南洋水师由于在中法战争和甲午战争中都采取了消极避战的态度，始终没有和敌人正面交锋，因此在两场战争中损失都不大，没有像福建船政水师、北洋水师、广东水师那样主力尽损。特别是其核心的五艘“开济”级无防护巡洋舰——“开济”、“南琛”、“南瑞”、“镜清”、“寰泰”舰，更是没有受到任何损伤。

然而虽然躲过了战火，“开济”级的五艘巡洋舰在甲午后却依然难逃厄运：

甲午战争后，“南琛”舰奉命运送两江裁撤的湘军回乡。结果在长江内航行时不慎搁浅，船底受损。好在长江之内风浪相对海上要小得多，“南琛”并没有受到太大的后续损失，经过抢修以后得以继续在南洋水师中服役。

和“南琛”一样由德国建造的“南瑞”虽然没有像自己兄弟那么遭遇不测，可是因为舰况不佳，因此在1897年就被闲置，舰上人员也被裁去一半，以节省费用。到了1903年的时候，已经难以继续使用的“南瑞”正式除役，并于1906年变卖。

而在“南瑞”退役前，1902年6月22日驻泊在江宁下关的“开济”舰因为天气燥热，火药库内温度过高，突然发生自燃，引发火药爆炸，“巨声发于江中”，随即沉没。“开济”级的首舰就此损失。

由于爆炸猛烈，事发突然，船上官兵除了在正好在舰首甲板上做工的水兵陈鸿第、陈祖藻之外，全部随舰而沉。好在当天是星期天，管带福建烽火门参将李田因公务前往下关炮台，其他官兵也有一半放假，上岸休息去了，舰上只有七十多人，不然损失会更大。

就在“南瑞”被除役的同一年，1903年8月17日“开济”级最年轻的小弟“寰泰”号奉命运送军火前往广东，途经汕头附近海面时，被加拿大太平洋轮船公司的“印度皇后”号商船一头撞在了舰体中部，受损严重而沉没。好在舰上官兵大多获救，只有管带祁凤仪不愿意离舰，另外还有17名轮机官兵来不及撤出，一起随舰而沉。这起撞船事故最后以清政府通过法律途径，获得367900两白银赔偿告终。

因此到了1903年的时候，侥幸躲过了战火的“开济”五舰已经折损两艘，报废一艘，损失大半。只有“镜清”、“南琛”两舰熬到清王朝覆没，也算是一个悲剧了。