司马迁在《史记·三代世表》中说：“五帝、三代之记，尚矣。自殷以前诸侯不可得而谱，周以来乃颇可著。”意指殷商以前的历史太过久远，无法弄清年月，直到周朝以后，才能知晓时间。所以《五帝本纪》、《夏本纪》和《殷本纪》中只有帝王世系，没有具体的在位时间，从《周本纪》开始才出现年月记载。但《周本纪》里的西周历史是模糊的，只知道周武王大约在位15年，成王与康王总共在位40多年，穆王在位55年，厉王在位约36年，之后便是“共和行政”，年代逐渐清晰。其中，昭王、共王、懿王、孝王、夷王的具体在位时间不详。
《史记·十二诸侯年表》以“共和元年”（前841年）开始，公元841年之前的历史全部阙而不录。使后人无法知晓三代的历史究竟有多长，三皇五帝距离汉朝又有多少年，成为《史记》中遗漏的地方。
“三皇”是指伏羲、炎帝和黄帝
孔子曾说：“夏礼，吾能言之，杞不足征也；殷礼，吾能言之，宋不足征也。文献不足故也。”说明在孔子的时代，人们就已经因“文献不足”的问题而无法了解夏朝与殷朝的历史了。
对于历史的分期，孟子也是大概估算说：
“由尧舜至汤、由汤至文王、由文王至孔子，皆五百余岁。”
孔子生活在公元前500年左右，因而周文王大约生活在公元前1000年前后，商汤是前1500年，尧舜则是前2000年。
至于尧舜之前，便是三皇五帝了。《左传》记载，公元前525年，郯子出访鲁国，叔孙昭子向他询问有关少皞氏的情况，于是郯子回顾了上古的历史，他说少皞氏之前是黄帝氏、黄帝氏之前是炎帝氏、炎帝氏之前是共工氏，共工氏再往前，就是大皞氏。
这个上古的朝代世系正好与《周易·系辞》吻合。《周易》说：“包羲氏没，神农氏作......神农氏没，黄帝、尧、舜氏作。”包羲氏就是大皞氏，也就是伏羲，为木德；神农氏是炎帝氏，为火德；黄帝为土德，在他之后的少皞氏也写作少昊氏，属金德。
《左传》里的“三皇”顺序是：伏羲、共工、炎帝、黄帝、少昊；《周易》里是：伏羲、炎帝和黄帝。传说伏羲之后是女娲，同为风姓，女娲之时，共工与祝融争天下，不胜而怒，乃以头触不周山，导致天崩地裂，女娲为此采石补天。这个神话传说隐含的意思是女娲、共工与祝融都是“包羲氏”时代的人，所以《左传》里的共工氏可以并入大皞氏里；而少昊是黄帝的儿子，所以少皞氏也并入黄帝氏中。
真正的《三皇》就是伏羲、炎帝和黄帝，对应的时代分别是包羲氏、神农氏和轩辕氏。
“五帝”之中不应有黄帝
《史记·五帝本纪》里没有“三皇”，而是从“五帝”开始，并且把黄帝当做五帝之首；这篇《本纪》实际上是把《大戴礼记·五帝德》和《尚书·虞书》拼凑起来而已。关于黄帝、颛顼和帝喾的内容，基本抄自《大戴礼记》。《大戴礼记》借孔子之说，说出西汉人对“五帝”的看法。
在西汉人的排列中，“五帝”分别是黄帝、颛顼、帝喾、帝尧和帝舜。颛顼是黄帝的孙子，帝喾是颛顼的族子，帝尧是帝喾的儿子，帝舜则是颛顼的七世孙，比帝尧小了四个辈分。颛顼对应的是高阳氏、帝喾对应的是高辛氏、帝尧对应的是陶唐氏、帝舜对应的是有虞氏。在这个排位中，黄帝之子少昊的少皞氏不见了。
《左传·文公十八年》记载，大史克对鲁宣公讲述上古的历史，说：“帝鸿氏有不才子.....谓之浑敦；少嗥氏有不才子.....谓之穷奇；颛顼有不才子.....谓之梼杌。”这段内容也被《史记》抄入讲帝舜部分的内容中，“少嗥氏”写作“少昚氏”。所谓的““帝鸿氏”就是黄帝，在黄帝与颛顼之间还存在着少昊。如果把少昊列入“五帝”里，则黄帝应被挤出“五帝”之外，而列入“三皇”之中。
根据古人的“五德终始”理论，五行升序为：木生火，火生土，土生金，金生水，水生木；五行克序为：木克土，土克水，水克火，火克金，金克木。据此，汉朝人刘歆在《三统历》中将“三皇五帝”的“五德”顺序排列如下——
