分情况。
全勤奖是奖金:
一般而言，如果因劳动者自身原因导致其无法提供正常劳动的，比如当月迟到多次、请过病事假，那么公司按照规章制度或劳动合同条款扣除全勤奖也无可厚非。
全勤奖是工资:
若明确全勤奖是劳动者工资的一部分，因为劳动者迟到就扣除全部全勤奖，且这部分金额远超过员工缺勤时间的工资，那企业或构成未足额支付劳动报酬的违法行为。
在这种情况下，如果企业扣全勤奖，相当于是对员工进行罚款。
在法律上，企业有权制定规章制度，但企业没有罚款权。员工迟到或者旷工的，企业只能扣除对应缺勤时间的工紧。