奴儿干都司的建立是明朝对东北女真各族招抚的成功表现。1403年明成祖派遣明张斌到奴儿干（特林）招抚，黑龙江下游的女真各部纷纷臣服于明朝，接受了明朝的官职册封。

自古以来，奴儿干就是黑龙江流域的要冲，《金史》记载渤海最早在此建立了奴儿干城，后来辽国和金国都将此地作为统治黑龙江下游的一个据点。元朝为了征服库页岛的吉列迷人，在此设置了征东元帅府。1409年，明朝鉴于奴儿干“其地冲要，宜立元帅府”，于是设置了奴儿干都司，以东宁卫指挥康旺为都指挥同知，千户王肇舟等为都指挥佥事。奴儿干都司的建立，代表明朝的军事势力开始延伸到了黑龙江下游地区。

奴儿干都司的管辖范围在黑龙江下游地区，涉及乞里迷、伏里其、兀剌、曩加儿、古鲁、失都哈、兀失奚等部落，明朝在此册封了十一个羁縻卫，宣德年间增加到了十八卫。谭其骧等学者认为奴儿干都司管辖所有女真部落以及蒙古兀良哈等部落，这明显是一种错误的观点。

奴儿干都司管辖范围内的族群主要有女真人、吉列迷人等，这里的女真人被明朝文献称之为“野人”。而吉列迷人就是库页岛和黑龙江河口一带的居民。 这一带的居民在古代被称为“狗国”，盛行狗拉雪橇。《永宁寺记》载“东北奴儿干国……畜养惟狗”。清朝将这些部落统称为“使犬部”。清朝末年，边疆地理学者曹廷杰对挽用犬习俗的分布范围进行了考证“自音达木河，顺松花江两岸，东尽海中库页岛各部，俱用狗车，即狗拉爬犁，所谓使犬部也。” 音达木河是黑龙江佳木斯的一条小河，可见该部落的分布单位是从佳木斯到黑龙江入海口乃至于库页岛一带，也同样和《明太宗实录》记载的吻合。

明朝在奴儿干都司的管辖属于一种羁縻状态。奴儿干都司的都指挥同知、都指挥佥事等是女真人，他们的常驻地点是内地或者辽东。如亦失哈为海西女真人，在明朝初期被俘虏到明朝宫廷，成为了宦官。明朝在奴儿干常驻兵力只有200人，属于象征性质的驻兵。为了威震慑女真各部，明朝会在夏季派遣规模较大的水师沿着松花江、黑龙江顺流而下进行巡视。

1411年。亦失哈带领25只船、人数1000的军队到达奴儿干，护送康旺赴任。此后，亦失哈每隔一年或者两年就要带领明朝军队巡视黑龙江。在奴儿干都司设置了20年间，明朝一共9次巡游黑龙江。为建造船只，明朝在松花江上修建了船厂，由辽东都司等重要的官员在此督造船只。

阿什哈达摩崖（明代松花江造船遗址见证）

1413年，亦失哈在第三次巡视奴儿干，在附近的山上修建了一座寺庙，名为永宁寺。宁寺建好后，亦失哈又竖立了一块石碑，上刻《永宁寺记》碑文，有汉文、蒙古文、女真文、藏文四种文字，主要记载奴儿干都司建立的过程及亦失哈本人前两次巡视的过程。

这种巡游活动和郑和下西洋的性质十分相似，在巡游的过程中，除了炫耀国力之外，还会接受“贡品”，并对“进贡”的部落进行大规模的赏赐。但这种活动是需要雄厚的财力来维持的，各部落要么是暂时屈服于明朝巡游的兵力，要么是贪求明朝使团带来的财物，因而基本都会选择“臣服”。但巡游的军队一走，叛乱就很有可能发生。

松花江

明成祖时期，由于好大喜功，穷兵黩武，并开展“万国来朝”的朝贡贸易，派遣郑和下西洋，导致国家国库迅速亏空。到了仁宣年间，国家财政危机严重，就不得不全面收缩，朝贡贸易大幅度减少，郑和下西洋停止，边疆的各种羁縻机构能撤就撤，以减少开支。因此，在仁宣年间，奴儿干都司的维系也就越发艰难。

