对于很多生化科研人而言,蛋白质印迹法(Western blotting,WB)可能是其使用最广泛的技术之一。每个人或多或少都有点 WB 血泪史,总有一段被 WB 弄得欲哭无泪的黑暗时光。
今年,WB 迎来了第 45 个生日,正值壮年、坐拥蛋白质研究技术的「头把交椅」 的它毁誉参半,爱它者甘之如饴,恨它者批评质疑。
WB 曾被专职打假,最容易造假的生化实验之一
作为一项检测特定蛋白质的有效方法,操作步骤繁琐、费用相对经济的 WB 为科学史的发展立下汗马功劳。以往不少人的惯有做法是裁剪凝胶或 WB 图像,裁剪过程会去掉图像中无关的部分,只呈现感兴趣的蛋白质。
然而,凝胶和 WB 图像的裁剪可能会出现问题,负面评价也随之而来,WB 不可避免地成了造假重灾区。
令人心惊的是,著名论文打假侦探 Elisabeth Bik(发现曹雪涛问题论文)曾和团队扫描了 1995 - 2014 年间发表的 2 万多篇涉及 WB 的学术论文,发现近 4%(782 篇)的论文都存在至少一张数据图的不恰当复制和使用。
来源:Gabriela Hasbun for Nature
PLOS ONE 曾对 2017 年到 2019 年伦理组处理的所有图像问题进行统计,发现 WB 图像问题位居首位,引得人们密切关注。
因此,早在 2019 年 7 月 1 日开始,PLOS ONE 和 PLOS Biology 杂志均要求作者提供 WB 的原始数据,必须提供原始的,未剪切和最小化调整的图像,否则将对其实施拒稿操作。
如此强有力的举措势必将让更多的「妄图蒙混过关者」望而却步!
来源:网络
2024 年,著名的临床医学期刊 JCI(Journal of Clinical Investigation)及旗下子刊 JCI Insight 要求,含剪裁 Blot/Gel 图像需提交包含所有裁剪印迹和凝胶未编辑图像的文件,还需要标注「图 [X] 的完整未编辑 Blot/Gel」 及对应通道。
上述强有力的投稿要求足以见学术界苦 WB 图片造假久矣,需要出手整顿 WB 实验乱象,既为 WB 正名,又维护学术公平和清朗。
关于 WB 实验图片问题,撤稿频频
所谓成在 WB,败也在 WB。不少国内外研究人员曾因 WB 实验图片出现问题,引发撤稿潮,严重地损伤个人学术羽毛。
近日,西安交通大学第二附属医院某团队 2018 年发表在 J Cell Biochem 杂志的论文被撤回,因为 WB 条带剪接、图片重复。
来源:NCBI
撤稿理由之一是编辑在论文图 5A 所示的 WB 实验中检测到不恰当的图片采集和剪接。由于编辑对所呈现数据的整体准确性失去了信任,并认为结论无效,该文章已被撤回。
无独有偶,江苏大学医学院某团队 2017 年发表在 Cell Biol Toxicol 杂志的论文因 WB 条带存在剪切痕迹撤回。历时多年后,不知当时的作者们面对此情此景,内心该做何感受?
来源:Cell Biol Toxicol
或许当时只为了图片更优美、数据差异性更大,却无形之中触犯到学术造假的底线,真理永远不会迟到,这样的操作最终导致撤稿。
还有一篇关于阿尔茨海默病的研究论文发表十年后,被发现 WB 实验问题后火速撤稿,论文作者之一 Domenico Praticò 和主编在彻底审查后发现图 4B 和图 5A 的肌动蛋白条带使用不当,数据无效,再次引发了人们对科研数据真实性和可靠性的广泛关注和讨论!
来源:美国病理学杂志
做好 WB 善后工作,认真阅读投稿指南
上述撤稿事件令人心惊且警惕,看来做 WB 的小伙伴们一定要长一万个心眼,才能避免呕心沥血做出的实验成果被拒稿乃至撤稿,不仅阻碍个人科研进展,而且损害学术名誉。
首先,应认真阅读各类杂志对于 WB 图片的投稿要求,做到有的放矢,在进行 WB 实验时,将每一个步骤都做到科学合理,留存好完整和原始的凝胶和图像(如下图所示)。
避免因为格式上的问题引起编辑误会,从而导致稿件被拒或需返工补充实验。
来源:网络
学术期刊多如过江之鲫,如果不知道怎么界定 WB 图片要求,跟着 CNS 期刊要求准没有错。
例如,Nature 杂志明确要求提出要提交未经裁剪图像,内参和目的蛋白在同一张膜上,尽量不跑平行胶,以保证实验数据的准确性。
来源:Nature
Cell 杂志直接提出需要提供实验各个环节的原始数据和图像,如果未按时提交,文章可能推迟发表或存在撤稿风险。
来源:Cell
Diabetes 杂志明确要求提交所有原始、未裁剪、未编辑的图像文件,包括计划在文章最终版中发表的所有 gels、Western Blots、显微照片等。
下图是部分期刊对于 WB 图片的明确要求,为大家成功投稿保驾护航。
▲图源:自制 上下滑动查看 ▼
其次,在实验过程中,也要注意 WB 操作的严谨性和科学性。
在所有的印迹图像上都应显示或标记 Marker 的分子量位置。
应避免印迹的过饱和暴露,以将条带信号强度(以光密度或荧光单位表示)保持在定量的线性范围内。
调整对比度和亮度应该是适度的,避免过度处理图片, 否则会导致真实数据信息丢失。
不应以任何可能影响所显示的科学信息的方式调整图像。不应修改背景和对比度以明显改变数据、背景或非特定条带的可见性。列出图像处理软件和步骤等,越详细越好。
当进行条带之间的比较分析时,所有相关样品应在相同的凝胶/印迹上运行。
如图所示,左图便是作者踩坑啦,很可能在第一关就被编辑拒掉。
来源:网络
最后,学术道路千万条,科研诚信第一条。
作为科研工作者,应心怀敬畏,严格地维护学术羽毛,按照 WB 实验要求去完成每一个细节,一定要遵守标准规则,做到原始数据的保留,数据作图的规范,将其作用发挥到最大,而不要被其反噬。
大家有什么 WB 经验分享吗,踩过哪些 WB 实验和投稿的坑呢?一起来评论区和学霸君讨论吧!
题图来源: 图虫创意
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