北宋太平兴国五年（980年）八月，宋太宗收到了一封署名为王仁赡的密函公文；
在这封密函里，时任判三司（财政部长）的王仁赡，揭露了内廷近臣与外朝贵戚、京官互为勾结，依仗特权，违法行商的罪状。
宋太宗阅览后勃然大怒，着有司核查属实后，将一干人等从重处理。实际上，这起内外勾结的贪污案，为首的几个正是赵光义的贴身内廷官，其中就包括武德司的两个最高指挥：武德使刘知信、内侍武德副使窦仁宝。
一年后，太平兴国六年（981年）十一月，劣迹斑斑的武德司，招致了朝臣与民众的愤恨，赵光义随即下诏改组武德司。
由此，一个新的机构将代替武德司，在其基础之上，发展成为存在于两宋三百余年的特务机构—皇城司。
宋代立国之初，宋太祖在完成了川蜀地区的统一后，为了保证对这一旧势力地区的有效控制，沿袭中唐和五代时期的旧制，创立探事机构“武德司”。旨在通过这一机构“刺守贪廉”，完成对偏远西蜀地区的监控，以防生变。
武德司的创建，很大程度上弥补了公开监察机构，御史台所无法触及的灰色区域。在合法、透明的信息收集渠道以外，重新建立一条非公开的情报收集渠道，使之成为皇帝监控全国的重要力量之一。
和明朝的锦衣卫一样，武德司只听命于皇帝一人。他们在刺探地方政治、军事情报的同时，也肩负监控地方长官和民情舆论的任务。
到了宋太宗时期，武德司改组为皇城司，但其私察探事职能却并未就此终结，私察的衣钵随着武德司改组为皇城司，而无形中传给了后者。
到了太宗朝后期，皇城司内部逐渐发生畸变，勾结地方势力，为祸一方的事情，屡有发生；
淳化三年（992年），雍丘尉王彬公然拘捕皇城司人员，并致以刑罚。由此，在舆论的逼迫下，皇城司的活动范围逐渐收缩至京城一隅。其基本职能则是充当皇帝的贴身护卫，负责宫禁的安全和治安工作。并在此基础上赋予了探事、缉捕、鞫狱等一系列核心职能。其监控的对象，也逐渐由地方官转为在朝的京官，以及整个京城的政治风向。
皇城司人员大致是由官、吏、兵三部分构成。最高长官历来由皇帝直接委任，不经过中书省堂除。皇城司创建之初最高长官为勾当皇城司（南宋时为避高宗赵构讳，而改称干办或干当皇城司）。
北宋末年，徽宗在勾当皇城司之上增加提举皇城司和提点皇城司，以提举皇城司为最高长官。常规情况下的人员配比为“提举官一，提点二，干办五”。但在不同时期，也会发生变化。
三级长官“勾当皇城司”，一般由武臣和宦官充任，最高品阶是正四品。但事实上，这一品阶极少人能达到，多数为正六品，或正七品，甚至一度还出现了正八品的勾当皇城司；
二级长官“提点皇城司”，品阶就有了明显的提升，处于从二品与正七品之间，但大多数仅能保持在从五品；
而作为一级长官的“提举皇城司”，品阶要远远高于前两者，处于正五品到正二品之间。徽宗政和年间，曾下诏以皇子赵楷为提举皇城司，官至正一品。从此正一品成为皇城司长官的最高品阶，但有宋一代也仅此一例，大多数仅能保持在从二品。
皇城司长官以下，胥吏成为保证皇城司正常运转的关键因素之一。《宋会要》记载：皇城司“勾押官、押司宫各一人，前行四人，后行六人，勘契官二人，总计为十四人”。到了南宋以后这一人数增加至三十一人。
胥吏一般主持本司日常具体事务，北宋时主要负责制定执行本司条令簿册，负责表章堪和等工作。而南宋时，权力进一步放大，皇城司内部的案件办理、日常事务、公文往来、账目核算、司法处置权都逐渐由胥吏掌握。
