杨辅清原名杨金生，广西桂平人，世代务农的他与东王杨秀清没有任何血缘关系。洪秀全发动金田起义以后，由于杨金生作战勇敢，被杨秀清发现而被认为同宗。从此他便改名叫辅清，与同样改完名字的杨元清、杨宜清一起成了东王杨秀清的弟弟。

太平天国定都天京以后，杨辅清与杨氏兄弟们一起与韦昌辉家族、石达开家族的人被洪秀全授以“国宗”一职。

在太平天国定都的前两年里，韦氏国宗、石氏国宗经常以提督军务的头衔出外领兵作战。而杨氏国宗直到咸丰六年（1856年）杨秀清自觉掌控太平天国一切以后，才得以出天京领兵打仗。正因为这样，当天京之变爆发时，出外领兵打仗的杨辅清才得以逃过死劫，因为在洪秀全最初的诛杨计划中，杨辅清是位居杨秀清之下的第二个必杀之人。

由于杨辅清在杨秀清没有被平反之前，只有翼王石达开力挺他，所以当石达开离京远征时，两个人有过一段短暂的密切合作期。

咸丰八年（1858年）春，当石达开率部进入浙江境内时，为了配合石达开作战，正在江西境内与清军周旋的杨辅清、杨宜清部，按照之前与石达开的约定，突然领兵攻入了福建。

当杨辅清部在赣闽边界集结时，惊恐万分的福建官府，在闽浙总督王懿德的主持下，集重兵在闽赣边境的武夷山区各个关门，企图将杨韩清部堵截在福建之外。

杨辅清是东殿第一名智勇双全的猛将，他见清军如此布置，当即心生一计，决定采用避实就虚的战法，就是以少数兵力佯攻邵武、建宁两府的各个关口，然后在江西抚州的铅山县河口镇集积重兵，在做好充足准备后，于3月31日向清军防守的薄弱处崇安县岑阳关发起猛攻，尽管清军拼命抵抗，但怎奈寡不敌众，太平军仅用多半天时间就攻克了岑阳关，轻松的进入了福建。

时福建清军因为石达开部大举入浙，大部分人马被朝廷调往浙江，因此防务十分空虚。这样一来，当杨辅清部攻入福建以后，就如入无人之境，仅用三天时间就占领了蒲城、松溪等地，兵锋直抵福建重要城市邵武。

5月10日，随着杨辅清一声令下，太平军开始攻打邵武城。两军在城下大战了两个时辰不分胜负。杨辅清见状便假装不敌退了下去，城中清军在一个不知死活的吴姓守备带领下，竟敢不知死活的率兵追击出来。

杨辅清要的就是这个效果，当清军追出城一里处时，突然率部回身去攻打清军。

就这样太平军仅用两个冲锋就打败了出城追击的清军，吴姓守备亦死在杨宜清的刀下。紧接着，太平军便一鼓作气攻克了邵武。

由于邵武是闽境重地，当其被太平军攻克后，福建全省为之震动，相邻的建宁、延平、汀州等府人心惶惶，当即加强了防务，但由于福兵源有限，王懿德能做到的事只有挖肉补疮，这给杨辅清入闽作战带来了更大的有利机会。

面对太平军咄咄逼人的攻势，王懿德只好厚着脸皮向浙江省求援，但这个时候浙江战事正紧，根本无兵可调，即使朝廷也只能告诉他，当衢州解围以后方能抽出兵力入闽支援他作战。

由于杨辅清所占三城是闽北重镇，互为犄角的这三座城池对建宁府威胁很大，倘若建宁有失则全闽不保。

为此，王懿德下了死令，命正在围攻蒲城、松溪、政和三地的清军要不惜一切代价破城。

自5月中旬以来，清军在这三个地方与太平军展开了一轮又一轮血战，尽管如此，清军在英勇无畏的太平军面前没有讨到一点便宜，反而叫反守为攻的太平军攻占了建安、崇安两县。至此，太平军几乎完全控制了除建宁府城以外的整个建宁地区。

就在杨辅清准备进一步扩大战果时，浙江传来石达开在衢州兵败的消息，当石达开从浙江准备入闽联合作战时，事为天京的洪秀全所知，他为了拆散石杨联盟，不惜用中军主将的职位召唤杨辅清回京。

杨辅清经过权衡利弊，觉得追随石达开单干还真不如回天京支持洪秀全名正言顺，于是他没等石达开入闽便放弃他占领的地方率部回天京去了。