后来，日本萨摩藩以琉球 “不听话” 为由出兵，实则是想掠夺当地的贸易资源。尚宁王抵抗失败，被押至鹿儿岛签订条约，被迫割让奄美五岛，还需每年向萨摩进贡硫磺和布匹。
萨摩控制琉球后，表面上仍让琉球维持王国形态，继续向清廷进贡，暗地里却对其征收重税，并派人监视。岛上官员因此分成亲中、亲日两派，亲中派还常遭到打压。
日本明治维新后，国力逐渐增强，借台湾漂流事件出兵后，便将琉球改为藩，册封尚泰为藩王，同时拆解琉球原有的王国机构。
之后，日本又派人到首里，强制要求琉球停止向清廷进贡、改用明治年号，并推行日语学校。琉球官员坚决反对，贡船也被日本扣押，民众纷纷抗议，却被日本增兵镇压。
1879 年，日本派人登陆琉球，包围首里城，宣布废除琉球藩、设立冲绳县，尚泰王被迫前往东京，被赐予侯爵头衔，琉球王国就此覆灭。
冲绳县成立后，日本拆除琉球传统城墙改建县厅，禁止琉球语使用，并征召当地民众服劳役修建道路。面对严苛统治，琉球人多次发动起义，日本则逮捕起义领袖，并强制部分琉球人移民至日本本土。
1894 年甲午战争中日本获胜，清政府被迫签订《马关条约》，割让台湾等地，此后在琉球事务上彻底丧失话语权。日本将琉球群岛作为南下扩张的基地，推行全面同化政策：学校中强制教授日本历史，年轻一代逐渐淡忘琉球传统习俗。
二战期间，琉球成为太平洋战场的前沿阵地。1945 年冲绳战役爆发，岛上民众伤亡达二十万，琉球王国都城首里城也在战火中被烧毁。
日本投降后，根据《开罗宣言》与《波茨坦公告》，日本领土被限定为四大岛屿，琉球群岛并不在其中，此后琉球由美国实行军事管制。美国在琉球大规模修建军事基地，并将其与日本本土隔离开来。
1951年，美日签旧金山和约，没问中国，就把琉球托管美国。
冷战下，美国扩空军海军设施，征地拆村。琉球人抗议，美国设琉球政府，但军方主导。1971年，美日私签返还协定，1972年生效，日本拿回行政权，基地留着，美军继续驻扎。
日本承诺补偿，实际加深控制，琉球人游行反对，冲突多发。岛上如今住一百四十五万人，大多日本人后裔，原住民十来万。
散在本土的琉球裔加起来超两百万，但民族感淡，语言快失传。
琉球的经济主要依赖旅游业与渔业，人均收入仅为日本全国平均水平的七成，且本土企业在当地形成垄断，失业率居高不下。
传统的甘蔗、菠萝种植产业规模萎缩，环境污染问题突出，政府补贴也多向美军基地周边倾斜，当地民众普遍感到不公。
美军基地占据琉球群岛约一成八的土地，基地运营产生的噪音严重干扰居民生活，安全事故频发，还造成水源污染。2024 年，因美军士兵涉嫌犯罪引发万人抗议，冲绳县知事玉城丹尼向东京政府提交书面申请，要求缩减美军基地规模。
2025 年，美日在琉球周边的联合军演频次增加，引发当地民众强烈焦虑。美军基地搬迁计划推进过程中，填海造地新建设施的行为遭到环保团体反对，相关方提起诉讼，指出该工程会破坏珊瑚礁与儒艮栖息地。
尽管琉球独立运动规模较小，但始终坚持推进。2022 年的调查显示，仅 3% 的受访者支持琉球完全独立，48% 则希望获得更大程度的自治权。
民众生活压力大，怀念王国时期自由贸易，抗议美军撤军的活动持续，县知事与东京就基地问题拉锯。
2025 年 11 月，中国媒体发布采访冲绳原住民的视频，其中提及 “琉球不属日本”，引发国际社会广泛热议。
日本政府随即召见中国驻日大使提出抗议，而中国方面则推动琉球学研究，试图解构日本对琉球历史的单一叙事。日本政客高市早苗于 11 月 7 日发表讲话，公开批评中国 “干涉日本内政”。
日美持续推进 “岛链军事化”，在琉球部署更多军事力量，当地民众担忧家园会成为潜在战场，强烈反对基地扩建。
未来琉球的发展前景尚不明朗，随着地缘政治博弈加剧，岛上民众的前途也充满不确定性。
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