实际上，胥吏人员的构成极其复杂，其中有熟谙吏道的“等第户”，但大部分是从地方上的各诸州、监司中选拔充任。这些胥吏比之科举出身的官员，地位非常之低。
以胥吏头目“勾押官”为例，如果要从勾押官转迁为正式官员，要经过层层考核与考察，至少要用十七年的时间，才可能正式转正，而其他底层胥吏几乎是没有上升渠道的。
进入北宋中期后，特别是在熙宁变法开始后，官员尸位素餐，不求有功，但求无过。大量的政务交由胥吏来完成。再者，官员一般几年一换，来来往往如过路旅客，胥吏却往往世代相承，寄居衙门，势力深厚，能够轻而易举地掌握长官的弱点，加以挟制，形成上胁长官下虐百姓的胥吏权威。
而在胥吏之下，具体负责行动和大量外勤工作的，是从禁军中选拔出来的底层士兵。皇城司下设亲从官与亲事官，以亲从官为上，两人各领两千五百人，作为皇城司的主要行动力量。
如果说胥吏的身份是不入流的公务员，那么底层士兵就是供人驱使的杂役。职掌宫门管钥、负责皇宫内巡察、宿卫及洒扫诸殿，甚至还包括负责皇宫内部食品采购和厕所打扫。大多数情况下，他们只是应付一些日常杂务。
皇帝对这些底层的士兵管理最为严苛。首先是在人员选拔上，主要招募对象为在京军班子弟，虽然曾经一度也面向社会公开招募，但社会人员构成复杂，难以控制。到了徽宗年间，索性彻底杜绝民间子弟进入皇城司军队，全部面向禁军招募。并且对士兵的年龄、体格、形象都有极为严格的要求。
同时，颁布《罚条》七十二条，其中包括：不准饮酒、不准赌博、不准结党、不准潜逃、不准行巫卜之术、不准豢养家禽等等。其目的旨在严格控制军队与外界的联系，保证军队对皇帝的绝对忠诚。
而在实际工作中，每当侦察到非法人员，由亲从官负责缉捕，提举皇城司负责审讯，胥吏负责具体的文书工作，最后将违法犯罪者投进皇城司狱。这样一套程序将探事、司法、收监等集于一身，几乎与当时正式的执法部门开封府、大理寺等无异。
事实上，在工作性质和工作对象上，皇城司与明代的锦衣卫并无二致。大到朝政阙失，小到民俗轶事，上至皇亲国戚，下至平民百姓，都是其侦探对象。所有刺探者“变服觇逻”身着便服私下侦查。所探之事，力求广泛详细，不厌繁琐。
徽宗宣和年间，一卖菜翁于都城宣德门下，迷迷糊糊说了几句话，皇城司的逻卒便“捕之下开封狱”最终死于狱中；
高宗绍兴年间，秦桧命皇城司数百名逻卒游于市间，闻言骂其奸者，即捕送大理寺狱杀之；
仁宗嘉祐年间，御营禁军中，有人酗酒生事大声疾呼，指斥乘舆（泛指皇帝）。次日天明，皇城司以密旨将其缉捕至开封府，罪名坐实，当即执行死刑；
这其中，皇城司对国家军事决策机构枢密院的侦察，最能体现各种情形；
哲宗元符元年，御史蔡蹈以风闻上疏弹劾枢密院“人吏多不肃”。枢密使曾布慌忙解释自己无功无德，久居枢密使。但自任枢密使以来，兢兢业业，于人事、边事无不用心。倘若真如皇城司密报，自己甘领罪责。
但有意思的是，哲宗皇帝既没有申饬曾布，也没有驳回蔡蹈奏疏，只是笑着对曾不言道：“蔡蹈云何？”曾布回道：“言人吏不肃。”哲宗若有所思，但也只是颇有深意地一笑了之……
实际上，经过太宗改组后，皇城司最初的活动范围，仅仅是局限在内皇城，也就是皇帝的日常活动范围。外皇城，也就是开封府的辖区内，皇城司是没有执法权的。但这种限制得不到有效监管，作为负责缉捕的亲从官，经常越过内皇城，将手伸到开封府，甚至城外。
