在农村地区，过去由于基层管理不规范，在宅基地证发放方面没有严格把关，特别是有的地方将盖有县级人民政府公章的空白宅基地证，直接交由村里直接填写；有的未经农用地转用、审批登记，直接发放宅基地证；有的持有宅基地证（甚至多个宅基地证），擅自改变用途建设厂房、库房等生产经营性用房；也有的只有当年的清理卡、乡镇批准书等，既无证也无档案；还有伪造的假证，甚至还有极个别地方不动产登记机构违规直接办理新证以应对执法检查，可以说乱象丛生。

在日常土地执法及处理涉及土地权属信访矛盾纠纷中，经常遇到持有宅基地证，但无档案登记等问题。在首先确认宅基地证真实性的前提下，对有证但无档案登记问题，到底如何认定？

法律规定

《民法典》第二百零九条规定：不动产物权的设立、变更、转让和消灭，必须依法进行登记，否则不发生效力，但法律另有规定的除外。

《民法典》第二百一十七条明规定：不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。

《不动产登记暂行条例实施细则》第四十条规定： 依法取得宅基地使用权，可以单独申请宅基地使用权登记。

也就说，对宅基地合法性的认定，是以登记生效为原则，宅基地证属于证明。

最高院判例

【基本案情】杨某持有河南杞县政府1986年颁发的《宅基地使用证》，后因邻居主张其东侧土地系村委会补偿所得，双方发生纠纷。2008年，其邻居申请处理，杞县政府于2010年以“村委会未颁发过该证且乡政府地籍档案无登记”为由，决定注销杨某的宅基地使用证。杨某不服，经一审、二审及再审均败诉后，向检察机关申请监督。最高人民检察院审查后，以原审判决认定事实主要证据不足为由向最高人民法院提出抗诉。最高人民法院于2021年提审本案，并作出最终判决：撤销杞县政府于2010年作出的注销决定，并撤销此前维持该决定的一审、二审及再审判决。

【最高院判决】最高院再审采纳了抗诉意见，判决撤销了杞县政府的36号处理决定及原审各级法院的判决。主要观点：

证书记载明确，应推定其形式合法有效：杨某持有的宅基地使用证记载了明确四至、长宽尺寸及面积，并加盖有杞县政府、村委会及村民组长的印章。各方对该证公章的真实性无相反意见。在无充分反证的情况下，该证作为权属证书应被推定合法有效。

“无档案登记”不能否定已颁发证书的效力：行政机关以自身地籍档案系统中“没有登记”作为注销合法颁发证书的理由，理由欠充分。建立并保管完善的地籍档案是行政机关的法定义务和管理责任，档案缺失或疏漏的后果不应由善意的持证人来承担。

注销法定事由不存在：本案适用的《河南省实施〈土地管理法〉办法》第十一条规定，注销土地证书的法定前提是发现“错登、漏登或者违法情节”。杞县政府未能提供充分证据证明本案存在上述任何一种法定情形。

举证责任在行政机关：行政机关要否定一份由其自身早年颁发的、对公民重大财产权益有影响的权属证书，负有当然的举证责任，必须证明该证书存在实体错误或颁发程序违法。仅主张“无档案记录”属于未尽到举证责任。