1913年，宋教仁以党首身份组阁之际，3月20日在上海遇刺，3月22日不治身亡。刺杀宋教仁的直接凶手是一个落魄的滇军军官武士英。

武士英原是云南新军七十四标二营管带。因为自己的美貌妻子被顶头上司夺去，就将上司击毙、只身逃到了上海。

根据当时《民立报》的报道：武士英在被捕后供称，他来上海后，一次在茶馆喝茶时遇到某陈姓朋友，邀请他加入共进会。陈某告诉他，共进会会长应桂馨要杀个人。武士英问什么原因？陈某说：“这人是无政府党，我等将替四万万同胞除害，故欲除灭那厮，并非有甚么冤仇。”

第二天，陈某带他去见应桂馨，应说若能打死此人，必定名利双收，武士英心动之余便答应了下来。

应夔丞（字桂馨）被捕后，法租界巡捕在应夔丞家查到了大量的信件。其中，在他与北洋政府内务部秘书洪述祖的往来密电中，得到了重要信息。洪述祖密电联络应桂馨，要求他搜集关于国民党领袖孙中山、黄兴、宋教仁的黑材料。

应桂馨谎称他已得知日本有“孙黄宋劣史”、“黄与下女合像”、“宋犯骗案刑事提票”等物证，向政府索要30万来购买。

洪述祖对“宋犯骗案刑事提票”颇感兴趣，欲知其详情并要求应桂馨先提供原件或影印件，但应桂馨始终无法交代。洪述祖知道应桂馨无法提供所需的黑材料后，就密电应桂馨对宋教仁“乘机下手”，并以“毁宋酬勋位”为诱饵。

因为洪述祖在内务部任职，所以很多人认为“刺宋案”幕后有内阁大佬的支持。时任内阁（国务）总理是赵秉钧，赵加入过同盟会，和宋教仁的交往甚密，两人彼此欣赏、信任无间，宋教仁有时会将党中秘密尽情吐露，赵秉钧也会告之北洋底细，无所隐讳。

赵秉钧为官多年，一直负责警务、民政，中规中矩，不仅没有什么特别的劣迹和恶名，而且还被称为“中国近现代警察制度创始人”。因此，说赵秉钧是“刺宋案”主谋、难以服众，很难想象他会有什么杀宋的动机。

事发后，洪述祖逃到青岛、躲进了德国租借地。后来在接受德国裁判所审问时，洪述祖坚称分给应桂馨的电文“毁宋酬勋位”中的“毁宋”只是要破坏宋教仁的名誉，并非肉体消灭之意。结果，德国人判他无罪。

这里其实是个关键。“毁宋酬勋位”的电文是“刺宋计划”出自北京的最关键的、也是唯一的证据，但这真的也许只是应桂馨的误读。

“毁”在当时的北平算是个常用字，洪述祖所说的“毁”字是指诽谤、没有杀害的意思，属实。比如，民初章太炎见袁世凯时，袁辩白说：“吾以清运既去，不得已处此，常惧不称，亦安敢行帝制，人之诬我，乃至于是。”章回答道：“以愚意度之，言公将称帝者，非毁公，乃重公耳。”很显然，章太炎口里的“毁公”指的就是毁谤、绝无杀人的意思。

但最后，洪述祖还是被当成“刺宋案”的幕后主使处死。青岛被日本占领后，洪述祖化名、亡命上海。行踪暴露后被捕。1918年4月5日被执行绞刑。

这也是中华民国第一次使用绞刑机器，行刑时因身体太重、筋骨衰弱，竟然身首异处。洪述祖之妾找了北京最善于连尸的医院把头缝好才下葬。

据说洪述祖始终不肯认罪，并在临终前留下对联：“服官政，祸及于身，自觉问心无愧怍；当乱世，生不如死，本来何处着尘埃”。

现在香港有一个知名的电影演员叫做洪金宝的，是洪述祖的重孙。