1644年，清朝入关后真正的打击对象除了李自成就是南明政权，一直孜孜以求力求恢复朱元璋时代的全国版图，注意力全在腹心十八省身上。其实爱新觉罗家族追求的版图和统治是下面这个样子的。
顺治这么想的，康熙继位前期，也都是这么想的。二十多年统一战争结束了，该休养生息了，享受胜利果实了。满洲贵族的统战对象是漠南蒙古，尤其核心的联姻伙伴是科尔沁蒙古，这就够了，满足了。漠北的喀尔喀蒙古三部与中原是没有隶属关系的，只是皇太极在位时，向后金政权进贡过，双方是朝贡关系。喀尔喀蒙古三部中的札萨克图汗部继承权一直很混乱，在哥哥、弟弟、侄儿中来回打转。其中该部的汗、成衮与土谢图汗、察珲多尔济是有仇的。成衮是受准噶尔汗僧格支持上位的，其汗位得不到察珲多尔济的承认。大家都是喀尔喀蒙古，平时都在一起放牧玩，你不承认我？以后怎么处？于是，成衮死后，沙喇继承札萨克图汗位，就找僧格商量要结盟对抗土谢图汗察珲多尔济。这察珲多尔济老奸巨猾，提前出兵一万把沙喇杀了。
札萨克图汗部内乱了！部民大量逃散，而且大部分逃入土谢图汗部，新继位的札萨克图汗、策妄扎布还派人跟土谢图汗、察珲多尔济要人，这能还么？借钱都不会还的，何况凭本事抢来的，不可能还的。
此时的时间是1686，离康熙进军收复台湾不到3年。离平定三藩之乱刚刚5年。江南初定，康熙还没来得及展开拳脚，就在北京碰到札萨克图汗派人过来告状了。地方矛盾理不清，需要上头给意见。但是与康熙一起站出来搞调解工作的不止他一家，甚至准噶尔汗国、西藏DL喇嘛都派人过来掺和。此时，漠北与清朝并无从属关系，清朝和准格尔汗国都是派人过来了解情况的。康熙派得是理藩院官员，根本不是驻防将军、内阁大学士等重量级官员，相当于先过去一个“联合国观察员”看看，并无做决策的意思。但此时是野心勃勃的主角，大BOSS噶尔丹上位了，他是僧格的亲弟弟。他的目标就是要统一整个蒙古高原及部落，完成自己祖先也先未能完成的伟业，甚至想要达到黄金家族的高度。
准噶尔汗国就不是单纯来了解情况的了，他要搞事情，出兵搞定喀尔喀，直接占领！
因为札萨克图汗占理，康熙也不太支持土谢图汗察珲多尔济的，这土谢图汗就冒险出兵，不仅杀死对方大汗，甚至还打死了在当地当“联合国观察员”的噶尔丹的弟弟，彻底激化了双方矛盾。这就没得可说了，噶尔丹打着为弟弟报仇的旗号，正式开启了准噶尔汗国与大清争斗的命运之旅。从这一点来说，准噶尔汗是师出有名，占理的。但是准噶尔汗国的出兵，也改变了康熙乐当“观察员”的态度，他也要撸起袖子下场干了。
康熙二十七年，1688年，噶尔丹率领3万武装到牙齿的准噶尔汗国军队抵达漠北。土谢图汗以一部之力怎么抵挡得住准噶尔汗国的全国之兵？立马就土崩瓦解，逃亡北京。喀尔喀蒙古各部也纷纷逃亡，向大清告饶，要求内附。此时，康熙才正式成为噶尔丹的敌人，他先派兵北上抵抗，失利。如果事情到此为止，噶尔丹止步不前，可能康熙并不会继续下一步动作。大概率双方的边境线仍像历史上所有的中原王朝与塞外游牧帝国一样，以长城、沙漠为界，大家搞个拉锯，互不干扰。那么，康熙会像明朝诸帝一样，搞一个“九边防线”、“宣大总督”，噶尔丹则时不时南下侵扰罢了。
但是，噶尔丹目标不仅限于此，他发现漠北蒙古牧民跑个精光，只剩光秃秃的一片草原荒漠时，愤怒了。有地无民，还统治个甚？于是，继续南下找大清的麻烦就是顺水推舟了，等准噶尔人抵达内蒙的乌兰布统草原时，形势已经无法遏制，由零星接触的区域性战争变成两个帝国之间的大规模热战。
