康熙、雍正两朝，是清代国力上升的时期，清廷对西北回民的基本态度，是“一视同仁”。康熙年间，北京曾有官员诬告牛街回民夜聚明散、图谋造反，主张全城屠灭，康熙微服私访查明实情后，不仅严惩了诬告官员，还下旨晓谕各省：不许借小事诬告回民谋反，违者先斩后奏。这道圣旨后来被回民刻在牛街礼拜寺的石碑上，成了清代前期民族政策相对宽松的佐证。
雍正二年，山东巡抚陈世倌上奏，痛陈回民“不敬天地、不祀神祇、另立宗主”，要求拆毁各地礼拜寺，强迫回民出教，不许回民出仕做官。雍正帝看完奏折后批复，认为回教由来已久，虽然不足取，但强行禁革只会徒生纷扰，批评陈世倌行事操切。
雍正七年，陕西总督岳钟琪也上奏表示，回民结党好斗、风俗特异，令人疑虑，雍正帝同样下谕内阁强调，回民都是朝廷编氓、国家赤子，地方官要像治理普通百姓一样治理回民，不能另眼相看。
但皇帝的公开表态，并没有真正消解朝野的偏见。地方官处理回汉纠纷时，普遍存在偏袒汉民、压制回民的倾向；各级官员的奏折里，也反复出现“回民强悍”“回民结党为匪”的表述。更关键的变化发生在法律层面：针对回民的专门律例，正在悄然增加。
乾隆二十七年，山东按察使闵鹗元上奏称，回民犷悍成习，结伙盗窃的情况太多，按普通律例处罚不足以震慑，建议今后回民结伙三人以上、携带凶器行窃的，不论赃数多少、次数多少，全部发配云贵两广极边烟瘴之地充军，窝赃、分赃的一并治罪。乾隆帝直接批复“从之”，这条内容就此写进了《大清律例》。
乾隆三十八年，刑部又议准甘肃按察使图桑阿的奏请，规定回民结伙三人以上抢夺的，不分首从全部发黑龙江给兵丁为奴，逃跑就直接正法。哪怕不到三人，只要有持械逞强情节，也发极边烟瘴充军。对比普通百姓的抢夺律，回民的量刑明显重了一个等级。
明清之际，伊斯兰苏非主义从中亚、西亚传入中国西北，和本土社会结合后，形成了一套被称为“门宦”的宗教组织制度。康熙到乾隆初年，虎夫耶、嘎得仁耶、库布仁耶、哲赫仁耶四大门宦相继创立，每个门宦都有自己的教主、道统和教区，教权高度集中。对清廷来说，这种跨地域、有组织的宗教体系，本质上是对基层管控权的挑战。但乾隆前期，朝廷还没意识到其中的风险，只把教派之争当成民间纠纷。
乾隆十二年，河州回民马来迟创立的花寺门宦，和传统格迪目教派因为“前开斋”“后开斋”的仪式差异闹到官府，地方官审理后，判定两派各遵祖教，互不干涉，草草了结了中国伊斯兰教史上第一场官方介入的教争。没人想到，三十多年后，同样的教派冲突，会演变成一场震惊全国的反清起义，彻底扭转清代治回政策的走向。
乾隆二十六年，河州人马明心从也门求学归来，传入了另一支苏非教派哲赫仁耶。他主张教权传贤不传子，少收布施、周济穷人，宗教仪式上高声念经、摇头礼拜，因此被称为“新教”。新教教义简单、门槛低，很快吸引了大批底层信众，和马来迟创立的“老教”花寺门宦形成了正面竞争。
两派在循化撒拉族地区的冲突尤为激烈，从互相控诉到聚众械斗，愈演愈烈。乾隆四十六年正月，新教首领苏四十三、韩二个率众击杀老教教长韩三十八，老教家属赴兰州告状。陕甘总督勒尔谨派兰州知府杨士玑、河州副将新柱带兵前往查办，新柱到任后公开扬言，要为老教做主、洗清新教。苏四十三得知后，索性率众突袭衙门，杀死新柱、杨士玑等人，顺势攻下河州城，起义就此爆发。
随后苏四十三率众三千直扑兰州，要求官府释放被扣押的马明心。甘肃布政使王廷赞一边据城死守，一边下令处死马明心。清廷急调阿桂、和珅率大军赴甘镇压，经过四个月苦战，起义军退守华林山，最终全军覆没，苏四十三战死。
这场由教派冲突引发的起义，彻底激怒了乾隆帝。在他看来，新教就是“邪教”，是煽动回民作乱的根源，因此下旨彻底铲除新教，永绝后患。
起义首领马明心、苏四十三等人虽已战死，仍被挫骨扬灰。阿桂率军分赴循化、河州、安定官川等地搜捕新教余党，凡是信新教的，无论是否参与起义，一概正法，家属全部发遣。撒拉族十二工里，九工的新教信众几乎被屠戮殆尽，九百多户人家歼除殆尽。搜捕范围甚至扩大到陕西临潼、山西蒲州等地，只要是马明心的教下，全部押解回兰州正法，前后被杀、发遣的无辜回民不下八百人。
清廷明确扶持老教、禁绝新教，下令拆毁所有新教清真寺，革除总掌教、掌教、阿洪等宗教名目，改由官府挑选老成回民充当乡约，负责稽查教民、约束行为。循化地区的掌教直接改成总练，阿洪改成乡约，全部由官方任免。同时推行保甲制度，回民聚居区十户为牌、十牌为甲、十甲为保，设牌头、甲长、保正，和掌教互相监督，一年没有事端就给奖励，出了问题一并连坐。
苏四十三事件后，各地奉旨严查邪教书籍，乾隆四十六年，西安回民马中杰等人在山西灵石被盘查，只因书信里有“掌教”二字，就被当成邪教余党，层层审办，最后乾隆帝自己都觉得办得太过分，才草草结案。
田五起义的爆发，在清廷看来，是苏四十三后的善后还不够严、不够彻底。因此这次的善后措施，比三年前更进了一步。
起义刚平定，清廷就下令在甘肃各地添兵设汛，查抄了盐茶、静宁、隆德等十五个厅州县的回民财产，共计五万一千四百多亩田地、三千八百多间房屋、六百多处土窑全部充公，拆毁礼拜寺七十三座。大量回民失去土地与财产，彻底沦为赤贫。
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