另一边银河队和猎人J联手不断展开行动，他们不仅得到了最后一个召唤材料赤色锁，猎人J更是分别抓捕了三只刚刚苏醒的众湖之神。但是艾姆利多和由克希的反击将猎人J的飞艇击落湖底，猎人J生死不明。
如今银河队集齐全部材料准备召唤传说中的宝可梦，而首领赤木则是通过赤色锁操纵了三只众湖之神。为了阻止银河队的邪恶计划，城奈、小智、小茂甚至是火箭队都纷纷展开行动。不过当大家赶到时银河队已经完成了召唤仪式。
虽然众人奋力破坏了赤色锁让众湖之神恢复神智，可是帝牙卢卡和帕鲁奇亚已经当空出现，并被赤木用赤色圆环操纵意志。随即赤木要求两大神之宝可梦进行世界的毁灭重塑，一时间风雷骤起，电光涌动，赤木面前出现了一个世界雏形。千钧一发之际众人指挥宝可梦攻击赤色圆环，而恢复神智的众湖之神也帮助大家抵御攻击。
激烈的交锋之后赤色圆环终于被成功破坏，因此帝牙卢卡和帕鲁奇亚不受操控停止了世界的毁灭和创造。此刻看着行将消散的世界之门，赤木毅然投身其中，这是属于他的新世界，甚至不愿意让部下也一同前往。最终赤木和新世界之门一同消失在空间之中，众湖之神也平复了帝牙卢卡和帕鲁奇亚的愤怒情绪，它们回归到各自的空间世界再度归于和平。
到此银河队和猎人J的阴谋被成功粉碎，小智继续旅程，途中他收服了一只圆陆鲨作为伙伴，而小光也成功集齐五枚缎带徽章可以参加豪华庆典。
第二天小智遇到另一位训练家阿驯，对方已经集齐了八枚徽章准备参加联盟大赛。为了提高彼此的实力两人进行了一场友情对决，阿驯派出了王牌帝钢企鹅，小智则是召唤猛火猴。双方爆发了激烈的交锋场面，一时难分伯仲，但是火箭队却袭击而来抓捕了皮卡丘和帝钢企鹅。
为了拯救同伴猛火猴再度用出猛火技能，虽然这招击飞了火箭队，可却让自己陷入了癫狂之中。同时火箭队遗留下来的机器即将砸落地面引发爆炸，见状在旁观战的真司指挥电击兽从旁救援，而小智则是再次紧紧抱着猛火猴与它一同承受烈焰的痛苦。
此刻电击兽已经支撑不住，眼看机器就要引发爆炸，就这样猛火猴进化成为烈焰猴保护了全部宝可梦，这份掌控猛火的实力也得到了真司的认可。他和小智定下约定要在联盟大赛中一分胜负，而小智则是对真司的出手相救心怀感激。
一段时间后大家总算来到了最后一个道馆湖滨道馆，起初馆主因为失去了战斗的热情不愿进行对决，好在小智和四天王的奥巴用战斗的激情感染了馆主，因此馆主同意与小智进行对决。不过战斗却因为火箭的袭击而中断，在火箭队的助攻下小智的树林龟进化成为地壳龟。
然而由于场馆的破坏比赛被迫中断，在修整道馆的时间里小光则参加了华丽大赛的豪华庆典，没想到初出茅庐的她竟然杀入决赛斩获亚军，同时武藏也集齐五枚缎带，并在豪华庆典中取得了四强的好成绩。
另一边喵喵对一只卷尾猫一见钟情，为了勾引卷尾猫，它将自己说成是火箭队的受害者并与武藏和小次郎翻脸，然而卷尾猫却进化成胖虎猫可爱少女突变为猛汉壮妇，见状喵喵心态炸裂含泪舍弃这段刚刚开始的恋情。
胖虎猫请把我的事全部忘掉在战斗之路上大步前进吧。
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