乾隆二十四年（1759年），清军强势荡平大小和卓叛乱，将天山以南的广袤土地纳入大清帝国版图，至此离开中原王朝千年之久的西域重回中原大家庭，乾隆皇帝将新收复西域改名为新疆，意为旧疆新复之义。

为有效统治南疆（天山以南的新疆地区），清廷在南疆各主要城镇派驻官员（办事大臣）和驻军，管理军政事务。同时吸纳南疆上层贵族建立以伯克（官名）为核心的民政管理体系。伯克的升迁赏拔全部由办事大臣决定，如此一来伯克们为了讨好办事大臣莫不竭尽所能搜刮当地百姓以讨好贿赂办事大臣。再加上南疆远离内地，清廷当时派到南疆的办事大臣大多是素质相对低下的官吏，他们勾结当地伯克，肆意盘剥欺压当地民众，引得民怨沸腾。

其中尤以乌什办事大臣素诚最为恶劣，其人贪财好色，时常在街市劫掠稍有姿色之妇人，并在官署内公然强暴，乌什民众是“不堪其虐”。当地伯克也是投其所好，四次搜刮民财和妇人供素诚享用，乌什民众在清廷官吏和伯克的双重压迫下，怒火早已飙升到极点。

乾隆三十年（1765年）二月，乌什办事大臣素诚与阿奇木伯克阿卜都拉调派240名回人差役运送沙枣树进京，并派小伯克赖和木图拉负责押送。素诚和阿卜都趁机又搜刮了一遍百姓，并以行动缓慢为由杖责了赖和木图拉，导致赖和木图拉很是愤怒，再加上赖和木图拉的妻子曾被素诚强暴，辣和木图拉一怒之下联合阿哈拉克齐海色木和卓起兵造反，旋即攻破乌什，素诚自知罪孽深重，遂举家自焚而死，亲附清廷在阿卜都拉伯克被囚禁，部将悉数被兼并，叛军迅速控制了乌什城，是为乌什之变（也称乌什事变）。

乌什之变发生后，迅速引起了乾隆皇帝的高度重视，这是清廷平定大小和卓之乱后在南疆爆发的首次叛乱，一旦处置不当，后果不堪设想。于是，乾隆帝命伊犁将军明瑞（后又增调内大臣阿桂、明亮两部清军）督率各路清军赴乌什平乱，并让明瑞务必调查清楚此事的来龙去脉。

闰三月，明瑞督率各路清军抵进乌什城下，小小的乌什城下汇集了正值巅峰时期战力彪悍的万余清军。随即明瑞指挥各军强攻乌什，但出乎所有人的意料，小小的乌什城硬是抗住了清军一波又一波的进攻，乾隆恼羞成怒之下，下诏将屡战屡败而贻误战机的卞塔海、纳世通处死，但乌什城依旧巍然不动。

由于强攻伤亡惨重，明瑞只得改进攻战术为围困战术，到了六七月间，乌什城内已经是“口粮将绝” , “无以为食”。八月十三日夜，乌什城内的原商伯克沙布勒锡喇布阿浑见大势已去，遂率部下生擒额色木图拉等四十二名主事者献给清军，清军这才得以进入乌什城，乌什之变遂告一段落。

乾隆本欲将乌什城内的所有人全部处死，但明瑞、阿桂本着不愿扩大事态的态度，只是将为首的数十人凌迟处死，以及斩首叛军骨干分子千余人，其余三千多老弱妇孺全部发往伊犁等处屯垦，这才算是为乌什之变画上了一个圆满的句号。当代学者新疆大学人文学院历史系教授洪涛评论明瑞此举道：

“乌什之战，大功告成，回城久经绥辑，开屯增市，薄赋轻徭，耕牧恬熙，人安乐利，六七十年无烽烟之警，可谓大乱之后大治矣。”