第二次世界大战刚结束，美国就开始制定对苏联主要战略军事目标和大城市进行核打击的计划。
例如，根据“第59号指令”计划，如果爆发新的世界大战，计划从位于地中海克里特岛附近的美国潜艇发射导弹，攻击苏联南部的目标。在整个导弹齐射中，至少有三枚携带分导式弹头的弹道导弹将瞄准黑海舰队的主要基地——塞瓦斯托波尔。在那里集中了黑海舰队70%的物资储备，并驻扎了90%的黑海舰队导弹舰。
核武器的出现不仅提出了将驻军和城市居民掩藏到地下的需求，还要求将工厂、企业的主要生产设施转移到地下，并在那里储存食物、原材料、水和能源等。为了提高黑海舰队的战备能力，增强军事设施的生存能力，地下设施的建设开始了。1954年，在黑海舰队司令戈尔什科夫海军上将的领导下，完成了黑海舰队主要基地——塞瓦斯托波尔的“分区计划”。在这一计划中，距塞瓦斯托波尔17公里的巴拉克拉瓦湾因其狭窄、避风并远离主城区，受到了特别关注。
巴拉克拉瓦完全符合建设大型地下设施的所有军事战略和水文要求。其岩石层提供了对核空袭的保护。选址符合伪装的必要条件——从海上几乎看不到巴拉克拉瓦湾的入口，城市本身也被山地地形掩盖。海湾的西岸有方便的交通道路。
正是在巴拉克拉瓦湾，苏联开始实验性建设首个用于潜艇掩护和维修、鱼雷武器准备和储存、核弹头和燃料储存以及人员掩护的地下综合设施。
根据项目，防核地下设施由多个独立的部分组成：潜艇和船员的掩护所、带干船坞的造船厂维修车间、鱼雷准备和检测部分、用于存储和准备核弹头的修理技术基地以及容量为9500吨的燃料仓库。
工厂的建设于1961年完成。从这一年开始，地下潜艇维修厂成为一个独立的军事单位，而自1969年起，它被命名为“金属制品厂”特殊车间。修船厂第331号“金属制品厂”位于巴拉克拉瓦湾的尽头。
为了从空中掩盖设施的入口，建造了一个钢筋混凝土遮盖，顶部放置了房屋和树木的模型。海湾一侧，水道的入口和出口则用水门和与周围山体颜色一致的伪装网覆盖。
从巴拉克拉瓦湾一侧，水道入口被浮桥遮挡。当潜艇进入水道时（为保密起见，这通常在夜间进行），钢制浮桥通过泵抽水抬升半米，并由特制的机制——绞盘移开。潜艇在水面上用电动机驶入水道，浮桥随后恢复原位。
水道入口由大型海上闸门——“巴托波特”门（Batoport）保护。这个巨大金属箱高14米，宽6米，长18米。为了增加强度，它由若干部分组成，总重150吨。现在，闸门处于打开状态，几乎全部缩回到专门的凹槽中。水道出口也建有第二道闸门，不过结构不同，由混凝土板组成，这些板由起重机吊放到一起封闭出口。
穿过塔夫罗斯山的水道全长605米，深度8米，宽度10到24米，出口正对巴拉克拉瓦湾的出口。工厂入口则用与周围山地风貌相匹配的伪装网巧妙遮盖。
雷区鱼雷部分（МТЧ）用于准备和检测潜艇的鱼雷和弹药。在МТЧ的工作区域，检查鱼雷和水雷的电路、自导装置。每一枚鱼雷都在一个特殊的带有底部照明的水池-气密舱中进行密封性检查。通过气泡来确定鱼雷是否密封不良。
经过准备和检测的鱼雷由潜艇船员接收，并被送往位于基地武器库区域的成品鱼雷仓库。在潜艇到达修船平台之前，沿着通道旁边有一条长达296米、宽3.5米、高4米的运输通道。
在运输通道的混凝土覆盖层下铺设了为保障设施正常运转所需的各种管线。通道的弯曲半径经过特别设计，以减少冲击波的破坏力。
在修船平台上，安置了一个基础长达15米的大型镗床，用于加工潜艇推进轴的密封装置。该区域还设有电动车停放处（这些电动车由电动机驱动，电动机由安装在车上的电池供电）。此外，还安装了通往0层的通道，该通道通向用于干船坞排水的泵站。
