肿瘤研究领域的经典教材是《癌生物学》。外周免疫是肿瘤免疫的基础，肿瘤免疫是外周免疫的升华。为了方便大家学习，我们多年前制作了《肿瘤免疫12讲》。但是，随着前沿研究的不断推进，有些内容已经落后，整体框架也有待优化。为此，在教材和前沿综述、论文的基础上，结合单细胞、多组学等，我们推出《免疫浸润12讲》2.0版本。该版本中，我们引入肿瘤治疗异质性的概念，丰富了肿瘤异质性的内涵。

非小细胞肺癌（NSCLC）是最常见的病理类型。过去十年，免疫疗法（尤其是免疫检查点阻断，ICB）彻底改变了NSCLC的治疗格局。化疗联合免疫治疗的疗效优于单独化疗，对非鳞状和鳞状NSCLC均有效，且不受PD-L1表达状态限制。但关键问题在于部分患者对ICB无应答，且免疫疗法耐药的分子机制尚未明确，限制其治疗效果。ICB可重塑肿瘤微环境，但重塑方向存在差异：部分患者TME向治疗敏感方向发展（如pCR），另一部分则向耐药方向发展（如免疫逃逸），但这种差异的调控机制尚不明确 。

2025年4月 ，Molecular Cancer杂志发表题为Single-cell and spatial transcriptomic analyses revealing tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoimmunotherapy in non-small cell lung cancer的研究论文，通过单细胞和空间转录组测序，探究新辅助化疗联合免疫治疗（neoadjuvant chemoimmunotherapy）对NSCLC患者肿瘤微环境的重塑作用，以识别与治疗敏感相关的关键分子、细胞亚群、通讯模式和空间分布，为优化治疗策略提供理论依据。

该研究收集12名NSCLC患者的16份肿瘤组织样本（包括治疗前和治疗后样本），其中6例接受新辅助免疫治疗联合顺铂化疗（PT 组），6例未接受术前治疗（TN 组）；随后进行单细胞和空间转录组测序，结合细胞聚类、差异基因分析、细胞通讯分析等方法，解析TME中细胞亚群组成、基因表达及空间分布的变化，侧重图谱类绘制。

Fig. 1整合了研究设计、核心实验结果和关键发现。1、通过t-SNE图呈现了8种主要细胞类型（T-NK细胞、B-浆细胞、内皮细胞、上皮细胞、成纤维细胞、肥大细胞、髓系细胞、平滑肌细胞）的分布，并标注了各细胞类型的标志性基因；2、利用空间转录组数据，通过RCTD算法实现了4例患者肿瘤切片中细胞类型的空间注释，结合H&E染色识别出三级淋巴结构（TLSs），明确区分免疫治疗无响应者（tumor-1、tumor-4）、响应者（tumor-3）和病理完全缓解（pCR）者（tumor-2）的TME差异；3、通过邻近分析揭示不同细胞类型的共定位关系，为后续细胞间相互作用研究奠定基础。

主要发现

①探究细胞亚群与治疗敏感性。CD4+ Treg和基质型癌症相关成纤维细胞（mCAFs）分布提示免疫抑制性TME，而CD4⁺ Th17细胞和炎症型CAFs（iCAFs）积累是治疗敏感的阳性标志物。②揭示SELENOP+巨噬细胞的作用：治疗响应组SELENOP+巨噬细胞比例显著升高，并与抗原呈递型CAFs（apCAFs）在肿瘤边界共定位，且在三级淋巴结构中聚集，可能通过招募淋巴细胞增强抗肿瘤免疫。③细胞通讯：治疗响应者中SELENOP巨噬细胞、apCAFs与CD4⁺、CD8⁺ T 细胞的相互作用增强，SELENOP巨噬细胞通过胆固醇、白细胞介素、趋化因子等通路招募CD4⁺初始 T 细胞、辅助 T 细胞及CD8⁺ 初始 T 细胞。

研究首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序（ST），不仅揭示细胞亚群的组成差异，更通过空间定位分析明确关键细胞的分布模式及其与治疗响应的关联。这种技术整合弥补了以往研究仅依赖单细胞测序、缺乏空间维度信息的局限，为理解TME重塑的空间特异性提供了新视角！