吴石于1894年诞生于福建闽侯螺洲的一个普通书香门第。1911年辛亥革命之际，年仅17岁的他便毅然加入福建北伐学生军，较早地投身于推翻帝制的伟大行动之中。
辛亥革命成功后，他进入武昌陆军中学深造。1914年，他凭借自身的优异才学考入保定陆军军官学校第三期炮兵科。毕业后，吴石先于地方部队任职，随后前往日本留学。
1934年，吴石归国，任职于国民政府参谋本部第二厅第一处，担任处长一职，专门从事对日情报工作。在此期间，他耗时三年，广泛搜集日本报纸、杂志等资料，并精心编纂成《参二室蓝皮本》。这部著作后来成为对日决策的重要参考依据。
全面抗日战争爆发后，吴石直接投身于多场重大战役的参谋工作。在武汉会战期间，他与同僚于指挥部精心绘制地图，精准标注日军可能行进的路线。无论是长沙会战、湘桂会战、桂南会战、昆仑关战役，还是桂柳会战，他均承担起筹划兵力部署与规划后勤路线的重任。
1945年，抗日战争取得胜利。鉴于他在抗战期间的卓越贡献，吴石获晋升为陆军中将。此后，他曾担任国防部史政局局长、第十六集团军副总司令等重要职务，得以接触核心军事档案。
1947年4月，在上海锦江饭店的一间客房内，经何遂父子引荐，吴石与中共中央上海局的工作人员会面。自那时起，他开始凭借职务之便，为共产党提供重要情报。
于办公室中，每至夜晚，他便仔细查阅部队番号、装备清单以及海防图等资料，将其中关键数据认真抄录下来，并通过香港渠道传递出去。
在渡江战役前夕，他提供了极为详尽的长江江防兵力部署图，其细致程度精确到团一级。福州解放前夕，他还安排人员将298箱国民党军事档案妥善藏于福建省研究院书库，之后这些档案顺利移交给了解放军。
1949年8月13日，吴石接到蒋介石的密电后，携妻子王碧奎及两个孩子搭乘飞机前往台湾，就任国防部参谋次长一职。抵达台湾后，他依旧从事先前的工作。
于办公室内，他借查阅文件之机，用心记下台湾战区战略防御图、海峡海流资料、各军兵力分布、机场机型以及舰艇部署等重要信息。他先后与联络人秘密会晤六次，会面地点均选在安全之处。每次见面，先对暗号，而后迅速交接缩微胶卷或图表，整个过程从未出现差错。
1950年3月1日晚，台北他的住宅门外突然响起急促的敲门声。保密局特务破门而入，四处翻找，最终在抽屉里搜出签发给朱谌之的特别通行证。吴石当场被捕，并被押送至军法局。
在审讯室中，连续多日的提审，他遭受了残酷的酷刑，甚至一只眼睛因此失明，但他始终坚守秘密，未吐露组织的任何细节。3月至4月，侦讯工作结束。5月30日，军事法庭宣判吴石、陈宝仓、聂曦、朱谌之四人死刑。
6月10日下午，台北马场町刑场，四个人被押过去执行。吴石那年56岁。判决后半小时就执行，四人跪在坡地上，枪响后吴石中两枪，朱谌之中了六枪才咽气。遗体装薄棺埋了。
吴石案在台湾高层震动很大。国民党刚退到台湾没多久，内部出这么大漏洞，蒋介石马上要求全面清查，同时加快重建对大陆的情报渗透体系。吴石的名字在台湾成了禁忌，在大陆后来被追认为革命烈士，1973年正式认定。
吴石牺牲后，台湾情报部门没停手。从1950年代开始，他们训练大批人员，学无线电、暗号、伪装、武器，通过飞机夜间空投或者小船海上偷渡往大陆送人。每次行动都有联络暗号、指定区域、接应方案。
大陆那边基层管理抓得很紧，城市有街道居委会，农村有村级组织，陌生人一出现，口音不对或者举动可疑，很快就被居民注意到，有人马上报告民兵或者公安。多数空投或者登陆的人落地没多久就被围捕，根本开展不了工作。
不少派出去的人根本没踏上大陆土地。他们到香港或者澳门就停下来，租房子，每天买大陆公开报纸，晚上听广播，把公开消息整理一下，包装成内部情报，按时发回台湾领经费补贴。
在整个20世纪50年代，台湾情报系统表面上运作顺畅，各类情报报告纷至沓来。蒋经国主管情报安全事务，长期依据这些材料制定决策，自认为对大陆情况了如指掌。
1962年，台湾方面策划了一次行动，派遣46名经过训练的人员执行任务。此次行动准备充分，高层寄予厚望。然而，这些人员行动伊始便状况频出，刚完成集结或上岸就被察觉并遭到围捕。此次行动的失败，使蒋经国开始对先前的判断产生怀疑。
1963年，蒋经国于台北办公室翻阅一批涉及大陆地名的情报文件时，敏锐察觉明显异常。文件中的部分地名仍沿用1953年以前的旧称，而大陆早已更改名称，不再使用。此现象仅有一个合理的解释：撰写报告之人并不身处大陆，其信息源自陈旧资料。
蒋经国遂进一步查阅更多文件，发现类似错误愈发增多。他当机立断，下令展开内部彻查，要求对过去多年的情报来源进行全面核实。
彻查结果远比预期更为严峻。台湾所获取的内线情报，大部分系伪造。多年来，台湾在情报工作上投入了大量的经费、人力与物资，每年的情报预算在财政中占据相当比例，然而换来的却是一堆毫无价值的内容。经核实，过去积累的报告基本丧失参考价值。此次彻查，使蒋经国多年来对大陆情报渗透所怀有的信心几近归零。
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