泛基因组是指一个种群或物种的所有序列。泛基因组中，个体基因的存在和缺失为理解群体中的基因提供了丰富的信息。泛基因组可以通过整个基因组的变异来呈现，而不仅仅是基因。目前水稻、玉米、小麦、大麦、大豆和番茄等作物均构建了泛基因组，并体现出其在功能基因研究、育种改良等领域中的重要价值。 做泛基因组分析，结果可视化是非常重要的，这不仅是结果的展示， 更重要的是发文章的需要 。
几款可视化软件的使用
1.odgi的使用：
#设置环境变量，安装在export TMPDIR=`pwd`/tmpexport PATH=/share/work/biosoft/cactus/latest/bin/:$PATH#一般我们使用VG构建泛基因组，会有vg文件，可讲vg文件转换成og文件，就可以可视化odgi paths -i chr1.og -L >chr1.paths.txt#整条染色体#odgi viz -i pangenome/pangenome.chroms/chr1.og -o chr1.odgi.png -x 1500#排序odgi sort --optimize -i chr1.og -o chr1.sorted.og#查看vcf 文件找到感兴趣的位点展示：odgi extract -i chr1.sorted.og -n 518 -c 3 -o subregion518.og -d 10000 # ID 33 (-n 33), -d 距离 ，-c 附近的 node数量 -E #节点统计odgi stats -i subregion518.og -S >subregion518.paths.stat.txt#path IDodgi paths -i subregion518.og -L >subregion518.paths.txt#转换 GFA odgi view -i subregion518.og -g > subregion518.gfa #for Bandage view#绘图odgi viz -i subregion518.og -o subregion518.png -x 5000 #-z strand Black is forward, red is reverse.#获取FASTA 文件:odgi paths -i subregion518.og -f > subregion518.paths.fasta2.SequenceTube使用：
这款工具是网页版工具，默认端口是3000。需要先把要展示的数据文件链接到他的安装目录中的exampleData中，再启动服务就可以可视化查看感兴趣的位点了。
# 链接文件过去到这个文件夹：cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap/exampleData/ # 链接文件 主要文件包括，ln -s /work/ara_pangenome/pangenome* .#启动服务可视化。记得启动docker时加上端口映射 -p 3000:3000 cd /share/work/biosoft/sequenceTubeMap/sequenceTubeMap npm run serve #启动服务启动服务之后，打开电脑浏览器，输入运行这个服务的IP地址加端口号：http://192.168.101.5:3000/，即可打开网页，选择相应的文件和区域即可进行泛基因组可视化展示。
3.软件的安装
关于这些软件的安装，感兴趣的可以查看官方安装指导（有详细说明），具体链接见上文。
如果想省去软件安装的繁琐步骤，可以使用我们组学大讲堂构建好的泛基因组分析docker镜像，只需要两步即可无忧使用，免去软件安装的烦恼：
#下载镜像docker pull omicsclass/pan-genome:v1.0#启动镜像：docker run --rm -it -v ~/pan-genome/:/work -p 3000:3000 omicsclass/pan-genome:v1.0《泛基因组分析实操》直播培训开始报名！
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课程内容及优势
组学大讲堂将于2024年5月16日-5月18日举办“泛基因组分析实操”直播培训班，本课程具有以下优势：
①内容丰富，本培训包含的分析内容囊括绝大多数基因组文章的分析条目；
② 课程分析代码已经封装好，整理好自己的数据，复制粘贴即可分析自己的数据，大大降低了学习难度，边学边练，现场指导；
③ 采用先进的docker虚拟机去教学（国内首创），无需担心安装生信软件、配置分析环境等难题，不同操作系统下分析步骤基本一致，真正的能学会，能用起来；
④云服务器上教学，不用苦恼电脑配置不足，家庭版电脑系统不兼容问题，发送指令由服务器分析，自己电脑仍可正常办公；
⑤ 建立了专门的生物信息知识问答社区，已经累计解决了上万个生信学习相关问题，结合学员QQ群持续为您学习提供技术支持！
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常见问题解答
1. 集中3天培训是否可以学完这么多内容？
答：经过多年课程优化，尽量合并操作环节，分析代码已经封装好，整理好数据，复制粘贴即可分析自己的数据，既降低了分析难度也缩短了培训时间。
2. 培训后提供回放吗？
答：3天直播 培训结束，不是学习的结束。课后可以获得录播视频，两年内不限次观看，问答社区提供永久答疑服务。分析所用软件、代码、课件、笔记均会提供，另外赠送组学大讲堂云服务器3个月的使用权限，学员课后仍可方便的进行练习。
3. 培训的时候是在云服务器上，如果换了设备，分析步骤还一样吗？
答：组学大讲堂培训采用先进的docker虚拟机，无论在什么设备上，凡是使用我们提供的镜像，均可保持一致的操作环境，真正的能学会，能用起来。
4. 能否提供发票？
答：由北京组学生物科技有限公司提供正规发票。
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举办时间及费用
1. 举办时间：2024年5月16日-5月18日（三天），每天授课7-8小时
2. 授课方式：线上直播
3. 培训费用：
原价：3580元/人，4月30日（含）之前可享早鸟价：3180元/人。
4. 优惠信息：
①团报优惠：2人及以上额外优惠200元/人 ；
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报名方式
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组学大讲堂春季系列直播
2024年春季直播培训班安排如下：
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测序、数据分析、课程培训等事宜请联系邮箱：Tech@biomics.com.cn
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