在全国众多省级军区中，防区面积最大的就是新疆军区，这是因为新疆属于我国最大的省份。
不仅如此，新疆军区的辖区范围还会涵盖甘肃和西藏的部分区域，包括负责西藏西北端的阿里地区防务的阿里军分区，以及负责甘肃和外蒙边界防务的东风泉边防连，都由新疆军区管辖。
使得新疆军区成为全国众多省级军区中，唯一一个防区范围涵盖三个省份的军事单位。
从级别编制的角度说，新疆军区自从1985年百万大裁军那一年成立伊始，就属于兵团级，也就是副大军区级，新疆军区的司令员和政委是标配的中将，要比全国任何一个其他的省级军区级别要高，其他的省级军区皆属于正军级建制，无非是后来西藏军区和北京卫戍区的军政主官高配副大军区级而已。
既然新疆军区防区面积最大、管辖的防区范围最广、级别编制最高，那么新疆军区究竟由谁管呢？
首先在七大军区时代，新疆军区归属兰州军区管辖。
包括新疆军区在内，全国各个省级军区都是由所在大军区管辖，根据大军区所辖省份的数量，来决定下辖省级军区的数量。
比如济南军区主管山东省和河南省两个省的防务，那么济南军区就管辖解放军山东省军区、河南省军区这2个省级军区。
而新疆军区所在的新疆属于兰州军区的防务范围，除了新疆之外，还有甘肃、青海、宁夏、陕西这4个省份也是兰州军区的防区，所以陕甘宁青四个省级军区也都由兰州军区管辖。
新疆军区的军政主官，有时甚至会转任兰州军区的主官副职或升任兰州军区的主官，比如新疆军区司令员朱锦林中将在卸任后，就转任兰州军区副司令员；还有新疆军区政委刘雷中将，卸任后就直接升任兰州军区政委，这可被视为新疆军区隶属于兰州军区的一个佐证。
随着军改进程的开启，七大军区被撤番，并在此基础上改制成立了新的五大战区，根据战区防区的重新分配，西部战区领导指挥四川、甘肃、青海、宁夏、新疆、西藏、重庆共七省区市的武装力量。
这是不是就意味着新疆军区就转隶到西部战区序列呢？
实则不然。
西部战区领导指挥川甘青宁疆藏渝七省区市的武装力量，指的是领导指挥驻防所在省份的部队，比如驻扎在青海西宁的陆军76集团军、驻扎在四川成都的77集团军等等，并不代表西部战区可以指挥这七个省份的所有省级军区。
一方面，省级军区在军区改战区的军改进程中，绝大部分都改变了隶属关系，专门把总参的动员部单拎出来升格改制成副战区级的军委国防动员部，成为军委直辖的15个职能部门之一，作为省级军区的直接领导部门。
这就意味着，全国众多省级军区，归属于国防动员部管辖，而非所在战区管辖，毕竟国防动员部和战区也没有直接隶属关系。
但新疆军区、西藏军区、北京卫戍区这三个省级军区除外，它们因承担作战任务，被视为一支作战劲旅，又不纳入非作战领导机关的国防动员部序列。
另一方面，全国绝大部分的省级军区仅仅是作为国防动员单位，承担国防动员、退役安置、征兵宣传等非战性职能，不再下辖作战部队了，比如浙江省军区舟山警备区所属的数个海防团和船运大队就转隶到东部战区陆军，改制为海防某旅；黑龙江省军区下辖的某边防团和乌苏里江巡逻艇大队转隶到北部战区陆军，改制为边防某旅等等。
纵览全国，只有承担作战任务的京疆藏三个履行作战任务的省级军区还下辖有作战部队。
其中新疆军区，几乎拥有陆军集团军所有的编制兵力，比如新疆军区特战旅、陆航旅、防空旅、汽车运输旅、炮兵旅等等，这都是陆军集团军才有的兵力配置，某种程度上说新疆军区就是一种特殊的陆军集团军。
可见，新疆军区既下辖有作战部队，还不纳入国防动员部管辖，似乎更贴近战区对所辖防区所定义的领导指挥辖区境内武装力量的标准，应该接受西部战区管辖才对。
实际上，新疆军区是接受新疆党委和陆军的双重领导。
一来，新疆军区虽说都是陆军部队，且和陆军集团军有相似的兵力配置，但新疆军区毕竟是标准的副战区级单位，级别要比陆军集团军高，不可能接受同级的西部战区陆军领导机关指挥，所以新疆军区和西藏军区、北京卫戍区这三支部队纳入陆军序列，不归属所属战区陆军管辖，直接由陆军总部领导，况且五大战区陆军也属于陆军总部领导。
二来，新疆军区在承担作战任务的同时，还需履行已经转隶到国防动员部的那些省级军区所承担的国防动员职能，充当所在省级党委的军事部、省级政府的兵役部，以至于新疆军区也会有一位司令员或政委，被选为新疆的自治区党委常委，即“戎装常委”，这和其他那些没有作战功能的省级军区是一样的安排。
当然了，新疆军区再怎么说也是拥有雄厚作战能力的野战部队，一旦到了战时，其地处西北边疆，在西部战区的防区内，仍得服从西部战区的军事部署。
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