1690年，噶尔丹越过锡林郭勒草原，抵达离北京不到500公里的乌兰布统。往前不过240公里，就可以望到河北承德清帝的皇宫的琉璃屋顶了，噶尔丹几乎已经快要达到祖宗也先的成就——“兵临北京城下”。北京的商人反应速度最快，噶尔丹南侵的消息让北京的商铺大多关门停业，“米价至三两余”。上一次让清朝的皇帝慌张的还是1657年郑成功围攻南京，那一次顺治差点想跑回关外老家，被孝庄皇太后拉住了。
这一次，康熙稳住了阵脚，派出5万八旗兵迎战准噶尔3万装备了沙俄、中亚火器的骆驼骑兵。此战清军其实应该算是败了，死得人比噶尔丹多多了，连国舅佟国纲都被一枪毙命。但最后噶尔丹孤军深入，自己怕被清军“包饺子”，来了一个缓兵之计，连夜渡河跑路了，只不过路上因为饥渴和后勤丢失补给，死亡数千人，比战斗损伤大。而康熙这边，打肿脸充胖子，“官方报道”是大胜，杀敌数千，其实没有。
这一次两大帝国正面接战，全都是因为喀尔喀蒙古两个部落酋长惹是生非，硬生生将两方势力拖入了“对决”。这也开启了大清收复新疆的征途。如果噶尔丹仅仅只是想一统蒙古各部还好说，准噶尔汗国实力和大清没得比，但当喀尔喀尽逃漠南求康熙保护的前提下，噶尔丹没有憋住，一怒之下，自不量力杠上大清，最终导致了卫拉特蒙古的没落。
噶尔丹逃跑后，其侄子策妄阿拉布坦偷了叔叔的家，兼并其所有留在新疆的部众、妻子、财货而去。这对游牧帝国来说，基本就是卷了家当跑路了。噶尔丹无家可归，留驻漠北的科布多，苟延残喘。1696年，休息六年之久的噶尔丹自认为缓过了劲，又出兵东进，发誓一定要从康熙那里找回场子。但是康熙也不是六年前的康熙了，这次提前出兵，赶到如今外蒙的乌兰巴托附近的“召莫多”，离北京几千里，安全无忧。一仗下来把噶尔丹打得只剩下几十个人逃走，基本全歼了所有东进的漠西蒙古人。噶尔丹众叛亲离，自杀身亡。
从此以后，准噶尔汗国虽然在策妄阿拉布坦的领导下，又继续强盛了几十年，但始终在大清康雍乾三代皇帝的揉捏之下不得安生，时叛时附。策妄阿拉布坦时期对大清一直是跪着的，双方未起大的争端，准噶尔汗国的火力一直在向哈萨克汗国与沙俄倾斜，三方打得头破血流。康熙统治的后30年一直到雍正继位前期，西域没大战。策妄阿拉布坦的儿子噶尔丹策凌继位后，又开始不安分地想继承伯祖父噶尔丹的“统一蒙古的野心”，再次进入漠北。雍正十年，一次和通泊之战，全歼了清军一部，打退了清军名将岳钟琪。二次光显寺大捷，被清军反推，精锐全部损失。双方再次以阿尔泰山为界，脱离接触，直到乾隆二十年，23年间未发生战斗。
那为什么准噶尔汗国最后亡了呢？也不是大清追过去硬要打的。乾隆二十年，1755年，准噶尔大汗噶尔丹策凌暴毙，汗国内乱了。争夺汗位的阿睦尔撒那（策妄阿拉布坦的亲外孙）主动投降大清，当了“带路党”，这才勾引得清军进入新疆，打败了当权的达瓦齐（噶尔丹弟弟的曾孙）。打完之后，阿睦尔撒那又叛变了，想赶走清军自立为王。但是请神容易，送神难，乾隆吃到嘴里的肉怎么会吐出来？果断地派名将兆惠为统帅，出征新疆，最终收复。阿睦尔撒那先后逃亡哈萨克汗国、沙俄，最后病死在沙俄的一个酒窖里，尸体被送还清朝。
至此，强盛数世纪的准噶尔汗国彻底灭亡，也标志着蒙古贵族及其后裔在天山南北地区长达五百余年的统治完全结束。从成吉思汗踏足这里以来，蒙古人彻底丧失了权力。整个原准格尔汗国的地盘，都被清朝纳入版图，乾隆将此处取名新疆，清朝对新疆的管理细化程度更甚于蒙古和西藏，从此成为中华大家庭的一员。
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