在2018年公安边防部队转制调整之前，广东省内同时驻有4个出入境边防检查总站和广东省公安边防总队，而这4个出入境边防检查总站原先其实也是广东省公安边防总队的组成部分。只不过在1998年7月3日，根据《国务院关于北京等九城市边防检查职业化改革试点方案的批复》（国函[1997]76号），北京、天津、上海、广州、深圳、珠海、厦门、海口、汕头九座城市边防检查机构人员编制由现役制改编为职业制人民警察，着人民警察制服，并在各城市组建副厅级的出入境边防检查总站，改由公安部出入境管理局直接领导管理。
上述9城市出入境边检总站依法担负着国家设在上述城市对外开放口岸的出入境边防检查任务，依法对出入境人员及其携带的行李物品、交通运输工具及其载运的货物进行检查和监护，致力于打击出入境违法犯罪活动，维护国家主权、安全和正常的出入境秩序。
至于其余各省、自治区、直辖市的边检机构人员编制依然为现役制（隶属公安边防部队），统一着武警制服，享受现役人员的待遇，由公安部边防管理局统一领导管理，但公安部出入境管理局可实施业务指导。但需要说明的是，两支边检人员队伍虽然在编制体制、身份、着装、待遇等方面有较大差异，但他们所承担的职责任务以及在口岸的执法权限和方式却是完全相同的。
到了2011年，根据中央编办《关于调整北京等七个职业制边防检查总站机构规定的批复》（中央编办复字 [2011]54号），除汕头、海口之外的7个城市出入境边防检查总站从副厅级升格为正厅级。
2018年3月，党中央决策部署，科学界定划转国家移民管理系统的公安边防部队职能、机构、人员，稳步实施转隶官兵转改定级、评授警衔，从符合条件士兵中招录人民警察和工勤人员，队伍管理、勤务组织和后勤保障由现役制模式调整为公安机关职业制人民警察模式。改革中，公安边防部队体制机制重塑，力量结构实现重构、整体面貌焕然一新，完成了朝革命化、正规化、专业化、职业化执法队伍建设方向的迅速转变。
至2018年12月31日，全国所有出入境边防检查站完成警察职业化改革，统一划归国家移民管理局管理。2019年1月1日，调整后新组建的33个出入境边检总站按照新的编制体制运行，并且建立了权责明晰、协作顺畅、执行有效的现代化移民治理体系，国家移民管理队伍自此踏上新征程。
但在此过程中，原“广州、深圳、珠海、汕头”出入境边防检查总站调整优化为如今的“广州、深圳、珠海”出入境边防检查总站，数量由4降为了3，使得力量进一步集中、资源进一步整合，从而更好的服务广东地区的出入境管理服务事业。因为汕头出入境边检总站于2018年改革中被撤销、整合并入深圳边检总站；如此一来，深圳边检总站便承担深圳、汕头、惠州、梅州、汕尾、潮州、揭阳等7个城市共计39个对外开放口岸的出入境边防检查任务。
值得一提的是，广东是目前大陆地区31个省份中唯一同时驻有3个出入境边防检查总站的省份，这是非常特殊的。实际上这也很好理解，毕竟广东可是我国首屈一指的对外开放大省、外贸大省、出入境大省，同时也是我国改革开放的排头兵、先行地、实验区，其外贸进出口总额连续39年居全国首位。直至现在，广东仍在举全省之力高水平推进“五外联动”（即深化外贸、外资、外包、外经、外智“五外联动”全方位改革），坚定不移的扩大高水平对外开放，不断在高水平开放中赢得优势、赢得主动、赢得未来。
也正因如此，海关总署在广东省不仅单独设有正厅级的海关总署广东分署，而且还同时在广东省内设立了7个正厅级直属海关，具体分别是广州海关、深圳海关、拱北海关、汕头海关、黄埔海关、江门海关和湛江海关，各自管理各自的关区。
其中，海关总署广东分署是海关总署直接领导的正厅局级派出机构，现设有副厅级机构（缉私局）1个、正处级机构15个、事业单位1个，并受海关总署委托管理全国海关信息中心广东分中心（副厅局级），以及主要承担协调、组织实施广东省内海关之间的工作关系和业务运作，推动广东省内海关实施跨关区业务改革等工作。
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