随着互联网的发展和信息技术的进步，毕业论文的查重已经成为高校教育管理中的一项重要内容。查重系统作为实现论文查重的工具，其性能和稳定性对于确保论文的质量和学术规范具有重要意义。

论文查重系统作为一种自动化的技术手段，可以对论文中的文本进行比对和分析，检测文本中是否存在重复、抄袭、剽窃等问题。在使用查重系统时，学生在论文中引用他人的观点和论点时，常常需要用脚注的方式标注出处。然而，有时脚注的内容会被查重系统误认为是抄袭，从而将其标红。

查重系统标注脚注为红色的原因主要有以下几点：首先，查重系统在进行文本比对时，往往只考虑论文主体部分的文本，而对脚注和参考文献等部分的内容则不太关注。因此，如果论文脚注中引用了其他文献的观点或论述，查重系统可能无法准确判断其来源，从而误将其标红。其次，查重系统在判断论文抄袭时，往往采用了一些模糊匹配和相似度算法。这些算法往往对于含有大量引用或公式、名词解释等内容的脚注难以正确处理，导致脚注被错误地标红。最后，查重系统的算法难免存在一定的漏洞和不完善之处，有时会出现误判的情况，将本来合理的脚注标注为抄袭。

为了解决这个问题，学生在使用查重系统时应注意以下几点：首先，避免在脚注中出现过多的引用内容，尽量将引用和文献的部分放在正文中，这样可以减少查重系统的误判。其次，合理使用脚注，只在必要的地方进行引用和注释，避免出现过多的重复内容。最后，学生在提交论文前应对自己的脚注和参考文献进行仔细检查，确保其准确性和规范性，减少查重系统的误判可能性。

总之，论文查重系统在标注脚注时往往会出现误判的情况，将脚注错误地标红。这对于学生而言可能是一个困扰，但通过合理使用脚注和引用，并对论文进行仔细审核，可以最大程度地减少这种误判情况的发生。