真宗咸平年间，亲从官马翰声称京城内有群贼，大肆抓捕。时人称其有三害：
都市豪民惧其纠察，常厚赂之，此其一；每获贼赃，仅以部分交由官府，大部分收入自己的私囊，此其二；豢养地痞无赖，充当自己侦察的爪牙，为祸一方，此其三。
有此三条，真宗也并未追责，只是勒令其停止捕贼工作，交由开封府负责，并严令其今后不得自行其事，就此作罢。
事实上，如果仅仅是掌握侦察和缉捕的权力，那么皇城司也就只是一个贴近权力中枢的情报机构。而实际上，审讯、收监和审刑的权力，才是皇城司最重要的权力，谓之“鞫狱”。
一般情况下，勾当皇城司负责主审，侍讲或勾当御药院等为副审，皇城司胥吏负责援引法律条文和记录等，狱具之后，还要经过侍御史等的复讯才算完结。
皇城司的审讯过程是秘密非公开的，特别是一些涉及后宫、皇室的丑闻案件，往往不会交由三法司（刑部、大理寺、御史台）审理，而是由皇城司负责。其中的审讯方式，亦充满血腥和屠戮；
哲宗年间的孟皇后“符咒案”：“宦者、富妾几三十人，榜掠备至，肢体毁折，至有断舌者。狱成，命侍御史董敦逸覆录，罪人过庭下，气息仅属，无一人能出声音”，手段之残忍比之锦衣卫毫不逊色。
类似皇城司这样的专办机构，其本质是皇帝自居蓄养的家私奴仆，是皇帝的耳目和处理一些非公开事件的黑手套。但是，当这一形式或群体，久而久之成为一种常设的机构后，那么其必然要受到官僚集团内部的制约，而这其实也是皇帝所乐于看见的。
皇城司固然在京城权势嚣张、爪牙密布。但同属京城重要行政机构的开封府，则对其有天然的压制性。非特殊案件，皇城司侦察到的结果，一般是交由开封府逮捕和鞫狱，隐隐然有一种上下级的感觉。而一旦皇城司内部出现问题，则直接交由开封府审查处理。皇城司的长官也很容易会在失宠后，沦为开封府的阶下囚。
但不可否认，官僚机构之间彼此互为渗透和同化的能力太强了。神宗朝复设大理寺后，参与到地狱中，以期实现三司制衡的局面。但多数情况下，大理寺反而要攀附皇城司，以实现其设立机构的本来目的。同为监督机构的开封府，也由于皇城司特殊的地位和职能，渐渐地滑向后者。
皇城司在经历了神宗、徽宗朝的大力发展后，在宋室南渡后，进入了一个新的顶峰。靖康之变，康王赵构南逃，大量政府机构失去基本架构，但皇城司却能以相对完整的建制，在临安重打鼓另开张。加之南宋初年，宋金交战频繁，皇城司启动了刺探敌方情报的重要职能，活跃在当时的宋金战争中。
绍兴年间，特别是秦桧当权后，皇城司逐渐沦为其控制舆论、迫害异己的政治工具。以致做出硬性规定：“若十日不探到事即决杖到事”……“故多捃摭细碎；事无巨细悉以奏”，而导致“往往有缘飞语受祸者”
一时间，整个南宋社会处于“觇夫察隶遍满京邑，报逮纷纭，填满牢狴”的高压统治下，“都人惴傈，不敢偶语，兢兢朝夕，莫能自保”，“而相顾以目者，殆十年”。其权势之嚣张，一度敢向当朝宰相叫板。
高宗朝以后，关于皇城司的记载开始逐渐减少。仅在孝宗、宁宗两朝偶有其职权和人员变动的记录。到宋理宗时期，整个国家要应对来自北方蒙古人的军事压力，大量的国家资源被转化为军事力量，投入战场。南宋皇帝无暇，也无力再重启这一特务机构，皇城司就此逐渐没落，不复昔日权柄。最终随着南宋王朝的覆灭，也一并埋葬在历史的尘埃里。
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