FC上的《第二次超级机器人大战》在机战系列中地位重要，是发展关键基石，为后续作品确立框架玩法。
对 80和90后玩家来说，这款游戏承载着童年回忆。在娱乐匮乏年代，它带来的震撼和乐趣成为心中难忘印记，将机器人战斗、战棋玩法和精彩剧情完美融合，让玩家沉浸在机械科幻的奇幻世界。
《第二次超级机器人大战》过关条件多样。多数关卡要击落敌机，需精心布局攻击。部分关卡要保护主舰，玩家要安排防御强的机体守护。还有关卡规定回合数内完成战斗，对策略规划和操作效率要求高。有的关卡需在有限回合突破防线，超时失败，特定关卡击败指定敌机或到达指定出口过关。
战斗中攻击分远程和近身。远程在安全距离外攻击，适合打高机动或难近身敌机；近身先移动再攻击。伤害值取决于攻击力、武器火力、敌方防御力，要考虑地形选有利地形作战。命中率由速度、命中值等决定，可提升机体速度和选用高命中武器。部分机师有精神技能，如 “强攻”“热血” 增伤，“防守” 减伤，“回避” 免疫，“瞄准”“必杀” 提命中，“干扰” 减敌方命中率。
机体移动格数受地形和机动值影响。特殊地形消耗移动格数，太空和基地移动自由。不少机体有变形体，空型速度快但可能缺近战武器，要根据需求选择变形时机。被四台敌机包围需背水一战，可借助支援或精神技能突破。精神技能 “加速”“疾风” 提升机动性，“传真” 让机体瞬间到达任意位置。主舰有空型搭载功能，但起飞回合不能用精神技能。
机体战斗受损需及时恢复。可派修理机器人，恢复量为其自身最大 HP 值一半。多数机师有 “毅力”“潜力” 自救，“友情”“情义” 援助队友，“援助”“祈祷”“爱心” 全体治疗，“爱心” 全员补满 HP。主舰搭载和占据恢复点可恢复自身 30% HP，但主舰和修理机攻防弱需保护，主舰体积大无法在室内关卡出战。
敌方部分机师与我方有交情，满足条件可劝降加入我方。劝降会放弃经验，要权衡利弊，优先劝降经验少但作用大的角色，如拉拉、璞露等。
部分关卡有商店，机体到达待机可购买物品。磁性涂料提升速度，50 级 V 高达装备可对古兰森双击。根基随机增加经验，用 SL 大法可提高约 200 点，合理使用能帮助机体快速升级。如第 25 关可让主舰去商店买根基升级。
游戏鼓励 “下克上” 升级，杀高等级敌机经验多。全勤机体有 V 高达、盖塔和大魔神，是优先培养重点。盖塔（龙）高等级表现出色，V 高达前期弱后期强，大魔神 20 关前达 40 级。Z 高达、美塔斯经验积累也重要，F91 等是清小兵的战将。主舰等级低，留最低等级敌机给它升级。
FC《第二次超级机器人大战》优点众多，受玩家喜爱。剧情丰富跌宕，势力冲突与角色成长交织，具戏剧性和吸引力，如阿姆罗的成长历程为剧情添深度，让玩家如置身科幻大片。战斗画面当时精良，机甲特效和爆炸效果不错，虽受机能限制，但设计巧妙，能感受战斗激烈震撼。策略性是亮点，战棋模式与精神指令系统结合，玩家需思考规划，决策影响战局，深度策略性使游戏可玩性和重玩性高，玩家为攻克或尝试策略反复游玩。
然而，游戏也有不足。关卡数量较少，玩家通关快，流程短，易意犹未尽。背景单一，缺细腻质感和高清度。但要考虑当时技术条件，FC 时代硬件机能有限，开发者已尽力，这些 “缺点” 是当时游戏普遍特征，不掩其游戏性和创新性光芒，早期游戏的探索为后来发展奠定基础。
对玩家来说，这款游戏不止是娱乐，更像老友，承载童年欢乐与憧憬。即便岁月变迁，为通关绞尽脑汁的日夜、因机体进化欢呼的瞬间，都深印心底，成为人生总的一部分。它见证玩家成长，陪伴度过美好时光，是心中永恒经典。
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