印尼位于东南亚地区，面积约191万平方公里，人口约2.8亿，是东南亚最大的国家。印尼是一个群岛国家，各个岛屿受到大海阻隔，交通往来不便。印尼有半个岛屿存在独立倾向，这半个岛屿就是印尼的西巴布亚地区。西巴布亚位于新几内亚岛西部，而新几内亚岛是世界第二大岛屿，面积达到了78万平方公里。因此对印尼来说，西巴布亚地区非常重要，那么西巴布亚一旦独立，对印尼有什么影响呢？
第一，西巴布亚独立问题。印尼是一个多民族国家，主体民族为爪哇人，信仰伊斯兰教。爪哇人主要分布在爪哇岛，以及苏门答腊岛，加里曼丹岛等岛屿，爪哇岛是印尼的核心岛屿，印尼有1.4亿人口分布在爪哇岛。印尼历史上的王朝，也以爪哇岛为核心。
印尼岛屿众多，历史上并没有出现统一的王朝，只是存在一些分散的王朝。比如室利佛逝王朝，满者伯夷王朝。这些王朝主要统治现在印尼西部地区，没有统治包括西巴布亚在内的印尼东部群岛。西巴布亚不是爪哇人传统的聚居区，而是巴布亚人的传统聚居区。
爪哇人属于马来人的一支，从体貌特征来看，属于黄种人。而巴布亚人属于棕色人种，头发卷曲，肤色呈暗褐色，和黑人体貌特征相近。马来人曾经信仰佛教，印度教，比如室利佛逝王朝就是一个佛教国家，8世纪时期，室利佛逝王国将大乘佛教定为国教。14世纪时期，满者伯夷王国灭亡了室利佛逝王国，满者伯夷王国是一个印度教国家。到了15世纪，淡目国灭亡满者伯夷王国，淡目国受到阿拉伯商人影响，是印尼历史上第一个伊斯兰教国家。
淡目国统治范围就是爪哇岛和周边一些小岛，没有统治过西巴布亚地区。而西巴布亚的巴布亚人原本没有宗教信仰，只是崇拜祖先和图腾。17世纪初，荷兰东印度公司侵入爪哇岛，攻占巴达维亚，设立了东印度公司亚洲总部，巴达维亚也就是现在的雅加达。
荷兰人以巴达维亚为基地，控制了整个爪哇岛。此后荷兰人不断对外扩张，建立了荷属东印度殖民地。18世纪时期，荷兰人侵入加里曼丹岛，控制了加里曼丹岛中南部地区。然后荷兰人继续向东扩张，18世纪后期，荷兰控制苏拉威西岛。19世纪初，荷兰侵入新几内亚岛。新几内亚岛的巴布亚人发展落后，当时仍然维持着原始部落生活。
荷兰征服西巴布亚之后，将其并入了荷属东印度版图。此后荷兰人开始向巴布亚人传播基督教，巴布亚人原本没有宗教信仰，容易受到荷兰影响，就这样巴布亚人逐渐信仰基督教。二战时期，荷属东印度被日本占领，1945年日本投降后，印尼宣布独立，成立了印度尼西亚共和国。
荷兰不愿放弃对荷属东印度的统治，发动了三次入侵印尼的战争。到了1949年，荷兰和印尼签署《圆桌会议协定》，荷兰承认印尼独立，印尼承认西巴布亚属于荷兰。此后印尼成为独立国家，但西巴布亚继续受到荷兰统治。
印尼承认西巴布亚属于荷兰只是权宜之计，印尼野心勃勃，试图完全继承荷属东印度版图。1962年，西巴布亚爆发独立运动，试图脱离荷兰独立。1962年，印尼和荷兰在西巴布亚附近海域爆发阿拉弗拉海战，印尼39人阵亡，53人被俘，一艘鱼雷艇被击沉，荷兰方面无人员损失和舰艇损失。
虽然荷兰取得了胜利，但荷兰最终还是决定放弃西巴布亚。此后印尼登陆西巴布亚，武力将西巴布亚并入了印尼版图。但西巴布亚人不愿接受印尼统治，爆发了多次独立运动，都遭到了印尼的残酷镇压。
第二，西巴布亚的重要性。印尼西巴布亚地区面积广阔，以东经141度线和巴布亚新几内亚分界。巴布亚新几内亚面积约46万平方公里，印尼西巴布亚面积约32万平方公里。西巴布亚属于热带雨林气候区，分布着广阔的热带雨林，木材资源丰富。此外西巴布亚还蕴藏着丰富的煤炭，铁矿，石油，天然气等资源。印尼控制西巴布亚之后，对西巴布亚资源进行了开发，不仅供应国内工业需求，还可以对外出口换取经济利益。如果西巴布亚独立，印尼就会失去大片的土地和资源。
此外印尼是一个非常散装的国家，印尼版图源于荷兰殖民者的整合。再加上印尼岛屿众多，交通往来不便，西巴布亚一旦独立，可能影响印尼其他地区。到了2006年，印尼为了缓和西巴布亚的独立运动，给予了西巴布亚地区自主开发资源的权力。但西巴布亚的各种资源，印尼仍然可以优先以低廉的价格购买使用。此外印尼还不断向西巴布亚迁徙爪哇人，巩固了对西巴布亚的控制。
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