从旧石器时代到铁器时代
人类存在的痕迹在德国南部被发现，包括现今的巴伐利亚地区——这些痕迹可追溯到旧石器时代的最早阶段，即里斯冰期和维尔姆冰期之间的温暖期（约公元前20万年）。
在中德冰川消退区与延伸至阿尔卑斯山前麓的冰川覆盖区域之间，人类栖息于洞穴或侏罗纪陡峭悬崖上的岩棚中，以躲避恶劣天气的侵袭。他们以狩猎、捕鱼以及采集森林中的果实为生。当时人类尚未形成定居生活方式，而是定期前往狩猎、捕鱼和采集资源最丰富的地区。直到中石器时代初期（约公元前8000年），随着气候逐渐变暖，动植物种类发生变化，多瑙河以南及阿尔卑斯山前麓的居住条件得到改善，这种生活方式才有所改变。
直到新石器时代（约公元前4000年起），这里才出现谷物种植、家畜饲养与照料、陶器制作和房屋建造。定居的农耕者和牧民时代到来了，狩猎和捕鱼活动已沦为次要活动。显然，当时也有来自东南欧和西亚的民族迁徙至此。
公元前2千年，新石器时代即将结束之际，人们开始掌握铜的开采和青铜合金的制造技术。在金属熔炼及铸造或锻造过程中，青铜时代的工匠们展现了高超的技艺。
主要居住区位于多瑙河以南的肥沃地带、前阿尔卑斯山的冰碛地带以及发现金属矿藏的山间谷地。在青铜时代的晚期，出现了一种新的葬礼方式：死者被火化，骨灰收集在瓮中，然后安葬在墓地里。因此，这一时期被称为“瓮棺时代”。在巴伐利亚全境都发现了持续使用较长时间的墓地，其中凯尔海姆的墓地尤为广阔。
从旧石器时代早期开始的史前时期
从旧石器时代到青铜时代，这些时期的历史只能通过地面发现物及其考古学解读来了解。接下来的哈尔施塔特时代也是如此，这一时代因奥地利上奥地利州哈尔施塔特的重要考古遗址而得名。此时，铁开始被用于制造各种工具和武器。铁矿石的储量丰富，熔炼后的生铁既坚固又易于加工，因此成为最重要的材料。
自公元前一千年中叶起，手工艺和美术作品中出现了高质量的风格元素，这些元素也标志着经济、技术和社会的新发展方向。由于瑞士纽本湖畔的拉泰讷是这一时代的主要考古遗址，所以这个新时代被称为“拉泰讷时代”。这一时代的民族属于遍布整个欧洲的凯尔特人族群。
凯尔特人
大约从公元前5世纪开始，凯尔特部落从西方迁入南德地区，与当地已有的瓮棺文化和哈尔施塔特文化部落融合在一起。
在由执行神秘仪式的祭司阶层领导的体系中，他们构成了主导力量，这些祭司在高卢被称为“德鲁伊”。通过古代文献记载（例如公元前后编写的《阿尔卑斯山地区志》），我们了解到一些凯尔特民族的名称：文德尔利克人居住在东部的施瓦本-巴伐利亚高原地区，直至8世纪。
祖姆因恩；他们东边居住着诺里克斯人；西边以及博登湖的南面和北面则居住着赫尔维蒂亚人；在东阿尔卑斯山中部地区居住着雷泰人。同样属于凯尔特人的还有波伊人，他们分布在多瑙河以北地区，甚至延伸至波希米亚境内。
这些部落实际上是较大的族群联盟，内部又细分为多个小群体。其中，居住在莱赫河畔的利卡特人，与伦奇纳特人、科苏阿内特人和卡泰纳特人一起，被视为最重要的温德尔利克部落。温德尔利克人的主要聚居地是多瑙河下游曼钦格附近的一座规模庞大的城镇。公元前2世纪时，这里有铁匠铺、青铜铸造厂、玻璃制造厂和货币铸造厂。
这里制造的金币（被称为“彩虹钥匙”）广泛流通。在陶器作坊里，人们用转盘批量生产陶瓷制品。巴伐利亚北部和南部的其他许多城镇则无法与曼钦格这个经济和统治中心相提并论。在全国范围内，还分布着许多规则排列的方形防御工事，这些工事很可能被视作宗教场所。
公元前1世纪末，曼钦已变成一片废墟。这究竟是由于不同凯尔特部落之间的冲突所致，还是因为罗马人入侵了凯尔特地区而造成的，目前尚无定论。
罗马对巴伐利亚的统治
无论如何，公元前16/15年左右，温德利基亚进入了一个新的时代：此时，罗马帝国在阿尔卑斯山北部前麓地区的规划开始具有决定性的意义。
