保证期间与保证合同诉讼时效虽然都是权利行使的期限，但二者存在如下区别：

第一，是否可以由当事人自由约定不同。

保证期间既可以是约定的，也可以是法定的，如果当事人约定了保证期间，则保证期间为该约定期间，将优先于法定期间而适用。而诉讼时效期间是法定的，在规范性质上属于强制性规范，不允许当事人自由约定。当事人另行作出约定的，无效。

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第二，法定期间长短不同。

诉讼时效期间一般是3年，而法定保证期间是6个月，当然当事人也可以自由约定保证期间。但保证期间约定过长，对保证人不利。法定保证期间短于诉讼时效期间，主要理由是保证合同具有无偿性、单务性，保证人的保证责任较重，将法定的保证期间规定得短一点，有利于倾斜保护保证人的权利。因为一旦债权人怠于行使权利，则保证人将不再承担保证责任。

第三，法定期限是否可以变更不同。

诉讼时效可能出现中止、中断和延长的情形。而保证期间则是不变期间，不发生中止、中断和延长。

第四，起算点不同。

依据《民法典》第692条第2款的规定，无论是一般保证，还是连带责任保证，法定保证期间都是自主债务履行期限届满之日起开始计算。但保证债务的诉讼时效期间起算点则与此不同。一般保证之债要求债权人在保证期间届满前对债务人提起诉讼或者申请仲裁，保证之债的诉讼时效从保证人拒绝承担保证责任的权利消灭之日起算。连带责任保证要求债权人在保证期间届满前请求保证人承担保证责任，保证之债的诉讼时效从债权人请求保证人承担保证责任之日起算。

第五，期间届满的后果不同。

保证期间属满，债权人未在该期间内依法主张权利，保证责任本身消灭。而诉讼时效期间届满，如果债权人向保证人提出承担保证责任的请求，保证人有权提出时效抗辩，但保证责任本身并不消灭。

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