四史校勘记》可知，百衲本对于原刻的改动非常之多。”2010年，许逸民在《修订工程点校情况汇报》中指出点校本需要改进的地方：统一体例、选定底本、调整段落、改正标点、删除旧校、完善旧校、补充新校。“并不是说我们的学养如何领先前人，而是时代的进步让我们有条件用新的研究成果和技术手段完善上一次的整理成果。”《史记》修订组负责人、南京师范大学文学院教授赵生群说，他们借鉴了前人未使用的珍稀版本进行通校和参校，如台湾傅斯年图书馆藏北宋景祐监本《史记集解》和现存最早的《史记》三家注合刻本（足本现藏于日本）黄善夫本，还充分利用了古籍数据库检索，提高了判断准确性。点校本《魏书》的修订负责人何德章认为，“史书校勘不可能毕其功于一役，而且当时校勘主要凭借点校者高水平的学术素养发现问题，不能如今天一样，可以利用电脑进行全面的文献检索、比对。这些，都是此次按统一标准重新修订的原因。”
2013年10月19日，点校本《史记》修订本全球首发，标志着共和国成立以来第二次宏大的古籍整理工程——点校本“二十四史”及《清史稿》的修订终于进入出版阶段。2020年6月26日下午，《梁书》（全三册）出版发布会在线上举行，修订主持人、中山大学历史系教授景蜀慧和修订负责人、暨南大学中国文化史籍研究所教授赵灿鹏通过视频连线形式，向读者介绍关于《梁书》修订出版过程。这是继点校本《史记》 《魏书》 《宋书》 《南齐书》 《旧五代史》 《新五代史》 《辽史》 《隋书》修订本之后再添新成员。
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