公务机普遍比商用飞机的飞行高度要高一些。这并不是因为公务机更高端，飞得更高表示身份更尊贵。而是与飞机设计、空域结构以及这些飞机所执行的截然不同的任务关系更大。
商用飞机的巡航高度通常在35,000到39,000英尺（约10000米至11800米）之间。在某些情况下，尤其是在长途航班上，当航班后半段载客量较少时，它们可能会爬升到41,000英尺（约12500米）左右，但这种情况并不常见。
商用飞机之所以选择在这个高度飞行，是综合考量了燃油效率、发动机性能和空域飞行的实际情况之后取得的相对完美的平衡。
客机的巡航高度并非固定不变。执飞远程航线的飞机通常由于燃油负荷较大而从较低高度起飞，然后随着重量减轻逐渐爬升。这种逐步爬升的方式有助于航空公司在整个飞行过程中最大限度地提高效率。
相比之下，公务机的巡航高度则远高于商用飞机。公务机通常的巡航飞行高度在45,000英尺（约13700米）左右，一些最新的远程机型（例如庞巴迪环球8000公务机）在条件允许的情况下最大巡航高度甚至可以达到近51,000英尺（约15500米）。此外，美国飞机制造商Boom公司去年还在NBAA-BACE展会上首次亮相，似乎也已将目光投向了超音速公务机领域。
由于公务机重量较轻，载客量较少，因此更容易利用高海拔地区稀薄的空气。飞行高度越高，燃油效率越高，巡航速度也越快。此外，它还有助于喷气式飞机避开湍流和某些恶劣天气，从而提供更平稳、更舒适的飞行体验。
空中交通管制和空域的作用。空中交通管制对飞机飞行高度有着重大影响。商用飞机必须遵循严格的航线网络，尤其是在欧洲和北美等繁忙地区，而指定的飞行高度层有助于确保飞机之间的安全间隔。这种结构可能会限制航空公司在选择巡航高度方面的灵活性。
公务机则通常执飞直飞点对点航线，有时还能避开最繁忙的航路。这种灵活性使得飞行员能够在空域和条件允许的情况下爬升到更高的高度，尤其是在跨大陆或跨洋的长途飞行中。
此外，飞机设计也是公务机飞行高度更高的原因之一。它们的机身结构经过优化，在高空飞行时性能更佳。像湾流G650这样的喷气式飞机可以具有更高的最大压差（即机舱内压力与外部压力之间的差值），最高可达10.7 psi，而典型的客机可能只有8 psi。
空客A320的公务机版本A320 ACJ的飞行高度可达41000英尺，而标准客运A320的飞行高度则限制在39000英尺。与其说是哪架飞机更好，不如说是这些飞机设计用于执行不同的任务。
在高海拔地区飞行可以带来更平稳的旅程，减少天气因素造成的干扰，有时还能缩短飞行时间。这些优势与公务航空的主要目标不谋而合：节省时间，并尽可能提升飞行舒适度。因此，公务机的飞行高度才普遍比商用飞机要高。不过也有例外，例如在短途飞行中，公务机爬升到很高的高度通常意义不大，而且高温天气或高海拔机场等因素也会限制公务机的性能。
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