2014年11月，根据军委命令，解放军审计署由总后勤部划归中央军委建制，在军委领导下主管全军审计工作，直接对军委负责并报告工作。2016年1月，军委机关调整组建任务基本完成，原先的解放军四总部即总参谋部、总政治部、总后勤部、总装备部被撤销，取而代之的则是军委15个职能部门，其中就包括正军级的军委审计署。

当时，国防部是这么介绍军委审计署的职责作用以及军队审计监督改革举措的：“1、军委审计署主要履行军队审计监督职能，组织指导全军审计工作。2、改革审计监督体制，全部实行派驻审计，增强审计的独立性权威性，更好发挥审计监督效能。”

军委审计署成立运行没多久，紧接着军委便对既有的《军队审计条例》进行了调整修改；2016年12月底，修订后的《军队审计条例》正式发布，并于2017年1月1日起开始施行，《条例》共设11章77条，涵盖军队审计监督体制、审计职权、审计事项、审计程序和审计工作制度等各个方面，很好的体现了当时军改形势下的军队审计工作要求和前进方向。

2016年版《军队审计条例》有多个亮点，至今令小圣印象深刻，同时也为军队依法治军、从严治军打下了良好的基础。第一个亮点是实行统一审计：军队所有单位的经济活动和各级领导干部履行经济责任情况都要接受审计监督，同时鉴于改革后武警部队审计机构全部撤销，对武警部队的审计监督工作由中央军委审计署统一负责，所以《条例》明确了对武警部队所有单位和各级领导干部的审计要按照对军队单位和领导干部审计的规定执行。

第二个亮点是实行区域设置、统管统派的审计监督体制：中央军委审计署及其直属、派驻审计机构在中央军委领导下履行审计监督职能，依法独立行使审计监督权，不受其他单位和个人的干涉。修订后的《条例》将各级党委、领导的职责由原先的领导本单位审计工作，调整为支持配合审计机构工作，以及抓好问题整改、问责和审计结果运用。例如，军委审计署向五大战区都派驻了审计组，各驻战区审计局分别下辖相应的地区审计中心，均是实行派驻审计、垂直管理、独立履职。

第三个亮点是科学构建了各级军队审计力量及其职责范围：《条例》明确，中央军委审计署及其所属的直属审计中心和驻战区审计局、驻战区审计局所属的地区审计中心，按照规定的监督对象范围开展审计工作，下级审计机构对上级审计机构负责并报告工作。上级审计机构可以将其监督对象范围内的审计事项授权下级审计机构进行审计；上级审计机构也有权对下级审计机构监督对象范围内的审计事项，直接进行审计。审计方式包括就地审计、报送审计、联网审计、跟踪审计等，审计结果、审计发现问题整改情况可在保守军事秘密的前提下在一定范围内通报或者公布。

2016年修订的《军队审计条例》在实施多年后，取得了非常不错的效果和成绩。但为了进一步适应军队发展建设的新形势新任务和新要求，全面把握新形势下的军队审计工作的总体要求，更好发挥审计监督服务作用、保障国防和军队建设高质量发展，《军队审计条例》于2024年6月再次进行了修订，并于2024年7月1日起予以施行，条例共8章75条。当时，国防部在例行记者会上对外介绍道：修订发布新的《军队审计条例》是持续加强审计监督的一项重要举措，特别是对于提高军费管理使用效益、进一步规范财经秩序具有重要意义。

修订完善后的《军队审计条例》明确军队审计工作要立足经济监督定位，增强政治属性和政治功能，突出加强自身建设，坚持严格依法、实事求是、全面覆盖、问题导向、查治一体的原则，并进一步规范了军队审计工作、强化了审计监督作用、拓展了审计职能，同时也为依法治军、从严治军再添一道强有力的制度屏障。当然了，在《军队审计条例》修订完善的过程中，始终牢牢把握着“权责对等”这个大方针、总原则，既赋予军队审计人员必要的履职权限，又强化了对审计权力运行的监督和制约，并且在明确审计对象责任义务的同时还向其提供必要的权利救济渠道，从而真正发挥审计监督的权威性和公信力。

而在经过多轮的审计机构改革和《军队审计条例》修订后，我军已经构建了完善的审计监督任务体系，大幅提升了审计质量和效能，使得各类审计有关事项都实现了细化优化，并建立健全与其他监督部门的贯通协同、抄告问责等制度机制，从而形成监督合力。