袁崇焕被下狱之后，内阁成员多有营救，成基命、韩爌等人皆认为袁崇焕罪不至死。祖大寿为袁崇焕求情，愿意放弃朝廷的封赏，只求换督师一命，崇祯帝不理。
崇祯帝下令三法司会审，刑部、大理寺、都察院三法司遵照圣意，会审袁崇焕。三法司初次拟定的意见是依谋叛律，决不待时，所谓“决不待时”是因为死囚多在秋后问斩，但案情严重者可立即处决，所以就是给袁崇焕判了个斩立决。
但是崇祯帝对这个判决极为不满，驳回重拟；三法司再拟，依谋反大逆，叛凌迟处死，决不待时，但又被驳回重拟；直到三法司第三次上报，崇祯帝才勉强通过。
那崇祯帝到底想要什么样的结果呢？
八月十六日，即中秋的第二天，也是对袁崇焕行刑的当日，崇祯帝召辅臣成基命、周延儒、温体仁等入对。此时崇祯帝说出了自己的真实想法，欲诛袁崇焕一族。
年过古稀的大学士成基命立刻跪谏道：“边臣劳苦，处罚边臣不可太甚，不然，恐怕以后无慷慨赴关者。”
崇祯帝怒道：“汝认为应当如何处之？”
成基命说：“臣不过为边臣一事发声，恩威皆出自陛下。若果臣敢谓应如何处之，那就是在为袁崇焕做说客了。”
崇祯帝思索之后说：“免去族诛，将其妻、子流往二千里安置，财产尽没入官，可乎？“
此时，与袁崇焕不对付的温体仁、梁廷栋等人立即跪下高呼：“皇恩浩荡矣。”
成基命还想再行挽回，但于事无补，其长跪不起，崇祯帝命宦官夹着他的腋下，拖了出去。
当天未时（13点到15点），崇祯帝宣召群臣，宣布对袁崇焕的处罚决定：
依律磔之。家属岁十六以上斩，十五以下给功臣家为奴。今特流其妻子、兄弟，余不问。
命令一下，由刑部侍郎涂国鼎监刑。
袁崇焕被押赴西市处刑。
此时的袁崇焕已经被关押了九个月，昔日的督师此时蓬头垢面，臭气熏天，到了刑场之后，行刑官现场宣读了判决书：
袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国，斩帅以践虏约，市米以资盗粮，既用束酋，阳导入犯，复散援师，明拟长驱，及戎马在郊，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，意欲何为！致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿，重辟何辞！其家属本当依律正法，姑赦不论，妻子流二千里安置福建，财产尽没入官。
此时的袁崇焕深知生命到了最后一刻，遂留下一首绝命诗：
一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。
对于整个行刑的过程，留下的文献很多，大致还原了当时的情形。
《花村谈往》卷一《袁马同乡》载：
时畿辅百姓，初罹兵火，恨入骨髓，争啖其肉。皮骨已尽，心腑之间，叫声不绝，真所谓活剐者也。
《石匮书后集》卷一一《袁崇焕列传》的记载最为详细：
遂于镇抚司绑发西市，寸寸脔割之。割肉一块，京师百姓从侩子手争取，生啖之。侩子乱扑，百姓以钱争买其肉，顷刻立尽。开膛出其肠胃，百姓群起抢之。得其一节者，和烧酒生啮，血流齿颊间，犹唾地骂不已。拾得其骨者，以刀斧碎磔之。骨肉俱尽，止剩一首，传视九边。
《明季北略》记载：
时百姓怨恨，争啖其肉，皮骨已尽，心肺之间，叫声不绝，半日而止，所谓活剐者也。
当时京城的百姓遭遇了后金骑兵的蹂躏，并深信袁崇焕为卖国贼，故而对其十分痛恨，而袁崇焕在行刑之时，惨叫声不断，下面的百姓则在争其肉而食。
袁崇焕，这位三次在正面击退后金（清）主力的明军统帅，没有死在战场，却死在刑场，这是袁崇焕的不幸，也是大明朝的不幸，袁崇焕死后，再也没有任何一位统军将领在正面面对后金（清）主力之时，取得过胜利，所以，说崇祯帝是自毁长城亦不为过。
袁崇焕死后，其妻子自杀。
袁崇焕打仗之时，将自己的妾阮氏和两名幼女带往宁远城，以表示自己誓与城共存亡，而绝无偷生之念，妾阮氏、两名幼女被捕后本来被判流放浙江杭州府昌化县（今浙江省临安区昌化镇），对于这个流放决定崇祯帝十分不满，认为这是一个“善地”，在崇祯四年（1631年）九月改判流放云南广西府维摩州（今云南省砚山县维摩彝族乡），后不知不知所终。
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