阳历已经进入2026年，阴历蛇年还没进入2025年腊月。在这个冬天已经到来，春天快要开始的时间，我们再做一次单细胞21天打卡学习。许诺果友的空间组和上游分析教程因为各种原因搁置，深感抱歉。马年，我们一定会呈现给大家。书归正传，说回单细胞。说句实在话，都2026年了，如果还不懂单细胞，就跟几年前不知道生信一样，已经落伍了。
当然，更大的困惑是，我们知道了生信，学会了代码，但是仍然不能开展一个课题，发表哪怕一篇论文！换句话说，“学了这么多代码，却连一篇论文都发不了"。简直是过去常说的那句“读了那么多书，却仍然过不好人生！”的翻版！当温州医科大学的本科生可以发表40多篇论文，这就说明生信论文发表周期是快于传统的基础研究论文的。问题不是生信，而在于做生信分析的人。
生信不是全能的，写代码也并不是做科研！有句话说，有道无术，术尚可求；有术无道，止于术。用在科研上，这里的道就是科研思维，这里的术就是写代码或者生信分析。很多小伙伴可能学会了写代码，做生信分析，但就是没有掌握科研思维，或者片面点说，没有掌握生信思维，而只是学到了一些代码，有的甚至代码也没学好。
欢迎加入，单细胞21天打卡学习！
因此，想做课题，发论文，最重要的反而不是代码，而是科研思维。思维这个东西本身就是形而上的，看不见、摸不着，但却真真切切地存在，像风、像电，是科学，而非玄学。只要是科学，他就有规律，就可以被我们学习，就有方法。最好的科研思维培训，既不在大佬们的会议分享或课堂上，也不在一系列培训课上（包括我们的集训课和周末论坛），而在于每一个实际推进、实际落地的课题之中。说白了，就是经典文献！
会议主题：单细胞学习总动员
会议时间：2026/01/11 19:00-20:00
发起主持：芒果师兄
点击链接加入会议或直接入会：
https://work.weixin.qq.com/webapp/tm/TbQheKCOLGd
#会议号：612-439-406
经典文献之所以经典，就在于他们把形而上的科研思维具象化了。我们从经典文献中提炼出科研元素，然后自由组合，实践落地，就能做出新课题了。因此，这次单细胞21天打卡学习，我们从“一篇顶百篇”的10篇经典文献开始。本次解读，我们换个视角，可能会带给大家耳目一新的感觉。
如果说生信分析有啥用，那就是，没课题的时候帮着找课题，没机制的时候帮着找机制。如果说生信分析怎么做，上面三句话就够了。近期被这句话点醒：在单细胞、多组学的背景下，对肿瘤微环境中关键免疫细胞亚群的深入研究变得至关重要。忽然发现，好多经典文献就是这样做的，只是当时已惘然。
经典文献101。2020年Cancer Cell杂志上题为Cooperation between Constitutive and Inducible Chemokines Enables T Cell Engraftment and Immune Attack in Solid Tumors的研究论文。该研究首先筛选并验证趋化因子CCL5和CXCL9与肿瘤中CD8+ T 细胞的浸润相关。再通过一系列实验鉴定和确认CCL5来源于肿瘤细胞，CXCL9则源于单核细胞和树突状细胞，是被干扰素-γ诱导表达的。Fig3的结论是CXCL9可能与肿瘤中淋巴细胞的募集有关，且CXCL9主要由肿瘤相关巨噬细胞和树突状细胞产生。Fig1~Fig3属于表型探究，Fig4属于机制探究，Fig5~Fig7属于临床意义探究。
精读文献102。2018年5月，Immunity杂志发表题为Co-inhibitory Molecule B7 Superfamily Member 1 Expressed by Tumor-Infifiltrating Myeloid Cells Induces Dysfunction of Anti-tumor CD8+ T Cells的研究论文。阻断PD-1/PD-L1通路可使部分肿瘤中的CD8+ T 细胞恢复活力，但有些肿瘤抗PD-1治疗总体反应率仅为 20%~30% ，表明可能存在驱动 T 细胞耗竭的其他机制。B7H4在多种实体瘤被发现，且与患者预后和肿瘤中 T 细胞的浸润负相关。因此，B7H4是肿瘤免疫疗法一个有希望的候选靶点。
精读文献103，寻找新型免疫检查点分子。通讯作者是陈列平教授。自1990年代开始一直致力于免疫共刺激、共抑制分子的免疫调控机制及其在肿瘤和其他疾病中的转化研究。2019年1月，在Cell杂志上发表题为Fibrinogen-like Protein 1 Is a Major Immune Inhibitory Ligand of LAG-3的研究论文，基于cDNA文库质粒高通量转染，并通过结合实验和阻断实验，首次发现并证明，纤维介素蛋白1（FGL1)是LAG-3的抑制性功能配体，揭示其在肿瘤免疫中的作用。
