光绪十二年（1886年），马占鳌病逝，花寺门宦内部的权力平衡彻底被打破，积压多年的矛盾全面激化。
马永瑞的儿子马如彪从麦加朝觐归来后，结合海外宗教见闻，提出对花寺门宦进行宗教改革。简化繁琐的宗教仪式，调整部分教规教义，摒弃不符合时代发展的传统习俗，这一改革主张得到部分年轻信众的支持，被称为新派。
而以马永琳为代表的保守势力，坚决反对任何形式的改革，主张严格坚守祖辈传承的传统教义与仪式，拒绝做出任何改变，这一派被称为老派。
新老两派的对立，从最初的教义争论，快速升级为村落之间的武装械斗。循化、河州作为花寺门宦的核心传播区域，首当其冲成为冲突焦点。
两派信众以宗族、村落为单位，互相攻击、焚烧房屋、抢夺财物，小规模冲突持续不断，无辜群众死伤频发。
当地百姓深受其害，原本和睦的邻里关系、民族关系，因教派纷争变得紧张对立，河湟地区的社会秩序陷入混乱。
清代面对民间教派纷争，地方官员通常深入调查矛盾根源，居中调解、安抚双方，通过公平处置化解冲突，防止事态扩大。但当时主政西北的陕甘总督杨昌浚、西宁道台陈嘉绩等官员，昏聩无能、颟顸行事，既不了解伊斯兰教门宦的内部结构，也不重视民众的合理诉求，一味采取“高压镇压、以杀止争”的粗暴手段，最终将教派矛盾激化。
光绪二十一年（1895年）二月，陈嘉绩奉命前往循化查办新老教派械斗事件。循化当地的回族、撒拉族信众听闻官府派员前来，纷纷焚香跪地、拦道迎接，满心期待官府能够公正裁决，平息持续已久的纷争。
然而陈嘉绩入城之后，未做任何调查取证，不分新派老派、是非曲直，直接下令关闭城门，抓捕11名普通回族、撒拉族群众，当场斩首示众，妄图用血腥手段震慑民众。面对群众的质疑与抗议，陈嘉绩又下令士兵开枪驱散，造成无辜群众伤亡。
这种不分青红皂白、滥杀无辜的处置方式，彻底击碎了民众对官府的信任，原本局限于宗教内部的教派矛盾，瞬间转化为对清朝腐朽统治的强烈反抗。被激怒的群众放下教派分歧，团结一致对抗官府。
光绪二十一年（1895年）五月，循化各族群众拿起刀枪、农具，围攻循化厅城，河湟事变爆发。
事变爆发后，反抗浪潮迅速席卷河湟全境。河州、西宁、大通、巴燕戎格、门源等地的各族群众纷纷响应，数万民众加入反抗队伍，形成以回族、撒拉族为核心，涵盖多个民族的反清力量。
这些反抗群众大多是饱受压迫的农民、手工业者，因不堪清廷的苛捐杂税与民族压迫，揭竿而起，迅速攻占清军据点、摧毁地方政权，河湟地区全面失控。
此时的清朝军队，历经鸦片战争、太平天国运动后，早已军备废弛、军纪涣散，西北驻军更是缺乏训练、装备落后，将领贪生怕死、指挥无能，面对群众的反抗，几乎一触即溃。
固原提督雷正官率军驻守河州，被反抗群众围困半年之久，城内粮草断绝、军心涣散，只能坐以待毙。甘肃提督李培荣率部驰援西宁，途中遭遇反抗队伍阻击，两个月内寸步难行，多次求援无果。河州镇总兵汤彦和率领八个营的兵力增援循化，在杉木庄遭遇伏击，全军覆没，汤彦和仅带几名亲信仓皇逃往岷州。凉州镇总兵刘璞在窑街作战失利，所部伤亡两百余人，军械物资全部丢失。新疆驻军统领苏贵兴率部增援巴燕戎格，同样遭遇惨败，两百余名士兵阵亡。
短短两个月时间，河湟地区的清军据点几乎全部失守，西宁东关、南北川、大通等战略要地均被反抗队伍控制，清廷在西北的统治摇摇欲坠。消息传至北京，清廷朝野震动，随即下令改组西北军政体系，严厉处置失职官员。
光绪二十一年（1895年）七月，清廷下旨将陕甘总督杨昌浚、固原提督雷正官革职查办，罢免多名失职将领，调任新疆巡抚陶模署理陕甘总督，同时急调喀什噶尔提督董福祥率领精锐部队入甘平叛。
董福祥抵达西北后，迅速制定“先剿后抚、步步紧逼、分化瓦解”的平叛策略。他首先率部抢渡洮河，攻克军事要地太子寺，打开进军河州的通道，随后集中兵力，对河州反抗队伍发起总攻。河州反抗队伍因缺乏统一指挥、装备落后，难以抵挡清军正规部队的进攻，很快溃败。
光绪二十一年（1895年）十月，董福祥兵不血刃收复河州城，将起事首领马永琳父子逮捕斩首，以儆效尤，河州地区的反抗斗争率先被平息。
平定河州后，董福祥马不停蹄，率领主力部队西进西宁，与陕西巡抚魏光焘所部汇合，集中兵力清剿西宁周边的反抗队伍。此时西宁地区的反抗力量，虽仍在坚守，但已失去统一指挥，各支队伍各自为战，无法形成有效抵抗，在清军的猛烈进攻下，接连丢失据点。
光绪二十二年（1896年）正月，清军先后攻克西宁东关、北川苏家堡两大核心据点，反抗队伍的主力部队被彻底击溃。至此，持续近两年的河湟事变，基本被清廷镇压。
大部分参与反抗的群众，在清军的军事压力与政治招抚下，放下武器投降，接受官府安置，少数负隅顽抗的骨干成员，被清军镇压处决。
在清军的清剿过程中，有两支队伍拒绝投降。一支是刘四伏率领的苏家堡余部，这支队伍以西宁北川苏家堡、西川多巴的群众为基础，汇合上五庄等地民众，总人数达七八万人，是河湟事变中规模最大的余部力量。另一支是冶八个率领的永安营余部，以大通永安营的反抗群众为基础，人数虽少，但作战意志坚定，战斗力较强。
两支队伍参照同治年间陕甘回变首领白彦虎的突围路线。他们翻越祁连山，经玉门、敦煌等地，一路向西进入新疆，寻找远离清廷统治的安身之地。
光绪二十二年（1896年）二月，刘四伏、冶八个分别率领队伍，从西宁水峡口、大通野牛沟分路突围，踏上了横跨千里、九死一生的西迁之路。
河湟事变从光绪二十一年（1895年）五月爆发，到光绪二十二年（1896年）正月基本平息，持续时间近一年，战火席卷青海、甘肃十余州县，造成大量人员伤亡与财产损失，无数村落、城镇被战火摧毁，农业生产、商业贸易陷入停滞，河湟地区的社会经济遭受毁灭性打击。
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