1975年初，党中央在北京召开了十届二中全会，对四届人大关于政府组成的问题进行了讨论。在讨论到文化部部长的人选时，周恩来本来准备让国务院文化组组长吴德担任此职，但是吴德已担任北京市委书记兼北京市革委会主任，他以工作太忙为由而婉拒。
周恩来又提议由原文化部长茅盾再次担任此职，但张春桥和江青都不赞成。最终江青提名于会泳当文化部部长，王洪文、张春桥、姚文元都一致表示赞成，于会泳的提名就这样通过了。文化部部长名义上是归总理和一位副总理领导，但是大家心里都明白，这个部只能归江青领导。
于会泳上任后，跟着“四人帮”干了很多坏事。1976年1月8日，周恩来去世， “四人帮”害怕人民悼念周恩来，便压制悼念周恩来的活动。1月9日，于会泳派人通知文化部各单位在悼念期间不准戴黑纱，不准设灵堂，不准送花圈，还要求文艺团体照常进行文艺演出活动。于会泳此举受到了文化界广大干部的质疑。
后来在“批邓、反击右倾翻案风”时，于会泳紧跟“四人帮”，全力以赴。“四人帮”在拟定他们上台后“组阁”的中央领导班子时，于会泳被列为副总理人选。
1976年10月，“四人帮”被粉碎后，中央派出工作组进驻文化部，于会泳也被定为“江青反革命集团”成员而隔离审查。
于会泳在被隔离审查期间，对于自己紧跟“四人帮”十分悔恨，写了近17万字的检查和交代材料。但于会泳对自己今后的出路还比较乐观，他觉得自己在“运动”中没有干过什么坏事，还做过不少如保护浩然、汪曾祺等作家的有益的事； 自己跟随江青等人办的一些事情，只是奉命行事，不办也不行；自己有错误，没大罪，自己参与搞的样板戏，毛主席、周总理也是喜欢和肯定的；周总理还称赞过自己……
于会泳认为，隔离审查结束后，中央会给自己一个处分，处分大概不会太重，文化部部长是不能再当了，但总可以回上海音乐学院教书；即使自己回不了上海音乐学院，还可以回胶东老家的县文化馆或县剧团当一名普通干部，搞搞文艺工作。
但于会泳没想到的是，1977年8月，华国锋在党的“十一大”上的《政治报告》直接点了他的名，把他定为“四人帮”骨干分子，称马天水、于会泳、迟群等人是“政治野心家、叛徒、新生反革命、流氓、打砸抢者”。这给于会泳以沉重打击，让他的精神接近崩溃，当天晚上，他一夜未眠。
第二天，于会泳找专案组谈话，他在表示认罪服罪的同时，请求与中央驻文化部工作组组长谈一次话，期望这位组长能听听自己的意见，但他得到的答复是：组长工作忙，没有时间和他谈话。于会泳彻底绝望了。当看守人员向上级报告于会泳神志恍惚、有异常表现时，上级指示“提高警惕，注意安全”，但没有对他采取其他措施。
1977年8月28日上午，于会泳在院子里散步时，发现厕所窗外有一只瓶子中盛放着足以使人穿肠烂肚的“来苏水”，他便趁看守人员不注意，将这只瓶子挪到自己经常洗脸的位置。这天下午，于会泳午睡起来去厕所洗脸刷牙后，将“来苏水”倒入了自己刷牙的杯子中，用湿毛巾捂着带回了自己的房间。
当天晚上，于会泳提笔给母亲、妻子和女儿写下遗书。遗书是这么写的：
我跟着“四人帮”犯了罪，对不起华主席，对不起党，对不起人民，我的结局是罪有应得，只有一死才能赎罪……我恨透了“四人帮”，也恨透了自己；消除旧的于会泳……希望你们永远紧跟英明领袖华主席和华主席为首的党中央，革命到底。
晚上8点左右，于会泳毅然决然地将自己刷牙杯中的“来苏水”喝了下去，当他被人发现时，已经处于昏迷状态。随后于会泳被送到医院紧急抢救，但终因抢救无效，于8月31日死去。
1977年9月，中共中央作出决定：于会泳是江青反革命集团的重要骨干、死党，属于敌我矛盾性质，本应依法提起诉讼，追究刑事责任，但因本人已自杀身亡，故对他不予起诉，撤销于会泳党内外一切职务，开除党籍。
1997年，《音乐人文叙事》创刊号（年度学刊）上发表了于会泳的作品《民族民间音乐腔词关系研究》，作为音乐家，他仍然被人们认可。
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