大皞氏——伏羲——木德。
神农氏——炎帝——火德。
轩辕氏——黄帝——土德。
金天氏——少昊——金德。
高阳氏——颛顼——水德。
高辛氏——帝喾——木德。
陶唐氏——帝尧——火德。
有虞氏——帝舜——土德。
“五德终始”看的是生序而不是克序
从伏羲到颛顼是第一个轮回，从帝喾到夏、商是第二个轮回，所以夏朝为金，商朝是水。少昊不应被排除出“五帝”之列。
如果继续排下来，则周朝为木，秦朝为火，汉朝为水。但秦始皇却不这么看，他根据邹衍的理论，“以为周得火德，秦代周德，从所不胜。”采用的是水克火的“克序”。其实，早在秦文公之时，秦人就以“水德”自居了。为了迁就“水克火”的顺序，故而秦始皇强行把周朝的“木德”改成了“火德”。
到了汉朝时，贾谊、公孙臣上书汉文帝，建议改正朔，易服色制度，采用“土德”，来顺从“土克水”的顺序，说：“始秦得水德，今汉受之，推终始传，则汉当土德。”当时的宰相张苍坚持按“生序”来定位，认为汉朝是“水德”而不是“土德”。之后，汉武帝下令改历，易服色，尚黄，采用“土德”。
最终，到了光武建立东汉时，又根据谶纬，把“土德”改成“火德”，服色尚赤；汉末时，群臣上表向曹丕劝进，说道“舜以土德承尧之火，今魏亦以土德承汉之火”，又把“克序”改回了“生序”。之后五胡乱华、南北分裂，“五德终始”之说日渐混乱而式微，从此衰矣。
夏商周的历史编年已无法确定
“三皇五帝”的时间已不可推算，夏、商、周却还能大致推测。
《夏本纪》里，夏朝共14个世代、17名国王，与传14世21帝的唐朝相当，朝代时长预估在300-400年左右。夏朝与唐朝一样，是一个出现过中断的朝代，《左传·襄公四年》记载了“有穷后裔”的故事，说夏国一度被有穷国取代；唐朝也曾一度被武周取代，二者的时长相差应不远。
《殷本纪》里，商朝有17个世代，共31名国王。《左传·宣公三年》记载，王孙满回答楚庄王问鼎时说：“桀有昏德，鼎迁于商，载祀六百。”可知，商朝大约存在了五六百年。
因上古历法简陋，史事不明，所以孔子与司马迁都本着实事求是的态度，采用“疑则传疑”的慎重态度来修史，故而不妄自给三代之前的历史编年。及至后世，腐儒渐出，按着自己的臆测来给古代历史妄加编年。
《晋书·束皙传》说：“《纪年》十三篇，记夏以来。”可知古本《竹书纪年》记事从夏朝开始，不及三皇五帝；今天所看到的版本却从黄帝开始，并逐年列出历年发生的事情，其伪造、杜撰无疑。这本书中，商朝历年496年，已经跟《左传》“载祀六百”的说法不符。
《汉书·律历志》据刘歆《三统历》的观点，说夏后氏为金德，“继世十七王，四百三十二岁。”殷商为水德，“继嗣三十一王，六百二十九岁。”孔子比刘歆早了500年，尚且因文献不足而不知夏商之事；王孙满比刘歆早了600年，也只是笼统地说“载祀六百”，刘歆何以信誓旦旦地把夏商的时长精确到个位数？其不言不足信，不待辩而明矣。
到了魏晋之时，皇甫谧编的《帝王世纪》已经近乎小说了。里面说周武王驾崩时年过九十三岁，然而据《尚书》、《史记》所说，武王驾崩时其子成王幼弱，故而周公摄政，岂有武王年过九旬尚有幼子遗孤之理？
因此，三代以上的历史已经湮灭无闻，难以详考。“疑则传疑”才是正确的实事求是态度，如果妄加考订，要根据自己的臆断去弄出一个“三皇五帝夏商周年表”，无异于效仿魏收的拙劣把戏——魏收在《魏书》里为了拔高北魏的历史，竟追溯拓跋氏二十余代先祖的事迹，把蛮族部落酋长描绘成有德帝王，一一列其尊号，系其编年，终为后世所笑。
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