《窗边的小豆豆》（窓ぎわのトットちゃん）中的“窗边”二字，源自于日语“窓际族”（まどぎわぞく），本意指在职场上不受重视、坐冷板凳的员工，是边缘人的存在。“小豆豆”本人，作者黑柳彻子认为，自己就像是“校园里的窗边族”，因为自己的调皮好动，不受学校老师和同学的喜欢。直到黑柳彻子来到巴学园，遇到了强调自由教育、因材施教理念的校长小林宗作，她在这里可以自由选择自己感兴趣的内容学习，度过了三年快乐的学习时光。

因此，“窗边”一词，在《窗边的小豆豆》里，被赋予了新的意义。电影里的小豆豆喜欢坐在电车车厢改造成的教室，看着窗外，想象着一个个奇幻的经历。也通过她的视角，呈现出一个充满爱、包容和理解的学习环境，看到了孩子们在自由的氛围中快乐成长的样子。

故事的大部分场景发生在巴学园内，“巴”（トモエ）是日本文化中代表着流动、循环、和谐的象征，图案可以是一个类似逗号或是漩涡的形状（如同下图中的形状）。校长小林宗作希望这个学校是一个包容、平等和友善的环境，这一点从学生的构成上就能看出：有在日朝鮮人、美国背景的日本人（二战期间日美关系紧张，这类人很容易被认为是间谍）、被“普通”学校拒收的学生、有残疾和其他疾病的学生、不同社会阶级的学生。小豆豆因为无法适应传统学校的教学方式，被转到这里读书。

在书中，小豆豆第一次见小林校长时，他们从早上八点聊到了中午十二点，小豆豆把她过往在学校的经历全部都说了一遍：在课堂上开阖课桌抽屉发出巨大响声，她觉得这和家里面抽拉式的柜子不一样，感到新奇；站在教室窗台前和“东西屋”的艺人打招呼，请他们表演；上课看见屋檐下筑巢的燕子，探出身子和它们打招呼……这些举动都与传统教育中要求的集体统一、服从相违背。而这些“问题”在巴学园反而是一个学生的闪光点，学生们可以按照自己感兴趣的学科学习，对于小豆豆来说，找到了自己喜欢的内容，自然能够坐下来集中精力去学习。

在中国，学校普遍要求学生穿着校服来学校上课，无形中避免了一定程度的外在比较，不论学生的家境如何，都只能在学校穿着统一的服装，把精力放在学习上。类似的，日本学生需要自带中饭去学校，便当一打开，就能看出各家生活质量的高低。小林校长为了淡化这种比较，把便当分成了“海味”“山味”，学生们打开便当只是告诉大家今天自己的便当是哪一种味，如果答不上来，老师也可以借此和大家普及知识。

学习中的“放手”也是一门学问。小豆豆的钱包掉进了厕所，她为了找到钱包甚至打开了化粪池，企图用网捞上来。小林校长看到后只是去了解了她的动机，就没有再去管，隔了一段时间后再来也只是提醒她，要把弄乱的地方收拾好。钱包没有找到，但是小豆豆听进去了要求，把现场重新复原打扫干净。正在探索世界的小孩，在被制止时，要么因为逆反心，做出更多调皮的事情；要么因为“听劝”而错过了体验和学习的过程。换句话说，也是教育者（家庭、学校）自己的“怠惰”，无差别的制止，不在固定学习范围内的事情发生。

在这个学园中，泰明与小豆豆的友谊也令人印象深刻，对彼此来说，两个人都是第一次交到朋友。泰明因为小儿麻痹，左手和右脚的功能都不能正常运作。看着其他同学可以在户外奔跑，他只能一遍又一遍地看着图书馆里的书，小豆豆从对他病情的不了解，到持续鼓励他走出房间和户外接触，期间两人结下了深厚的友情。小林校长要求学生们自己认领一棵学校里面的树，而小豆豆认定了泰明是自己的朋友，才有了她努力想让泰明爬树的一幕。在泰民的家，镜头两次呈现了泰民从学校回来时的衣服特写，第二次回来时的衣服沾满了泥土，母亲虽然嘴里在“责备”他为什么要弄脏衣服，却掩饰不住自己的高兴之情。母亲希望泰明也能像其他男生那样，可以在户外玩耍，嬉戏。

在小豆豆的影响下，泰明有了一些自信，他开始走出书房，和同学们玩在一起，游泳、参加运动会、还是和小豆豆的放学搭子。泰明是小豆豆认识的第一位心灵挚友，却也让她提早见证了死亡的无情。小说中，小豆豆对泰明的过世多少带有一种懵懂的态度，但电影对两人的友情有更多描绘，放大了他在豆豆人生中的份量，使她对泰明的思念更为强烈，也更令人不舍。

不过泰明在巴学园师生的陪伴下，活出短暂却精彩的人生，豆豆也在协助泰明的过程里，理解生命的重量与尊严。电影将太平洋战争的爆发、社会军事管控的开始与泰明过世的时间点重合，使故事流露强烈的反战意识。在国民服膺单一价值观，陷入民粹主义狂热，以共体时艰为借口，打压“不合群者”的战争狂潮中，小豆豆一家秉持的独立思考及同理心，其实正呼应小林对巴学园的期许，与豆豆从泰明身上学到的严肃课题。

电影对小说的结尾进行了扩充，弥补了原著在巴学园烧毁后戛然而止的遗憾。1945年小豆豆的父亲被征召入伍，跟随军队前往伪满洲国，但此时的日军已经节节败退，日本本土即将遭到美国的报复，住在东京的豆豆与母亲不得不为了接下来的大轰炸而逃难到青森。在逃难的电车上，小豆豆主动揽下了照顾出生的婴儿的责任，此时她又看见了“东西屋”的艺人们。如果是之前，她一定会探出身子大声和他们打招呼，但是现在她只能眼看艺人们的远去，收起自己的好奇心和热情，专心照顾婴儿，如梦似幻的情景象征童年的结束，也契合电影的开场。

电影的前半段，塑造了小豆豆天真烂漫又略为任性的人格特质，与她的家庭和学校背景，特别是着墨在她与同学泰明的友情，电影节奏犹如随笔式的散文篇章，上演很轻松愉快的童年生活；直到后半段才急转直下，进入电影真正的核心命题——“反战”。在小林校长宣布同学泰明的噩耗后，日本国内的环境大幅转变，娱乐消失，父亲的音乐需要为军队服务，食物出现短缺，平民必须等候政府配给，过着吃不饱挨饿的日子，节省的物资只为提供给前线的士兵充裕的粮食，小孩的游戏都与战争有关，街上残疾军人随处可见，失去儿子的家庭在默默消化情绪，这些悲剧的画面，足见战争对平民生计的影响甚大，也在叩问政权发动战争的意义何在。