1969年，被捕两年多的叶企孙被释放，运动的洗礼让风烛残年的叶企孙身体佝偻的像个问号，穿的衣服鞋子都破损不堪，精神上也变得不太正常，北大的学生们经常能遇到这位在校园内乞讨的老教授，一代民国大师为何陨落到这步田地。

1925年，清华大学刚刚成立大学部，叶企孙就应聘为物理学副教授，在这个岗位上他慧眼识人，王大珩，华罗庚等多位学术界的翘楚都被叶企孙提携，

抗战爆发后，叶企孙又赴西南联大继续教书，学校当时准备推荐两名学生赴美留学，在敲定杨振宁后，另一人选迟迟无法选出，叶企孙推荐刚刚读大二的李政道，教授吴大猷认为李政道大学还没毕业不符合留学条件，但叶企孙极力担保，最终促成李政道赴美，这两人最终在美国获得了诺贝尔物理学奖，成为华人科学家的翘楚。

在教书育人方面叶企孙能力超凡，可对于政治他却是非常不敏感，1949年国共内战到了大结局的时刻，清华大学的很多教授都开始了人生的抉择，南渡台湾还是留守北平，叶企孙也不例外，

校长梅贻琦亲自来劝他一起离开大陆，可叶企孙不想离开这片土地，他说：我就是个教书匠又没做过什么坏事，就算建立新的国家，也需要老师，人各有志，您莫强求了，梅贻琦只能无奈自己离去。

新中国成立后，叶企孙出任清华大学校务委员会主任，他向军政委员会提出为自己的学生熊大缜平反，

熊大缜在抗战时期跟随叶企孙南迁，在此期间八路军抗日将领吕正操找到了叶企孙，希望他的学生能进入抗日根据地帮助解决没有电台和武器装备制造的难题，熊大缜主动请缨投笔从戎，来到了冀中平原抗日根据地，可一年之后，根据地开展锄奸运动，熊大缜被指控为中统特务，在严刑逼供之下，他承认是受老师叶企孙委派打入根据地窃取情报，最终熊大缜被处以石刑，因为枪毙会浪费子弹。

叶企孙后来知道熊大缜被杀的经过，气得浑身抖如筛糠，气愤的说道：抗日也成了罪过了吗?在等到新中国成立，他第一时间就提出了为熊大缜平反，可他的信如同石沉大海，并不死心的叶企孙在1955年再次要求为自己的学生平反昭雪，可仍然是渺无音讯，令叶企孙想不到的是，他的两次提议最终会给自己带来灭顶之灾。

1966年，风暴袭来，已经被并入北大的物理系校园内贴满了叶企孙是中统特务的大字报，熊大缜三十年前交代问题的档案也被人公之于众，

叶企孙被革命小将们揪出进行大批斗，要求他交代隐藏在清华北大两所大学近三十年有何目的，偷取了多少情报，每天的文攻武卫让这位老教授的精神开始失常，

1968年，他被正式批捕，在狱中叶企孙被要求写交代材料，已经神经错乱的他写的东西含糊不清，看守人员认为他是装疯卖傻，也让他在狱中备受折磨，

1969年底，因为查无实据，加上叶企孙年老体衰百病缠身，他被释放回家，但仍然要作为中统特务嫌疑分子被隔离审查，这也就出现了开篇那位精神异常的乞讨老头，

三年后，组织上以叶企孙的问题是敌我矛盾，但按照人民内部矛盾处理给予了结论，并同意他回到北大任教，可此时叶企孙已经行走困难，大小便失禁，完全无法在当他的教书匠了，

1975年，组织宣布结束对叶企孙的隔离审查，但仍未平反，他的学生得到消息后，都希望能再和老师见面，但被组织拒绝，此后叶企孙被护工老周照顾，直到1977年病逝，一代大师就此落幕。