精读文献104，CRISPR文库高通量筛选体系、验证策略。2021年9月，Nature杂志发表题为Inter-cellular CRISPR screens reveal regulators of cancer cell phagocytosis的研究论文。该研究通过CRISPR文库双筛选系统，在巨噬细胞中使用全基因组筛选，发现并鉴定G蛋白偶联受体GPR84增强了对APMAP缺陷肿瘤细胞的吞噬作用，揭示了对抗体诱导吞噬作用易感肿瘤的内在调节因子。
芒果文献105，外泌体 PD-L1 与肿瘤免疫逃逸。2018年8月，Nature杂志发表题为Exosomal PD-L1 contributes to immunosuppression and is associated with anti-PD-1 response的论文；2019年4月，Cell杂志发表题为Suppression of Exosomal PD-L1 Induces Systemic Anti-tumor Immunity and Memory的论文。两篇论文的核心是肿瘤细胞释放外泌体PD-L1，并通过淋巴系统或血液流到淋巴结，远程影响并阻止免疫细胞的抗肿瘤作用。因此，外泌体携带的PD-L1不是关闭肿瘤表面的免疫反应，而是在免疫细胞到达肿瘤之前就抑制了免疫细胞。
芒果文献106，可溶性蛋白PCSK9与肿瘤免疫逃逸。2020年11月，Nature期刊发表题为Inhibition of PCSK9 potentiates immune checkpoint therapy for cancer的论文。该研究发现，肿瘤细胞通过分泌 PCSK9 抑制肿瘤细胞MHC-I类分子抗原肽的呈递，同时抑制杀伤性 T 细胞表面TCR的表达，从而抑制抗肿瘤免疫。通过基因删除或PCSK9抗体抑制剂的功能缺失实验，可增加MHC-I类分子在肿瘤细胞表面的表达，从而促进细胞毒性 T 细胞在肿瘤内的浸润。
芒果文献107，如何用9例临床样本发顶刊？2023年12月，Cell期刊发表题为Human inherited CCR2 deficiency underlies progressive polycystic lung disease的论文，描述了单核细胞趋化因子受体CCR2完全缺乏引起人类肺部疾病的表型，并阐明其中的机制和临床价值。这篇只有 9 例样本的遗传病研究，可以说是问题来自临床，解决来自科研，应用回归临床的典范。这项研究最难的点在于，作者是如何想到把 9 例肺泡蛋白沉积症、进行性多囊肺病和复发性感染患者的样本进行全外显子测序的。
芒果文献108，张泽民团队经典论文（单细胞+干湿结合）！2022年12月，Nature杂志发表题目为Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity的研究论文。文章运用单细胞测序技术描绘了原发肝癌的免疫微环境景观并进行分型，重点关注其中的肿瘤相关中性粒细胞（TAN）。
芒果文献109，建模型，选表型，定基因，顶刊是这么玩的！2023年12月，Cell杂志发表题为Prolonged sleep deprivation induces a cytokine-storm-like syndrome in mammals的研究论文。研究发现，睡眠不足可能会导致严重的病理生理后果，甚至诱发死亡！在长达4天熬夜之后，生物体表现出严重的炎症反应，约有80%死亡。表型、基因之间的关系，通过模型验证！
芒果文献110篇，生信推动实验，实验引导生信，干湿结合文章！2021年8月，Cell杂志发表题为CXCR6 positions cytotoxic T cells to receive critical survival signals in the tumor microenvironment的研究论文，通过单细胞测序＋湿实验验证，深入阐释CXCR6 T 细胞在抗肿瘤免疫中的关键作用。这篇文章就妙在，单细胞推动实验，实验又引导生信，两者相互成就，是非常好的干湿结合文章。机制部分并不好做，但作者通过生信分析+数据挖掘，确定DC3与CXCR6 T 细胞的互作及其机制。值得借鉴！
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