干船坞是一个独立的水道，具有102米长、10米宽和8米深的规格。船坞入口通过一个小型的船坞门关闭，通过水阀注水。通过强大的泵，4小时内可以将水抽干，潜艇留在干燥的状态，并在周围搭建维修脚手架。生产区域位于修船平台的南部。
在占地面积超过1000平方米的区域，设有机器车间、潜艇电气和液压设备检测站、仓库区、生活区（包括面包房、食堂、医务室、消毒站、通信节点）。
通过窄轨铁路，鱼雷、炮弹及其他必要的物资被运送至地下码头，全部都在厚厚的岩石层保护下。
在秘密的地下车间里，约有170到230人负责船坞和地下设施的运转。26名来自军队安保单位的士兵全天候在隧道入口和干船坞处值守。38名高技能工人负责船坞的维护，42人负责综合设施的技术支持。工业生产员工的总数达到100人。
潜艇全面维修的预定时间不超过三周。在地下设施中，除了装载弹药外，潜艇还可以为电池充电，补充水和燃料。在设施运行的30多年中，地下综合体共为超过200艘潜艇提供服务，其中许多潜艇来过2-3次。地下工厂旁边还建有武器仓库和核弹头储存设施。燃料仓库是垂直的地下储罐，能够储存多达9000吨石油产品。
1967年，潜艇分队的一个防护指挥所（ЗКП）在生产设施的二层设立。1986年，在ЗКП旁边，建立了一个塞瓦斯托波尔驻军地方防御队的备用指挥所。整个秘密工厂的地下面积超过1.2万平方米。
在核威胁的情况下，工厂可以庇护多达1000人，包括潜艇船员和黑海舰队第14潜艇师的指挥人员。所有的门都能严密关闭，人员可以在避难所中自主生活30天。工厂配备了食品储存设施、水净化系统、通风过滤系统和空气再生系统。根据潜艇的类别，地下通道中最多可以容纳7到9艘潜艇。
该设施的建设费用为6700万未经过重新计值的苏联卢布（按1961年前的汇率计算），其内部设备和生命支持系统的花费为6500万卢布。整个地下综合体，包括气闸系统、巷道、运输通道、起重机械系统、生命支持系统等，都是冷战期间苏联境内以及整个欧洲唯一且独特的工程技术设施。
在苏联时期，地下工厂运行时，整个地下空间都被良好照明。那些曾经将潜艇开进这个工厂的指挥官们回忆道，感觉仿佛进入了一个童话世界，灯光似乎是从水下发出的，令人联想到尼莫船长的海底王国。
以下是1994年曾参观过该工厂的人的回忆：“当时工厂几乎已经被废弃，但尚未遭到掠夺。地下综合体的所有系统运作正常，到处都亮着灯，自动开关多吨重防核门的发动机仍在工作。黑海舰队潜艇指挥中心的所有机械都处于完备的战备状态。厂房空无一人，但依旧明亮宽敞，铣床、车床、钻床等设备永久停止了运转。让人感觉这一切仿佛是由于突发的灾难被人们遗弃，不禁让人联想到切尔诺贝利。”
在黑海舰队分裂之后，地下设施失去了安保。因此，管道、电缆、储罐、所有的金属，甚至是栏杆和楼梯的金属扶手都被无情地切割拆除。光是电缆就被割走了几十公里。如今，干船坞仍然被水淹没。实际上只剩下了水泥墙和无法拆除的多吨重的密封门，或许是因为时间不够，掠夺者没有来得及拆走这些设施。
自2003年6月1日起，地下综合体作为（乌）中央博物馆的一个分馆对外开放。
自2014年4月1日起，地下综合体成为俄罗斯联邦军事历史博物馆的一个展馆。最近这里进行了全面的重建，现在已经成为一个现代化的博物馆。
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