东阿尔卑斯山的雷蒂亚部落、阿尔卑斯山前麓直至多瑙河地区的温德利基亚部落，以及自公元前1世纪起从波希米亚向东北方向侵入、越过美因河流域直至上莱茵河地区的苏维汇日耳曼人部落，都被罗马视为潜在威胁。
对于东部的诺里库姆人，罗马共和国此前还勉强维持着相对和平的关系。到了奥古斯都时代，罗马计划将上莱茵河与中部莱茵河之间以及阿尔卑斯山地区的广大地带并入帝国版图；或许这些地区有望成为进一步进军自由日耳曼尼亚地区的基地。
虽然这一计划最终未能实现，但公元前20年代奥古斯都的两个儿子德鲁苏斯和提比略的军事行动彻底击溃了从西部赫尔维蒂亚到东北部温德利基亚地区的凯尔特人的统治。
博登湖与维也纳森林之间以及多瑙河上游两岸的凯尔特人，在后续几代人中完全适应了罗马化的生活方式与文化，他们的独立性及语言逐渐消失。
值得注意的是，一些河流名称（如伊萨尔河、阿尔特米尔河、美因河、伊尔茨河）以及地名（坎波杜努姆-肯普滕、劳里亚库姆-洛尔施、阿博迪亚库姆-埃普法赫、博伊奥杜鲁姆-帕绍附近的拜德韦斯）得以保留。
除此之外，凯尔特人不得不屈从于罗马的整合力量，就如同他们在半个世纪前曾将哈尔施塔特部落纳入自己的文化和统治体系一样。如今，年轻的雷蒂亚人和温德尔利基人不得不在远离家乡的罗马军队中服役。
该地区出现了罗马式的定居点（乡村别墅）、城堡和城市（市民聚居地）；石结构和城墙建筑技术得到普及。为满足军事需求，修建了大规模的公路网络（即所谓的罗马道路），这些道路利用现代技术改造并整合了凯尔特时代原有的地方性道路系统，实现了大范围的互联互通。
罗马人的边境防线“利梅斯”横贯日耳曼人居住区域。该防线在哈德良皇帝统治时期（117-138年）建成，实际上是一道坚固的栅栏墙，用于监视边境局势并保护上日耳曼尼亚和雷蒂亚地区北部及东部与日耳曼部落的边界。公元2世纪后半叶，从符腾堡的洛尔希到10号地点的雷蒂亚段边界防线得到了加固。
艾宁根城堡（阿布西纳）对面的海恩海姆多瑙河畔它被建造成两米半到三米高的石墙。在多瑙河两岸，这堵墙的背后有许多设防的军事据点和民用定居点。
其中最重要的定居点是奥古斯塔·温德利库姆。奥格斯堡自公元50年左右起成为雷蒂亚省的省会。作为军团驻地，雷根斯堡要塞得到了大规模扩建；公元179/180年完成的城墙遗迹是雷蒂亚地区现存最重要的罗马建筑遗迹。
这座位于多瑙河最北端、与雷根斯堡对岸的防御工事，是为了应对公元160年后日耳曼部落对上日耳曼尼亚、雷蒂亚和潘诺尼亚地区的进攻而修建的。
虽然日耳曼人的劫掠行动被击退了，而且该地区的罗马化进程也主要通过罗马退伍军人的定居得以延续。但在3世纪时，阿勒曼尼人多次突破边防线（尤其是公元233年和259/260年），在雷蒂亚地区肆意劫掠和纵火。
维森曾到过高卢和意大利北部地区。罗马时代在该地区最为繁荣的时期莱茵河、多瑙河与阿尔卑斯山地区的罗马统治时代已经终结。
此时，罗马只能将边界维持在伊勒河和多瑙河沿岸。虽然4世纪上半叶局势有所稳定，但阿拉曼尼人向高日耳曼地区、高卢以及西雷蒂亚的入侵表明，罗马的统治已无法再保障该地区的安全与基本的公共秩序。
此外，现在还有一些部落归属不明的日耳曼人也留在了这片土地上定居。而部分罗马居民，尤其是上层阶级的人，则离开了这里。
关于基督教崇拜的早期记载可追溯至公元300年左右（奥格斯堡的阿弗拉传说）。相关资料同样匮乏，这不仅适用于4世纪末和5世纪的整个发展过程，也使得我们无法了解当时的人口结构、人们的生活与经济状况。
关于诺里斯-温德尔利克人的苦难，有记载于482年去世的游方僧人塞维林的生平事迹中，他后来被尊为圣人。在靠近罗马晚期要塞博伊奥杜鲁姆（帕绍）的地方，有一座以他的名字命名的教堂，这或许能为巴伐利亚历史上受罗马影响的时期与随后的巴乌瓦人时代之间的联系提供一些线索。为新时代腾出空间。
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