女真人的骚动、反抗也让明朝维持奴儿干都司巡视的困难加大。朝贡贸易总体而言是有利于女真部落积累财富、发展壮大的，但是部分朝贡贸易却又对女真不利，例如其中的海东青朝贡贸易。明朝非常喜欢女真进贡的“海东青”，海东青被誉为“鹰中极品”，是东北、蒙古猎人最为喜爱的猎鹰，自辽代开始就是贡品。女真进贡海东青被视为臣服的象征。海东青十分稀有，捕捉也非常困难艰苦，在进贡道路上，往往还会死去一半。

所以辽、元、清三代对海东青进贡是有限制的，以免海东青过分损失。即使有节制，黑龙江下游的居民都会反感，因为东海女真以渔猎为生，失去大量的海东青，会导致居民捕猎困难，最终是生计困难。1346年，女真就因为“捕海东青烦扰”发动了叛乱。当然，女真部落的贵族喜欢进贡以换取大量的财富，但这些财富基本和平民百姓无关。

海东青

明朝主要官员可能对海东青的生存环境不太了解，因而也没有限制其朝贡数量。1426年，辽东东指挥金声说“我与内官二人入狗儿国，捕捉海青五十七”，“海青大半死于路上，但进二十八”；1433年，巡游奴儿干的船队带回“海青三百余”只，那这次捕获的海东青应该在600只左右。如此大规模地征海东青，必然会引起东海女真平民的不满。

奴儿干都司的一项重要职能就是收纳海东青等贡品，《明实录》记载为“统属其众，岁贡海青等物，仍设狗站递送。”因此，奴儿干都司就容易成为女真人攻击的目标。洪熙年间，就已经出现了部分女真部落叛乱的事件，导致奴儿干都司无法运转。《武公墓志铭》记载“洪熙乙巳，奴儿干梗化”。永宁寺也是在此期间被吉列迷人所毁。

宣德元年，明朝派遣亦失哈带领1500名官兵再次巡视奴儿干。第二年，明廷又派遣3000官兵到达奴儿干，人数到达了历次巡视奴儿干之首。宣德四年，明廷正式宣布开始重建奴儿干都司，松花江上的造船工作也开始启动。然而，由于财政不足，造船工作一波三折。 《明宣宗实录》宣德四年所载“造船不易，使远方无益，徒以此烦扰军民”。宣德五年，鞑靼首领阿鲁台又侵犯辽东，造船一事被迫中断。

此后，明朝又在宣德六年、宣德七年两次宣布重建奴儿干都司，可见其事情艰难。宣德七年五月，辽东都司指挥使刘清带领明军在在松花江督造船只，同时还捕捉海东青，私自和当地部落进行贸易，结果凌势欺人，激发了女真的叛乱。不久，女真人纠集各部进攻明军，明军死亡八九百人，督运的粮草也被劫掠。刘清为掩盖罪行，对朝廷谎报士兵失踪，直到几年后才事情暴露。

此后，松花江航道已经变成了一条极其不安全的航道，明朝军队的任何一次航行都将变成了充满风险的赌博，极有可能有去无回。从松嫩交汇处到奴儿干有3000公里的航程，周边部落反复无常，士兵安全无保障。

为了实现重建奴儿干都司，明朝在宣德七年史无前例地派出了2000人的军队巡视奴儿干。亦失哈等官员在奴儿干重建了永宁寺，并对周边部族再次进行了招抚，包括毁掉永宁寺的吉里迷人也在招抚的范围。这时候的明朝根本没有在黑龙江下游用兵的国力，只有通过招抚来稳定一下局面。第二年，亦失哈的船队就返回了辽东。这是亦失哈的第十次巡游，也是最后一次。

1435年，明宣宗去世之前下令：“凡采捕、造船、运粮等事悉皆停止。凡带去物件悉于辽东官库内寄收。其差去内外官员人等俱令回京，官军人等各回卫所着役。”此事宣告明朝正式放弃了奴儿干都司。

随后，奴儿干都司的官员基本安置在了辽东，都司都指挥同知康福担任铁岭守备。王肇舟回到辽东后高老退休，其子王贵担任奴儿干都指挥佥事，地点依然是辽东。不仅如此，其官员的俸禄也大幅度降低，比如王贵虽然是奴儿干都指挥佥事，但只领取副千户的俸禄。这说明，奴儿干都司名义上为内迁，实则撤销。